Deteksi Transmisi Vaksin Dna Anti-Khv Pada Bakteri Di Media Budidaya Ikan Mas

1

DETEKSI TRANSMISI VAKSIN DNA ANTI-KHV PADA
BAKTERI DI MEDIA BUDIDAYA IKAN MAS

DINDA JANUARI CIPTA

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2015

i

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Deteksi Transmisi
Vaksin DNA Anti-KHV pada Bakteri di Media Budidaya Ikan Mas” adalah benar
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan dan tidak diterbitkan dari penulis

lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian
akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dan karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, September 2015
Dinda Januari Cipta
C14134003

ABSTRAK
DINDA JANUARI CIPTA. Deteksi Transmisi Vaksin DNA Anti-KHV pada
Bakteri di Media Budidaya Ikan Mas. Dibimbing oleh SRI NURYATI dan
ALIMUDDIN.
KHV merupakan penyakit menular yang menyerang ikan mas dalam
berbagai stadia, dapat mengakibatkan kematian 80-100%. Salah satu cara
penanggulangan serangan KHV adalah dengan penggunaan vaksin DNA. Vaksin
DNA merupakan produk rekayasa genetika yang dikhawatirkan dapat melakukan
transmisi pada bakteri di perairan dan mempengaruhi keragaman hayati.
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi transmisi vaksin DNA anti-KHV ke
bakteri di air pemeliharaan ikan mas. Vaksinasi dilakukan menggunakan metode
perendaman, dan pemberian melalui pakan. Bakteri dari air vaksinasi melalui

perendaman dan akuarium pemeliharaan ikan mas diisolasi pada 6 jam, hari ke-4,
dan hari ke-7 pascavaksinasi, sedangkan bakteri dari kolam diisolasi setelah 6
jam, hari ke-4 dan hari ke-7 ikan dipelihara di kolam. Bakteri tersebut disebar
sebanyak 50 µL pada media kultur mengandung ampisilin (50 µg/µL). Bakteri
yang tumbuh pada media TSA yang mengandung ampisilin sebanyak 103 bakteri
dan yang teridentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakank kit API ada
11 bakteri, yakni 2 Aeromonas hydrophila, 4 Bacillus cereus, 2 B. subtilis, 2
Staphylococcus auricularis dan 1 Enterobacter sakazakii. Keberadaan vaksin
DNA dalam bakteri diuji menggunakan metode cracking, dan PCR. Hasil
cracking menunjukkan tidak adanya bakteri yang mengandung vaksin DNA antiKHV. Analisis bakteri dengan metode PCR menunjukkan bahwa bakteri tidak
dapat meng-uptake atau mengambil vaksin DNA anti-KHV dari lingkungan,
sehingga dapat disimpulkan bahwa vaksin DNA anti-KHV tidak ditransmisikan
ke bakteri media pemeliharaan ikan mas.
Kata kunci: KHV, Vaksin DNA, transmisi, bakteri dalam air, ikan mas.

i

ABSTRACT
DINDA JANUARI CIPTA. Detection of Anti-KHV DNA Vaccine Transmission
toward Bacteria in Common Carp Cultivation Media. Supervised by SRI

NURYATI and ALIMUDDIN.
KHV is an infectious disease that attacks common carp in various stadia
and causing 80-100% of death. One of ways to prevent KHV infection is by using
DNA vaccine. DNA vaccine is a genetically modified product that was feared to
be transmitted to bacteria and affects genetic diversity. This research was
performed to detect of anti-KHV DNA vaccine transmission into bacteria of
common carp rearing water. Vaccination was conducted by dipping and oral
vaccination methods. Bacteria from dipping vaccination and aquaria were
isolated on 6 hours, 4th day, and 7th day post vaccination while bacteria from pond
were isolated on 6 hours, 4th day and 7th day after fish were reared in pond.
Bacteria as many as 50 µL were spread in triptic soy agar containing ampicilline
(50 µg/µL). Bacteria that grow in the TSA contain ampisilin were 103 bacteria
and the amount of bacteria that identified to species level by using API kit were
11 bacteria; 2 colonies were identified as Aeromonas hydrophila, 4 colonies were
identified as Bacillus cereus, 2 colonies were identified as Bacillus subtilis, 2
colonies were identified as Staphylococcus auricularis dan 1 colony was
identified as Enterobacter sakazakii. The existence of DNA vaccine in the
bacteria was tested by using cracking and PCR methods. The results of cracking
indicated the absence of bacteria containing anti-KHV DNA vaccine. Analysis of
bacteria by PCR method showed that the bacteria could not uptake anti-KHV

DNA vaccine from the environment, so the conclusion was anti-KHV DNA
vaccine did not transmitted to bacteria in common carp rearing water.
Keywords: KHV, DNA vaccine, transmission, bacteria in the water, common
carp.

DETEKSI TRANSMISI VAKSIN DNA ANTI-KHV PADA
BAKTERI DI MEDIA BUDIDAYA IKAN MAS

DINDA JANUARI CIPTA

Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan pada
Departemen Budidaya Perairan

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2015

Judul Skripsi
Nama
NIM
Program Studi

Deteksi Transmisi Vaksin DNA Anti-KHV pada Bakte1i di
Media Budidaya Ikan Mas
Dinda Januari Cipta
Cl4134003
Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya

Disetujui oleh

ｾ＠

Dr. Sri Nuryati SPi MSi
Pembimbing I

Dr. Alimuddin SPi MSc
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr. Sukenda
Ketua Departemen

Tanggal Lulus :

0 1 SEfl 2015

PRAKATA
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah
memberikan rahmat serta hidayah-Nya sehingga penyusunan skripsi yang
berjudul “Deteksi Transmisi Vaksin DNA Anti-KHV pada Bakteri Media
Budidaya Ikan Mas” ini dapat diselesaikan. Skripsi disusun dalam rangka
memenuhi salah satu syarat untuk menyelesaikan studi di Departemen Budidaya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2014 hingga Mei 2015 di
Laboratorium Kesehatan Ikan, dan Laboratorium Reproduksi dan Genetika
Organisme Akuatik, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan skripsi ini, terutama
kepada:
1. Dr. Sri Nuryati SPi MSi selaku dosen Pembimbing Skripsi I dan Pembimbing
Akademik
2. Dr. Alimuddin SPi MSc selaku dosen Pembimbing Skripsi II
3. Ir. Iis Diatin MM selaku Penguji Sidang Skripsi.
4. Dr. Ir. Mia Setyawati MSi selaku wakil Ketua Program Studi.
5. Bapak H. Harinto dan Ibu Hj. Siti Subaria, SAp selaku orang tua penulis atas
segala bentuk dukungan yang diberikan pada penulis baik dukungan moril
maupun finansial. Putri Harisstyaningtias, SKm selaku kakak penulis dan
Anugerah Syarif Maulana selaku adik penulis atas dukungan dalam proses
penelitian hingga penyelesaian skripsi.
6. Bapak Ranta selaku laboran pada Laboratorium Kesehatan Ikan, Rangga
Garnama, SPi dan Hasan Nasrullah SPi dari Laboratorium Reproduksi dan
Genetika Organisme Akuatik, dan Abe selaku laboran Laboratorium
Lingkungan Akuakultur atas nasihat dan segala bantuan dalam penyelesaian
skripsi ini.
7. Dosen dan staf BDP yang tidak dapat disebutkan satu per satu, yang telah

banyak memberikan bantuan dalam menyelesaikan kuliah di IPB.
8. Dendi Skom atas dukungan, doa, dan waktunya.
9. Teman-teman Program Alih Jenis BDP yang memberikan motivasi dan
semangat terutama selama penelitian terutama Dian Novita Sari Amd, Ratih
Fauziatin Hazana AMd, Rosi Sulistiani AMd dan Tetty Innesia Hutapea AMd.
10. Rekan-rekan „LKI Warriors‟ atas kebersamaannya terutama Asep Akmal
Aonullah, SPi, Yanti Inneke Nababan SPi, dan Dendi Hidayatullah SPi yang
telah banyak membantu selama penelitian di Laboratorium Kesehatan Ikan.
11. Orang-orang terdekat penulis yang namanya tidak dapat disebutkan satu per
satu atas dukungan dan doa yang diberikan sehingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi ini tepat pada waktunya.
Demikian skripsi ini disusun, semoga bermanfaat.
Bogor, September 2015
Dinda Januari Cipta

DAFTAR ISI
PENDAHULUAN ...................................................................................................1
Latar Belakang .........................................................................................................1
Tujuan ......................................................................................................................1
METODE .................................................................................................................2

Pengambilan Sampel ................................................................................................2
Wadah Vaksinasi dengan Metode Perendaman (PM) ......................................2
Akuarium Pemeliharaan (PP) ...........................................................................2
Wadah Vaksinasi dengan Metode Oral (O) ......................................................2
Kolam Pemeliharaan (H) ..................................................................................2
Isolasi Bakteri...........................................................................................................2
Rancangan Penelitian ...............................................................................................3
Parameter Pengamatan .............................................................................................3
Identifikasi Bakteri ...................................................................................................3
Pewarnaan Gram ...............................................................................................4
Uji Sitokrom Oksidase ......................................................................................4
Uji Katalase.......................................................................................................4
Uji Oksidatif/Fermentatif ..................................................................................4
Uji Motilitas ......................................................................................................4
Uji Kit API ........................................................................................................5
Analisis Vaksin DNA pada Isolat Bakteri ...............................................................5
Isolasi DNA Bakteri dengan Metode Cracking ................................................5
Analisis DNA Vaksin dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) ....5
Analisis data .............................................................................................................6
HASIL ......................................................................................................................6

Identifikasi bakteri ...................................................................................................6
Uji transmisi vaksin DNA anti-KHV .......................................................................8
Pembahasan ..............................................................................................................9
KESIMPULAN ......................................................................................................11
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................11
LAMPIRAN ...........................................................................................................14
RIWAYAT HIDUP ................................................................................................28

DAFTAR TABEL
1. Rancangan penelitian dengan isolasi bakteri ....................................................... 3
2. Jumlah bakteri dari sumber berbeda yang tumbuh dalam media TSA
mengandung ampisilin ........................................................................................ 6
3. Karakteristik isolat bakteri dari air pascavaksinasi melalui perendaman
dan oral, serta pemeliharaan benih ikan mas di akuarium dan kolam. ............... 7
4. Bakteri isolat dari air pascavaksinasi melalui perendaman dan oral, serta
pemeliharaan benih ikan mas diidentifikasi menggunakan kit API dan
API web............................................................................................................... 8

DAFTAR GAMBAR
1. Rentang waktu dilakukannya vaksinasi ............................................................... 3

2. Elektroforegram hasil uji cracking bakteri isolat dari air pascavaksinasi
melalui perendaman dan oral, serta pemeliharaan benih ikan mas..................... 9
3. Elektroforegram (a) produk PCR dengan DNA template GP 25 dari isolat
bakteri yang diambil dari air pascavaksinasi melalui perendaman, oral, dan
pemeliharaan benih ikan mas, (b) produk PCR dengan primer 16s rRNA. ........ 9

DAFTAR LAMPIRAN

1. Skema proses isolasi bakteri pada penelitian deteksi vaksin DNA anti-KHV
pada bakteri media budidaya ikan mas .......................................................... 14
2. Metode identifikasi bakteri dalam penelitian deteksi vaksin DNA anti-KHV
pada bakteri media budidaya ikan mas .......................................................... 14
3. Gambar koloni dan hasil pewarnaan Gram air isolat pascavaksinasi media
pemeliharaan ikan mas melalui perendaman, oral, dan air kolam
pemeliharaan pada media TSA mengandung ampisilin ................................. 15
4. Hasil uji biokimia .............................................................................................. 17
5. Hasil identifikasi bakteri secara biokimia di air media pemeliharaan ikan mas
yang telah diberi vaksin DNA anti-KHV menggunakan metode perendaman
pada media TSA mengandung ampisilin ....................................................... 18
6. Hasil identifikasi bakteri secara biokimia di air media pemeliharaan ikan mas
yang telah diberi vaksin DNA anti-KHV menggunakan metode oral pada
media TSA mengandung ampisilin ................................................................ 20

7. Hasil identifikasi bakteri secara biokimia di air kolam pemeliharaan ikan mas
yang telah diberi vaksin DNA anti-KHV menggunakan metode perendaman
dan oral pada media TSA mengandung ampisilin ..........................................22
8. Hasil cracking ....................................................................................................23
9. Hasil PCR ........................................................................................................... 24
10. Data hasil uji kit API pada API web................................................................. 25

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Koi herpesvirus (KHV) merupakan penyakit sangat menular pada ikan
mas yang mulai merebak pada akhir tahun 1990-an (Omori & Adams 2011). KHV
pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2002 di Blitar, Jawa Timur
(Sunarto et al. 2005; Nuryati et al. 2010a). KHV menyerang pada berbagai stadia
ikan mas dan dapat mengakibatkan kematian 80%-100% pada kisaran suhu air 1625 C (Haenen et al. 2004).
Alternatif penggunaan bahan kimia dan antibiotik untuk mencegah infeksi
penyakit KHV dalam budidaya ikan mas adalah vaksin DNA. Selain mudah
disimpan dan dibawa serta lebih murah dibandingkan dengan vaksin
konvensional, vaksin DNA sangat stabil bahkan pada suhu ruang
(Kumalagurubaran & Kaliaperumal 2013). Vaksin DNA juga memiliki capaian
yang relatif tinggi dalam merangsang kekebalan spesifik dan kekebalan yang
timbul relatif tinggi (Nuryati et al. 2010a). Vaksin DNA anti-KHV telah
dikembangkan oleh Nuryati et al. (2010a) menggunakan gen glikoprotein KHV
ORF 25 (GP 25) yang disisipkan ke dalam plasmid dan ditransformasikan ke
dalam Escherichia coli. GP25 bersifat imunogenik dan ekspresinya dapat
meningkatkan kekebalan ikan mas terhadap infeksi KHV (Nuryati et al. 2010b).
Kelangsungan hidup ikan mas yang diberi vaksin DNA GP25 dengan dosis 12,5
µg/100 µL melalui injeksi, dan ditantang selama 30 hari dapat mencapai 96,67%
(Nuryati et al. 2010b).
Vaksin DNA anti-KHV merupakan produk rekayasa genetik yang
dikhawatirkan dapat melakukan transmisi dengan bakteri di perairan dan
mempengaruhi keragaman hayati, terutama jika bertransmisi ke bakteri dalam
media budidaya. Informasi mengenai potensi transmisi vaksin DNA anti-KHV
GP25 terhadap bakteri masih terbatas, sehingga diperlukan adanya penelitian
untuk menguji potensi transmisi vaksin DNA pada bakteri dalam air perendaman
dan pemeliharaan ikan mas yang divaksin melalui pakan.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi transmisi vaksin DNA antiKHV dari vaksinasi yang dilakukan melalui perendaman, dan pemberian melalui
pakan ke bakteri yang terdapat pada media budidaya ikan mas untuk
membuktikan vaksin DNA aman terhadap lingkungan.

2

METODE
Pengambilan Sampel
Wadah Vaksinasi dengan Metode Perendaman (PM)
Vaksinasi dilakukan pada ikan mas varietas Majalaya berumur 30 hari
pascatetas yang diperoleh dari Balai Besar Perikanan Budidaya Air Tawar
Sukabumi. Ikan mas direndam dalam 500 mL air mengandung 5 mL bakteri
Escherichia coli pembawa vaksin DNA anti-KHV (kepadatan 108 CFU/mL).
Perendaman dilakukan selama 30 menit dalam kantong plastik diberi oksigen
(volume oksigen dan air 3:1). Setelah itu, air vaksinasi perendaman dalam
kantong plastik tersebut diambil dan dijadikan sebagai sumber isolat bakteri PM.
Pengambilan sampel juga dilakukan pada hari ke-4 dan hari ke-7.
Akuarium Pemeliharaan (PP)
Langkah selanjutnya, ikan yang telah divaksinasi dikembalikan ke
akuarium. Akuarium yang digunakan berukuran 100x45x45 cm3 dengan tinggi air
saat pemeliharaan 35 cm yang telah disterilisasi dengan klorin dosis 3 ppm dan
didiamkan selama 1 hari, kemudian dibilas. Ikan yang telah berada dalam
akuarium tersebut didiamkan selama 6 jam. Kemudian air diambil dari akuarium
sebagai sumber isolat PP. Ikan dipelihara selama 30 hari, dan diberi pakan cacing
sutera at satiation. Pengambilan sampel juga dilakukan pada hari ke-4 dan hari
ke-7.
Wadah Vaksinasi dengan Metode Oral (O)
Benih umur 60 hari pascatetas, divaksinasi dengan metode oral melalui
pakan (komersial Fengli F1000, kadar protein 39– 41%). Cara pencampuran
bakteri ke pakan mengikuti metode Nuryati et al. (2013). Pada vaksinasi oral, air
diambil setelah 6 jam, hari ke-4 dan hari ke-7 pascavaksinasi sebagai sumber
isolat O.
Kolam Pemeliharaan (H)
Ikan hanya 7 hari dipelihara di akurium, selanjutnya ikan dipelihara
selama 60 hari dalam hapa (H; 2,51,51,5 m3) yang dipasang di kolam beton
(20101,5 m3). Air diambil setelah 6 jam, hari ke-4 dan hari ke-7 setelah ikan
dipindahkan dari akuarium ke kolam sebagai sumber isolat H.
Isolasi Bakteri
Isolasi bakteri dari air dilakukan mengikuti metode Manik (2013). Air
isolat sebanyak 50 µL disebar pada media TSA yang mengandung 1:1000
(ampisilin:media TSA, konsentrasi 50 µg/µL) dan dilakukan pengenceran berseri
(hingga 10-4 CFU/mL), sebanyak 50µl sampel yang telah homogen disebar merata
dengan batang penyebar pada media TSA diikuti dengan inkubasi selama 24 jam
pada suhu 27oC untuk selanjutnya dihitung total koloni bakteri yang tumbuh
(Allameh et al. 2012). Urutan waktu vaksinasi dan pengambilan sampel dapat

3

dilihat pada Gambar 1 dan skema proses isolasi bakteri dapat dilihat pada
Lampiran 1.

Gambar 1 Rentang waktu dilakukannya vaksinasi
Rancangan Penelitian
Penelitian dilakukan dengan menganalisis dan mengidentifikasi bakteri
(Lampiran 2) yang ada dalam air pascavaksinasi menggunakan vaksin DNA antiKHV pada benih ikan mas. Vaksin DNA yang digunakan adalah vaksin DNA
yang mengandung sisipan gen GP25. Penelitian ini menggunakan metode
eksperimental dengan mengisolasi bakteri dari 4 sumber isolat yang berbeda
(Tabel 1).
Tabel 1 Rancangan penelitian dengan isolasi bakteri
No. Kode
Perlakuan
1
PM
Air pascavaksinasi melalui perendaman di kantong plastik
Air pemeliharaan ikan mas yang telah divaksinasi melalui
2
PP
perendaman
Air pemeliharaan ikan mas yang telah divaksinasi secara oral
3
O
melalui pakan di akuarium
Air pemeliharaan ikan mas saat dipelihara dalam hapa yang
4
H
dipasang di kolam

Parameter Pengamatan
Identifikasi Bakteri
Isolat yang tumbuh dalam media TSA ditambah ampisilin diidentifikasi
secara biokimia menggunakan metode SNI (7303:2009) dan divalidasi
menggunakan kit API. Hasil dari uji biokimia dapat dilihat pada Lampiran 4.
Sebanyak 10 dari 12 bakteri diidentifikasi dengan menggunakan kit API,
sedangkan 2 bakteri hanya dapat diidentifikasi menggunakan tabel Cowan
dikarenakan tidak ada kit API yang dapat mengidentifikasi. Pengujian dengan cara
biokimia yaitu pewarnaan Gram, uji sitokrom oksidase, uji katalase, uji
oksidatif/fermentatif, dan uji motilitas.

4

Pewarnaan Gram
Pewarnaan Gram dilakukan berdasarkan SNI (7303:2009). Isolat bakteri
diambil menggunakan jarum Ose, kemudian digoreskan pada gelas preparat yang
telah ditambahkan akuades. Goresan bakteri tersebut dipanaskan di atas api
bunsen untuk melekatkan isolat bakteri pada gelas preparat. Setelah itu diteteskan
pewarna Kristal violet dan didiamkan selama 1 menit. Kemudian gelas preparat
dibilas dengan akuades dan dikeringanginkan. Langkah selanjutnya pewarna
kalium iodida (iodin) diteteskan di atas gelas preparat, dibiarkan selama 1 menit,
kemudian dibilas dan dikeringanginkan. Gelas preparat ditetesi dengan alkohol
dan ditunggu selama 30 detik, kemudian dibilas dengan akuades dan
dikeringanginkan. Kemudian gelas preparat diberi pewarna tandingan Safranin,
dibiarkan selama 1 menit, dibilas, setelah kering preparat diamati di bawah
mikroskop. Bakteri berwarna ungu merupakan bakteri Gram positif, sedangkan
bakteri berwarna merah merupakan bakteri Gram negatif.
Uji Sitokrom Oksidase
Uji sitokrom oksidase dilakukan mengacu pada SNI (7303:2009) yang
diawali dengan kertas cakram dibasahi dengan p-amino dimetil oxalate sebagai
pereaksi oksidasi. Kemudian diambil sebanyak satu Ose isolat bakteri digoreskan
di atas kertas cakram yang telah diberi pereaksi oksidasi. Perubahan warna kertas
cakram diamati. Reaksi oksidase positif ditandai dengan munculnya warna biru
keunguan pada goresan, sedangkan reaksi negatif bila tidak berubah warna.
Uji Katalase
Uji diawali dengan 3% hydrogen peroxide diteteskan pada slide, kemudian
sebanyak 1 Ose bakteri dicampur pada larutan tersebut. Jika terbentuk gelembung
karena terlepasnya oksigen berarti hasil tes adalah positif, sedangkan jika tidak
terdapat gelembung maka hasilnya dinyatakan negatif.
Uji Oksidatif/Fermentatif (O/F)
Uji O/F dilakukan untuk mengetahui kemampuan bakteri untuk
memanfaatkan glukosa dalam keadaan aerob atau anaerob. Uji
oksidatif/fermentatif dilakukan mengacu pada SNI (7303:2009). Sebanyak 2
tabung berisi media O/F disiapkan. Isolat bakteri diambil sebanyak 1 Ose dan
diinokulasi pada media OF dengan cara ditusukkan. Satu tabung diisi dengan
parafin cair steril hingga ketinggian 1 cm di atas permukaan media O/F,
sedangkan tabung lainnya tanpa parafin cair. Selanjutnya diinkubasi selama 24
jam untuk kemudian diamati perubahan warnanya. Reaksi fermentatif ditandai
perubahan warna media pada tabung yang diisi parafin cair dari hijau menjadi
kuning.
Uji Motilitas
Uji motilitas mengacu pada SNI (7303:2009). Isolat bakteri diambil
dengan jarum Ose lurus dan diinokulasikan dengan menusukkan pada media semi
solid sulfida Indol Motil (SIM). Kemudian diinkubasikan pada suhu 25-28oC
selama 18-24 jam. Reaksi positif ditandai oleh adanya pertumbuhan bakteri yang
menyebar dan tidak terlihat bekas tusukan.

5

Uji Kit API
Kit API digunakan setelah dilakukan uji biokimia. Penggunaan kit API
diawali dengan mengambil seluruh koloni bakteri dengan menggunakan Ose lalu
dimasukkan ke dalam 5 mL API Medium (dapat digunakan PBS atau NaCl). Api
Medium tersebut kemudian dihomogenasi dengan vorteks. Langkah selanjutnya,
bakteri yang sudah tercampur dengan PBS tersebut diambil dengan menggunakan
mikropipet lalu dimasukkan ke dalam tiap-tiap tabung kit API hingga mencapai
setengahnya, diisi penuh hanya pada tabung yang terdapat tanda siku. Pada tabung
yang digarisbawahi maka ditambahkan dengan mineral oil. Kemudian diinkubasi
selama 24-48 jam. Setelah diinkubasi, kit API ditambahkan dengan reagen.
Setelah itu, bandingkan dengan gambar pada buku panduan, apabila sesuai maka
diberi tanda( +) dan apabila tidak sesuai di beri tanda (-). Data berupa kode (+)
dan (-) dimasukkan ke dalam API web (https://apiweb.biomerieux.com) untuk
mengetahui hasil uji.
Analisis Vaksin DNA pada Isolat Bakteri
Isolasi DNA Bakteri dengan Metode Cracking
Metode cracking mengikuti prosedur Alimuddin et al. (2008). Cracking
atau pemecahan sel bakteri dilakukan untuk menguji apakah isolat bakteri yang
tumbuh mengandung vaksin DNA anti-KHV. Sample DNA hasil cracking
sebanyak 3 μL dicampurkan dengan 0,5 μL loading buffer, lalu dimasukkan ke
dalam sumur yang terdapat dalam gel dengan menggunakan pipet mikro. Setelah
itu 3 μL marker DNA dimasukkan ke dalam sumur di dekat sumur sampel.
Marker yang digunakan adalah KAPA DNA ladder dengan kontrol positif berupa
DNA anti-KHV. Bak elektroforesis ditutup dan listrik dialirkan dengan tegangan
200 Volt dan kuat arus 70 mA. Fragmen DNA akan bermigrasi dari kutub negatif
ke positif. Setelah bromophenol blue bermigrasi sampai 3/4 bagian dari panjang
gel, aliran listrik dihentikan. Hasilnya difoto dengan kamera pada transiluminator
yang dihubungkan langsung dengan komputer.
Analisis DNA Vaksin dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
Amplifikasi DNA hasil isolasi dilakukan menggunakan mesin PCR. Tahap
PCR diawali dengan pembuatan premix, yaitu campuran bahan pereaksi yang
akan digunakan dalam proses PCR. Primer yang digunakan adalah primer spesifik
glikoprotein KHV yaitu FGP 5‟-TTGTCGACATGACGGGTTGTGGGGTTTG„3 dan RGP 5‟-TCAGCAAGGCGGCCTTCACGG-„3. Amplifikasi PCR dengan
situs pengenalan KHV : pre-denaturasi pada suhu 95 °C selama tujuh menit; 45
siklus pada suhu 95 °C selama 30 detik, 64 °C selama 30 detik dan 72 °C selama
30 detik; serta satu siklus pada suhu 72 °C selama tujuh menit (Nuryati et al.
2013). Selain itu amplifikasi 16s rRNA ikan mas dilakukan sebagai kontrol
internal loading DNA. Primer yang digunakan adalah primer universal untuk
domain bakteri berupa forward primer 63f (5‟-CAG GCC TAA CAC ATG CAA
GTC-3‟) dan reverse primer 1387r (5‟-GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3‟)
(Marchesi et al. 1998: Aris et al. 2013). Produk PCR diseparasi menggunakan
elektroforesis dengan gel agarose 0,7%.

6

Analisis data
Parameter yang diamati adalah ada atau tidaknya transmisi plasmid vaksin
DNA anti-KHV (GP 25) terhadap bakteri dengan melihat pita DNA yang
tervisualisasi melalui proses elektroforesis. Bakteri yang tumbuh pada media TSA
yang ditambahkan dengan ampisilin diidentifikasi hingga tingkat genusnya. Data
yang diperoleh dianalisis secara deskriptif dan ditampilkan menggunakan tabel
dan gambar.

HASIL
Identifikasi bakteri
Pewarnaan Gram berfungsi sebagai pengelompokan awal dalam
identifikasi bakteri. Melalui uji Gram juga dapat diketahui bentuk dari bakteri
tersebut (Lampiran 3). Bakteri yang tumbuh dalam media TSA mengandung
ampisilin dari empat sumber berbeda ada sebanyak 103 isolat, terbagi atas 45
bakteri Gram positif, dan 58 Gram negatif (Tabel 3). Bakteri Gram positif lebih
banyak diisolasi dari sumber O (23 isolat), tetapi sedikit pada H (2 isolat).
Sementara itu, jumlah isolat bakteri Gram negatif relatif sama pada keempat
sumber, berkisar 12-16 isolat. Hasil identifikasi bakteri (103 isolat) disajikan pada
Lampiran 5 – Lampiran 7.
Tabel 2 Jumlah bakteri dari sumber berbeda yang tumbuh dalam media TSA
mengandung ampisilin
No.

Sumber isolat

Gram
positif
1.
Air pascavaksinasi melalui perendaman (PM)
8
2.
Air pemeliharaan ikan mas setelah vaksinasi melalui
12
perendaman (PP)
3.
Air pascavaksinasi melalui oral (O)
23
4.
Air kolam pemeliharaan ikan (H)
2
Jumlah
45
Total

Bakteri
Gram
negatif
15
12
16
15
58
103

Sampling koloni dilakukan untuk identifikasi berdasarkan kesamaan
warna, bentuk dan elevasi koloni, uji oksidase, uji katalase, motilitas, dan O/F.
Karakteristik bakteri isolat disajikan pada Tabel 3, dan hasil identifikasi dengan
kit API disajikan pada Tabel 4.

7

Tabel 3 Karakteristik isolat bakteri dari air pascavaksinasi melalui perendaman
dan oral, serta pemeliharaan benih ikan mas di akuarium dan kolam.
No.

Kode
Isolat

Warna
koloni

1

PM.1

2

PM.2

3

PP.1

4

PP.2

5

PP.3

6

PP.4

7

PP.5

8

O.1

9

O.2

10

O.3

11
12

O.4
H.1

Putih
susu
Putih
susu
Kuning
muda
Kuning
Kuning

13

H.2

Kuning

Bentuk
koloni

Bentuk
Elevasi

Pewarnaan
Gram

Oksidase

Katalase

O/F

Putih
susu
Putih
susu
Putih
susu

Lingkaran

Datar

+ / basil

-

+

-

Lingkaram

Datar

- / basil

-

+

-

Tidak
beraturan

Datar

+ / basil

-

+

-

Kuning

Lingkaran

Datar

- / batang
pendek

+

-

-

Lingkaran

Datar

+ / basil

+

+

-

Lingkaran

Cembung

+ / basil

-

+

-

Tdk
beraturan

Datar

+ / basil

-

+

-

Lingkaran

Datar

- / kokus

+

+

Oksidatif

Lingkaran

Datar

+ / basil

+

+

-

Datar

- / kokus

+

+

Oksidatif

Datar
Datar

+ / kokus
+ / kokus
-/batang
pendek

+

+
+

-

+

-

+

Putih
susu
Putih
susu
Kuning

Keterangan:
PM
PP
O
H
No.1,2,3,4, dan 5

Tdk
beraturan
Lingkaran
Lingkaran
Lingkaran

Cembung

: air pascavaksinasi melalui perendaman
: air pemeliharaan ikan mas setelah vaksinasi melalui perendaman
: air pascavaksinasi melalui oral
: air kolam pemeliharaan ikan
: ulangan pada perlakuan

Keduabelas bakteri yang diidentifikasi bersifat motil. Berdasarkan Tabel 3
dapat diketahui kit API yang akan digunakan. Terdapat 3 golongan bakteri yaitu
(1) bakteri batang pendek Gram negatif dan katalase negatif dapat diidentifikasi
dengan kit API 20 NE, (2) bakteri basil Gram positif dan katalase positif dapat
diidentifikasi dengan kit API 50CHB/20E, dan (3) bakteri basil Gram negatif dan
katalase positif dapat diidentifikasi dengan kit API 20E. Tabel 4 merupakan hasil
identifikasi menggunakan kit API.

8

Tabel 4 Bakteri isolat dari air pascavaksinasi melalui perendaman dan oral, serta
pemeliharaan benih ikan mas diidentifikasi menggunakan kit API dan
API web
Kit yang
digunakan
Kit API 50
CHB/20E

Kode sampel
bakteri
PM.1

2.

Kit API 20 E

3.
4.

No.
1.

5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.

Persentase
kesamaan (%)

Kualitas
identifikasi

Bacillus cereus

98,7

Sangat baik

PM.2

Enterobacter
sakazakii

96,1

Baik

Kit API 50
CHB/20E

PP.1

Bacillus subtilis

98,5

Baik

Kit API 20 NE

PP.2

Aeromonas
hydrophilla

99,9

Baik

PP.3

Bacillus cereus

92,8

Sangat baik

PP.4

Bacillus subtilis

88,9

Baik

PP.5

Bacillus cereus

97,8

Sangat baik

O.1

Bacillus cereus

92,8

Sangat baik

98,3

Sangat baik

98,3

Sangat baik

85,9

Sangat baik

Kit API 50
CHB/20E
Kit API 50
CHB/20E
Kit API 50
CHB/20E
Kit API 50
CHB/20E
Kit API 20
Staph
Kit API 20
Staph
Kit API 20 E

Keterangan:
PM
PP
O
H
No.1,2,3,4, dan 5

O.3
H.1
H.2

Nama Bakteri

Staphylococcus
auricularis
Staphylococcus
auricularis
Aeromonas
hydrophilla

: air pascavaksinasi melalui perendaman
: air pemeliharaan ikan mas setelah vaksinasi melalui perendaman
: air pascavaksinasi melalui oral
: air kolam pemeliharaan ikan
: ulangan pada perlakuan

Berdasarkan Tabel 4, ada 10 bakteri yang berhasil diidentifikasi dengan
menggunakan kit API, yaitu 4 bakteri Bacillus cereus, 2 Bacillus subtilis, 2
bakteri Staphylococcus auricularis, 1 Enterobacter sakazakii dan 2 Aeromonas
hydrophilla. Dua isolat bakteri, yaitu isolat O.2 dan O.4 merupakan golongan
bakteri berbentuk kokus Gram negatif yang tidak ada produk kit API untuk
mengujinya, sehingga digunakan uji biokimia saja.
Uji transmisi vaksin DNA anti-KHV
Hasil analisis cracking (Lampiran 8) menunjukkan tidak adanya bakteri
yang mengandung vaksin DNA anti-KHV dikarenakan hasil elektroforegram
menunjukkan pita DNA isolat bakteri dari media lebih besar daripada ukuran pita
plasmid pmBA-GP 25 (k+) yang disajikan pada Gambar 2. Selanjutnya, hasil
analisis PCR (Lampiran 9) menggunakan kontrol positif DNA template GP25
menunjukkan bahwa bakteri yang tumbuh pada media TSA yang ditambahkan
ampisilin tidak dapat mengambil atau uptake vaksin DNA GP25 (Gambar 3a).
Apabila terjadi uptake DNA vaksin oleh bakteri, maka akan timbul pita DNA
produk PCR pada kisaran 300 bp pada elektroforegram. PCR juga dilakukan

9

dengan menggunakan primer 16s rRNA sebagai kontrol internal. PCR bakteri
dengan menggunakan primer 16s rRNA menunjukkan bahwa bakteri memang ada
karena semua isolat memiliki produk PCR (Gambar 3b).

Gambar 2 Elektroforegram hasil uji cracking bakteri isolat dari air pascavaksinasi melalui
perendaman dan oral, serta pemeliharaan benih ikan mas.
Keterangan:
Hasil cracking menunjukkan tidak adanya plasmid GP25 dalam sel isolat bakteri. (m):
marker KAPA DNA ladder (1) PM.1, (2) PM.2, (3) PP.1, (4) PP.2, (5) PP.3, (6) PP.4, (7) PP.5, (8)
O.1, (9) O.2, (10) O.3, (11) O.4, (12) H.1. (K+): bakteri pembawa plasmid GP25 (22,5 ng µL-1),
(K-):kontrol negatif tanpa DNA template.

(a)

(b)
Gambar 3 Elektroforegram (a) produk PCR dengan DNA template GP 25 dari isolat bakteri yang

diambil dari air pascavaksinasi melalui perendaman, oral, dan pemeliharaan benih ikan
mas, (b) produk PCR dengan primer 16s rRNA.
Keterangan:
m: marker KAPA DNA ladder (1) PM.1, (2) PM.2, (3) PP.1, (4) PP.2, (5) PP.3, (6) PP.4, (7) PP.5,
(8) O.1, (9) O.2, (10) O.3, (11) O.4, (12) H.1, (K+):template plasmid GP25, (K-):kontrol negatif
tanpa DNA template.

Pembahasan
Berbagai bakteri dari air dapat tumbuh pada media TSA mengandung
ampisilin. Hal tersebut menunjukkan bahwa banyak bakteri telah tahan terhadap
ampisilin, sebagai akibat meningkatnya resistensi bakteri terhadap antibiotik
(Utami 2012). Resistensi bakteri terhadap antibiotik merupakan kemampuan

10

alami bakteri untuk mempertahankan diri terhadap antibiotik untuk melanjutkan
hidup dalam media yang terdapat antibiotik. Salah satu penyebab terjadinya
resistensi adalah evolusi vertikal atau mutasi dan seleksi. Evolusi vertikal
didorong oleh prinsip seleksi alam. Mutasi spontan pada kromosom bakteri dapat
menimbulkan resistensi pada suatu populasi bakteri. Bakteri yang bermutasi akan
resisten, kemudian tumbuh dan berkembang biak (Kusuma 2010).
Resistensi bakteri terhadap ampisilin tersebut belum tentu menandakan
bahwa bakteri tersebut pasti membawa plasmid penanda resisten ampisilin.
Plasmid ini dapat mengarah ke vaksin DNA anti-KHV yang memang
mengandung penanda resiten ampisilin. Bakteri yang diperoleh tersebut perlu
dipecah (di-cracking) untuk membuktikan apakah bakteri tersebut membawa
vaksin DNA anti-KHV yang berbentuk plasmid atau tidak. Berdasarkan hasil
penelitian (Gambar 2) menunjukkan bahwa bakteri tersebut tidak mengandung
plasmid yang seukuran dengan vaksin DNA anti-KHV. Namun, hal ini belum
meyakinkan apakah genom DNA yang terlihat benar-benar tidak dapat menguptake vaksin. Sehingga perlu dibuktikan dengan PCR dengan primer GP 25.
PCR juga dilakukan dengan primer 16s rRNA sebagai kontrol internal. Setelah
dibuktikan dengan amplifikasi terhadap gen GP25 terbukti bahwa tidak terjadi
amplifikasi gen GP25 (Gambar 3). Hal ini menunjukkan bahwa tidak terdapat
template vaksin DNA anti-KHV pada semua isolat bakteri yang berhasil diisolasi.
Hasil uji cracking dan analisis PCR menunjukkan bahwa tidak ada bakteri
yang mengambil atau uptake vaksin DNA GP25 yang diberikan melalui
perendaman dan oral. Penelitian Nuryati et al. (2013) menyatakan gen GP25 tidak
terdeteksi pada semua organ target karena diduga semua atau hampir semua
plasmid DNA telah terpotong-potong oleh enzim restriksi endogenus. Hal ini
diperkuat oleh pendapat Gillund et al. (2008) yang menjelaskan bahwa vaksin
DNA yang diberikan ke ikan akan mengalami beberapa kemungkinan antara lain:
DNA akan masuk (uptake) ke dalam sel yang ada di lokasi injeksi, DNA akan
tertinggal di bagian luar sel (ekstraseluler), DNA akan didegradasi oleh enzim
endonuklease di jaringan tempat injeksi, dan DNA terdistribusi melalui darah ke
jaringan lain. Pada vaksinasi dengan metode lain, yaitu pemberian bersamaan
dengan pakan dan perendaman, plasmid DNA yang masuk ke tubuh ikan akan
masuk ke dalam sel, dan selebihnya akan didegradasi oleh enzim endonuklease
(Tonheim et al. 2008).
Sisa vaksin yang tidak terserap tubuh ikan misalnya pada kasus vaksinasi
melalui oral terjadi leaching dari pakan buatan (pelet) dapat tersebar ke dalam
perairan ataupun bakteri yang terdapat di dalam air. Hal ini dikhawatirkan
memungkinkan adanya transmisi pada bakteri yang ada di lingkungan budidaya.
Johnson et al. (2014) menjelaskan bahwa transformasi bakteri secara alami pernah
ditemukan pada bakteri Gram positif Streptococcus pneumoniae yang dianggap
terjadi dengan proses paraseksual melibatkan 2 partner yaitu DNA eksogenus dan
sel penerima. Internalisasi dari DNA eksogenus dan integrasi ke dalam sel
penerima memungkinkan bakteri untuk memiliki sifat genetik baru dan
beradaptasi dengan lingkungan, contohnya resisten terhadap antibiotik dan
penggunaan vaksin. Namun, dibutuhkan waktu 10 tahun untuk mengubah dari
transformasi buatan menjadi transformasi alami.
Pada penelitian pendahuluan (Juliadiningtyas 2013) telah dilakukan
deteksi vaksin GP25 pada isolat yang tumbuh setelah perlakuan penambahan

11

vaksin GP25 dengan dosis 12,5 μg/100 μl di media LB-Tripton yang telah
ditambahkan ampisilin dan hasilnya tidak terjadi uptake.
Berkaitan dengan isolat bakteri yang diperoleh, berdasarkan uji fisiologi
dan biokimia, diperoleh 4 golongan bakteri, yaitu bakteri batang pendek Gram
negatif katalase negatif, bakteri basil Gram positif katalase positif, bakteri basil
Gram negatif katalase positif, dan bakteri kokus Gram negatif katalase positif.
Meskipun menurut SNI (2009) bakteri dinyatakan sebagai Aeromonas hydrophila
apabila memenuhi kriteria sebagai berikut: test pewarnaan Gram, hasil reaksi
Gram negative, bentuk batang pendek; pada uji motilitas, hasil reaksinya motil;
uji oksidasi dengan hasil reaksi positif oksidatif, namun hal ini belum dapat
menetukan spesies dua bakteri lainnya, sehingga ketiga bakteri ini yang
selanjutnya diuji menggunakan kit API dan API web untuk menentukan
spesiesnya (Lampiran 10). Hasil menunjukkan bahwa bakteri basil Gram negatif
katalase negatif yang diuji dengan kit API 20 NE merupakan Enterobacter
sakazakii, bakteri batang pendek Gram negatif oksidase positif yang diuji dengan
kit API 20 NE merupakan Aeromonas hydrophilla, dan bakteri basil Gram negatif
katalase positif yang diuji dengan kit API 50 CHB/E merupakan Bacillus cereus.
Dua dari bakteri yang ditemukan tersebut telah dilaporkan sebagai bakteri resisten
terhadap ampisilin yaitu Aeromonas hydrophilla (Dias et al. 2012) dan Bacillus
cereus (Murray et al. 2007), sedangkan Enterobacter sakazakii dilaporkan sebagai
bakteri rentan ampisilin (Njage et al. 2012; Dennison&Morris 2002; Hunter et al.
2008).

KESIMPULAN
Vaksin DNA anti-KHV yang diberikan melalui perendaman dan secara
oral pada benih ikan mas tidak terdeteksi setelah dianalisis dengan PCR, tidak
terjadi transmisi ke bakteri dalam media akuakultur. Hal ini membuktikan vaksin
DNA aman terhadap lingkungan.

DAFTAR PUSTAKA
Allameh SK, Daud H, Yusoff M, Saad CS, Ideris A. 2012. Isolation, identification
and characterization of Leuconostoc mesenteroides as a new probiotic
from intestine of snakehead fish Channa striatus. African Journal of
Biotechnology 11(16): 3810–3816.
Alimuddin, Octavera A, Arifin OZ, Sumantadinata K. 2008. Karakterisasi
promoter β-actin from nile tilapia (Oreochromis niloticus). Jurnal
Akuakultur Indonesia 7(2): 115 – 127
Aris M, Sukenda, Harris E, Sukadi MF, Yuhana M. 2013. Identifikasi molekular
bakteri patogen dan desain primer PCR. Budidaya Perairan September
1(3): 43 – 50.
Dennison SK, Morris J. 2002. Multiresistant Enterobacter sakazakii wound
infection in an adult. Infections in Medicine 19(11):533–535

12

Dias C, Mota V , Murcia AM, Saavedra MJ. 2012. Antimicrobial Resistance
Patterns of Aeromonas spp. Isolated from ornamental fish. Journal
Aquaculture Research and Development 3(3): 1–4.
Gillund F, Kjølberg KA, Krauss MKV, Myhr AI. 2008. Do uncertainty analyses
reveal uncertainties? Using the introduction of DNA vaccines to
aquaculture as a case. Science of The Total Environment 407(1): 185–196.
Haenen OLM, Way K, Bergmann SM, Ariel E. 2004. The emergence of koi
herpesvirus and its significance to European aquaculture. Bulletin of the
European Association of Fish Pathologists 24: 293–307.
Hunter CJ, Petrosyan M, Ford HR, Prasadarao NV. Enterobacter sakazakii: an
emerging pathogen in infants and neonates. Surgical Infections 9(5).
Heppel J, Davis HL. 2000. Application of DNA vaccine technology to
aquaculture. Advanced Drug Delivery Reviews. 43(1): 29–43.
Johnston C. Martin B. Fichant G, Polard P, Claverys JP. 2014. Bacterial
transformation: distribution, shared mechanisms and divergent control.
Nature Review: Microbiology. 12: 181 – 195.
Juliadiningtyas AD. 2013. Uji Potensi Transmisi Vaksin GP25 Pada Bakteri Flora
Nermal Media Budidaya Ikan Mas Cyprinus carpio Secara In Vitro
[Skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Kumaragurubaran K, Kaliaperumal K. 2013. DNA vaccine: the miniature miracle.
Veterinary World 6(4): 228–232.
Kusuma S. 2010. Escherichia coli. [Makalah]. Bandung (ID): Universitas
Padjadjaran.
Manik VT. 2013. Identifikasi dan Filogenetika Bakteri Aeromonas Spp. Isolat Air
Kolam Beberapa Kota Berdasarkan Pada Sekuen Gen 16S rRNA.
[Skripsi]. Bandung (ID): Universitas Pendidikan Indonesia.
Marchesi JR, Sato T, Andrew, Weightman, Tracey, Martin, Fry JC, Hiom SJ,
Wade WG. 1998. Design and evaluation of useful bacterium-spesific PCR
primers that amplify gene coding for bacterial 16S rRNA. Applied and
Environmental Microbiology. 64(2): 795 – 799.
Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA. 2007. Manual of
Clinical Microbiology (9th ed.) American Society of Microbiology Press.
Njage PMK, Dolci S, Jans C, Wangoh J , Lacroix C and Meile L. 2012.
Ampicillin resistance and extended spectrum β- lactamases in
Enterobacteriaceae isolated from raw and spontaneously fermented camel
milk. African Journal of Microbiology Research 6(7): 1446-1452.
Nuryati S, Maswan NA, Alimuddin, Sukenda, Sumantadinata K, Pasaribu FH,
Soejoedono RD, Santika, A. 2010a. Gambaran darah ikan mas setelah
divaksinasi dengan vaksin DNA dan diuji tantang dengan koi herpesvirus.
Jurnal Akuakultur Indonesia 9 : 9-15.
Nuryati S, Alimuddin, Sukenda, Soejoedono RD, Santika A, Pasaribu FH, and
Sumantadinata K. 2010b. Construction of a DNA vaccine using
glycoprotein gene and its expression towards increasing survival rate of
KHV-infected common carp Cyprinus carpio. Jurnal Natur Indonesia
13(1):47-52.
Nuryati S, Yuliyanti, Alimuddin. 2013. Frekuensi dan persistensi vaksin DNA
penyandi GP25 yang diberikan melalui pakan buatan pada ikan mas
Cyprinus carpio. Jurnal Akuakultur Indonesia 12 (2): 151–157.

13

Omori R., Adams B. 2011. Disrupting seasonality to control disease outbreaks:
The case of koi herpes virus. Journal of Theoretical Biology 271 : 159165.
[SNI] Standar Nasional Indonesia. 2009. Metode identifikasi bakteri Aeromonas
hydrophila secara biokimia. SNI 7303:2009.
Sunarto A, Rukyani A, Itami I. 2005. Indonesian experience on the outbreak of
koi herpesvirus in koi and carp (Cyprinus carpio). Bulletin of Fisheries
Research Agency, Yokohama, Japan. 86: 15-21.
Tonheim TC, BØgwald J, Dalmo RA. 2008. What happens to the DNA vaccine in
fish? A review of current knowledge. Fish & Shellfish Immunology 25: 118.
Utami ER. 2012. Antibiotika, resistensi, dan rasionalitas terapi. [Jurnal]. Malang
(ID): Universitas Islam Negeri Maliki Malang.

14

LAMPIRAN
Lampiran 1 Skema proses isolasi bakteri pada penelitian deteksi vaksin DNA antiKHV pada bakteri media budidaya ikan mas

Lampiran 2 Metode identifikasi bakteri dalam penelitian deteksi vaksin DNA antiKHV pada bakteri media budidaya ikan mas

15

Lampiran 3 Gambar koloni dan hasil pewarnaan Gram air isolat pascavaksinasi
media pemeliharaan ikan mas melalui perendaman, oral, dan air
kolam pemeliharaan pada media TSA mengandung ampisilin
No.

Kode
Isolat

Jumlah
koloni

1

PM.
1

TBUD

2

PM.
2

TBUD

3

PP.1

TBUD

4

PP.2

25

5

PP.3

25

Gambar

Gambar hasil pewarnaan Gram

16

No.

Kode
Isolat

Jumlah
koloni

6

PP.4

9

7

PP.5

86

8

O.1

27

9

O.2

75

10

O.3

3

11

O.4

8

Gambar

Gambar hasil pewarnaan Gram

17

No.

Kode
Isolat

Jumlah
koloni

12

H.1

2

13

H.2

19

Gambar

Gambar hasil pewarnaan Gram

Keterangan:
TBUD = Terlalu Banyak Untuk Dihitung

Lampiran 4 Hasil uji biokimia

Uji sitokrom oksidase, (a) hasil positif (b) negatif

Uji motilitas, hasil positif ditandai dengan
tumbuhnya bakteri pada permukaan media

Uji katalase (a) hasil positif (b) negatif

Uji oksidatif/fermentatif

18

Lampiran 5 Hasil identifikasi bakteri secara biokimia di air media pemeliharaan ikan mas yang telah diberi vaksin DNA anti-KHV
menggunakan metode perendaman pada media TSA mengandung ampisilin
No

Kode Isolat

1

3

5

Perendaman Pemeliharaan (PP)

Hasil

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

R1.22

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

R1.41

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

Kuning

Tidak beraturan

Cembung

-

Cocus

-

Kuning

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

Kuning

Tidak beraturan

Cembung

-

Cocus

-

Kuning

Tidak beraturan

Cembung

-

Cocus

-

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

-

Kuning

Tidak beraturan

Cembung

-

Cocus

Kuning

Lingkaran

Datar

+

Basil

-

Kuning

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

Kuning

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

TBUD

TBUD

R1.42

8

R2.22

9

R2.41

10

R1.21

11

R1.22

12

R2.42

13

R2.45

14

TBUD
TBUD
TBUD
112

99

R2.46

15

R1.62

16

R2.61

17

Pewarnaan Gram

Bentuk
Elevasi

R2.21

Perendaman Media (PM)

H1
Bentuk Koloni

R1.61

7

Jumlah
Koloni

Warna Koloni

R1.21

2

4

Nomor Isolat

TBUD
19

R2.62

Uji C.Oxydase

Bentuk

Katalase

+

H4
No

Kode Isolat

1

Nomor Isolat

Jumlah
Koloni

Warna Koloni

Bentuk Koloni

Pewarnaan Gram

Bentuk
Elevasi

Hasil

Uji C.Oxydase

Katalase

Bentuk

R1.21

107

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

R1.41

TBUD

Putih susu

Tidak beraturan

Datar

+

Basil

-

-

3

R1.61

TBUD

Kuning

Lingkaran

Datar

-

Batang pendek

+

-

4

R1.62

Putih susu

Tidak beraturan

Datar

+

Basil

+

2

Perendaman Pemeliharaan (PP)

19

5

R2.21

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

6

R2.41

109

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

-

7

R2.42

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

8

R2.61

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

Kuning

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

Putih susu
Putih susu

Lingkaran
Lingkaran

Datar
Datar

+
+

Basil
Cocus

Putih susu

Tidak beraturan

Datar

+

Basil

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

9
10

R2.62
Perendaman Media (PM)

11
12
13

150

Kontrol Positif (K)

14

R1.23

6

R1.24
K200 10-4 (1)
K200 10-4 (2)

18X10X10-4

K600 10-3

10X10X10-3

+

H7
No

Kode Isolat

1

Jumlah
Koloni

Perendaman Pemeliharaan (PP)

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

+

Lingkaran

Cembung

+

Basil

-

+

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

Putih susu

Tidak beraturan

Datar

-

Putih susu
Putih susu

R1.41

47

R1.22

3

Hasil

Bentuk Koloni

25

Pewarnaan Gram

Bentuk
Elevasi

Warna Koloni

R1.21

2

4

Nomor Isolat

Uji C.Oxydase

Bentuk

R1.61

21

+

Batang Pendek

5

R2.21

87

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

6

R2.41

9

Kuning

Tidak beraturan

Datar

+

Basil

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

7

-

+

+

R2.61

18

8

R1.21

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

9

R1.4

26
15

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Basil

-

86
44

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Basil

-

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

10
11

R1.6
Perendaman Media (PM)

R2.2

12

R2.42

13

R2.61
K200 10-3

14

17

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

16
12X10X10-3

Kuning

Lingkaran

Datar

+

Cocus

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

Katalase

+

20

Lampiran 6 Hasil identifikasi bakteri secara biokimia di air media pemeliharaan ikan mas yang telah diberi vaksin DNA anti-KHV
menggunakan metode oral pada media TSA mengandung ampisilin
H1
No

Kode Isolat

Nomor
Isolat

Jumlah
Koloni

Pewarnaan Gram

Warna Koloni

Bentuk Koloni

Bentuk
Elevasi

Hasil

Uji C.Oxydase

Bentuk

O1.2

180

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

O1.4

233

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

O1.6

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

4

O2.2

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

5

O2.4

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Batang Pendek

+

O2.6

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Basil

+

K1.2

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

8

K1.4

83

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

9

K1.6

TBUD

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

K2.2

TBUD

Bening

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

K2.4

107

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

K2.6

132

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

1
2
3

Vaksinasi Oral (O)

6
7

Kontrol Positif (K+)

10
11
12
No

Kode Isolat

Nomor
Isolat

Jumlah
Koloni

Katalase

+

H4
Pewarnaan Gram

Warna Koloni

Bentuk Koloni

Bentuk
Elevasi

Hasil

Bentuk

Uji C.Oxydase

Katalase

1

O1.21

27

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

+

2

O1.4
O1.6

7
75

Putih susu
Putih susu

Lingkaran
Lingkaran

Datar
Datar

+

Cocus
Basil

+
+

+

4

O2.2

40

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

5

O2.4

17

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

6

O2.61

17

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

7

K1.2

16

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

K1.4

10

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

K1.6

27

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

+

3

8
9

Vaksinasi Oral (O)

Kontrol Positif (K+)

21

10

K2.2

65

Putih susu

Lingkaran

Datar

-

Cocus

+

11

K2.4

5

Kuning

Lingkaran

Cembung

-

Cocus

+

12

K2.6

25

Putih susu

Lingkaran

Datar

+

Cocus

-

Nomor
Isolat

Jumlah
Koloni

No

Kode Isolat

1

O1.21

2

O1.22

3

O1.23

16

H7
Warna Koloni

Bentuk Koloni

Kuning

Lingkaran

Kuning

Lingkaran

Pewa