KROMOSOM PADA EUKARYOT Pemetaan kromosom -fisik: mikroskopik sitologi -rekombinasi gen (pindah silang) Æ peta genetik

PI NDAH SI LANG DAN PEMETAAN
KROMOSOM PADA EUKARYOT
Pemetaan kromosom
-fisik: mikroskopik & sitologi
-rekombinasi gen (pindah silang) Æ peta genetik

Pindah Silang
Hukum perpaduan bebas:
-gen terletak pada kromosom berbeda
Gen terletak pada kromosom yang sama Æ?

Bateson & Punnet ( 1905-1908) :
-penyimpangan hukum perpaduan bebas
-perbandingan F2 tidak sesuai Mendel
Contoh
Persilangan dihibrid ( sweet pea):
-warna bunga (P= ungu, p= merah)
-bentuk polen (L= panjang, l= bundar)

PPLL x ppll Æ F1: PpLl Æ F2?
Fenotipe (genotipe)

Ungu-panjang (P-LL)
Ungu-bundar (P-ll)
Merah-panjang (ppL-)
Ungu-bundar (ppll)
Total

Pengamatan Hipotesis
296
9/16
19
3/16
27
3/16
85
1/16
427

Harapan
240,2
80,1

80,1
26,6
427

X2
13
46,6
35,2
128,2
223

Terpaut Vs Pindah Silang
Terpaut

p

L

l


P

P

p

p

L

L

l

l

P

P


p

p

L

L

l

l

Tipe Tetua

Pindah Silang

P
L
P
L


P

Tipe Tetua

Tipe Tetua

P

p

L

l

P

P p

p


L

l L

l

P

p

p

l

L

l

P


p

l

L

Tipe Rekombinan

p
l

Tipe Tetua

Frekuensi Rekombinasi
P: AABB x aabb Æ F1: AaBb ----- Æ(AB/ ab)
Uji silang: AaBb x aabb Æ ?
AB, ab Æ tipe tetua
Ab, aB Æ tipe rekombinan
A dan a bersegregasi bebas Æ A:a = 0,5:0,5

B dan b bersegregasi bebas Æ B:b = 0,5:0,5

Bila A dan B bebas ( tidak terpaut)
Tetua 1 : Rekombinan 1 : Rekombinan 2 : Tetua 2
= AB : Ab : aB : ab = 0,25 : 0,25 : 0,25 : 0,25

Bila A dan B terpaut
Jika r = frekuensi rekombinasi,
maka: frekuensi tetua = 1-r
Tetua 1 : Rekombinan 1 : Rekombinan 2 : Tetua 2
= AB : Ab : aB : ab = 0,5 (1-r) : 0,5 r : 0,5 r : 0,5 (1-r)

Nilai r Æ?
Tidak ada pindah silang Æ r = 0,
artinya: kedua lokus (A dan B) terpaut sempurna,
sehingga hanya ada gamet tetua (AB dan ab)
Lokus A dan B bebas Æ r = 0,5

Nilai r = antara 0 dan 0,5


Faktor penentu frekuensi pindah silang
A

B

C

a

b

c

Peluang terjadinya pindah silang antara lokus A
dan B lebih kecil daripada antara lokus B dan C

Î Semakin besar jarak antar lokus, semakin
besar peluang terjadinya rekombinasi
Jarak antar lokus terdekat Æ terpaut sempurna
Jarak antar lokus terjauh Æ perpaduan bebas


Persilangan P: AB/ AB x ab/ ab
F1: AB/ ab

Gamet
AB (tipe tetua 1)
Ab (tipe rekombinan 1)
aB (tipe rekombinan 2)
ab (tipe tetua 2)

Pautan
sempurna
0,5
0
0
0,5

Pautan tidak
sempurna
0,5 (1-r)

0,5 r
0,5 r
0,5 (1-r)

Perpaduan
bebas
0,25
0,25
0,25
0,25

Uji silang F1: AB/ ab x ab/ ab
Fenotipe/Genotipe
AB/ab (tipe tetua 1)
Ab/ab (tipe rekombinan 1)
aB/ab (tipe rekombinan 2)
ab/ab (tipe tetua 2)

Frekuensi
0,5 (1-r)
0,5 r
0,5 r
0,5 (1-r)

# individu
nAB
nAb
naB
nab

Pendugaan koefisien rekombinasi
r=

0,5 r + 0,5 r
0,5 (1-r) + 0,5 r + 0,5 r + 0,5 (1-r)

=

=

nAb + naB
nAB + nAb + naB + nab
n(rekombinan 1) + n(rekombinan 2)
Total

Koefisien rekombinasi = jarak lokus
Jarak antara lokus A dan B
= rAB = r x 100 cM (centi Morgan)

Penyusunan Peta Genetik pada kromosom
Cara:
ƒTentukan apakah lokus-lokus terletak pada
kromosom yang sama atau terpisah Æ bebas atau
terpaut
ƒLokus-lokus terpaut dikelompokkan Æ kelompok
pautan ( linkage group)
ƒTentukan jarak antar lokus-lokus yang berpautan

Persilangan: ABCDE/ ABCDE x abcde/ abcde
F1 (ABCDE/ abcde)
Silang uji: ABCDE/ abcde x abcde/ abcde
Hasil silang uji (hanya alel F1 yang disajikan)

Fenotipe
ABCDE
ABCDe
ABCdE
ABCde
ABcDE
ABcDe
ABcdE
ABcde

# ind
107
35
24
103
13
1
2
15

Fenotipe
AbCDE
AbCDe
AbCdE
AbCde
AbcDE
AbcDe
AbcdE
Abcde

Peta genetik?

# ind
34
8
9
35
3
2
0
4

Fenotipe
aBCDE
aBCDe
aBCdE
aBCde
aBcDE
aBcDe
aBcdE
aBcde

# ind
10
3
1
4
41
10
5
34

Fenotipe
abCDE
abCDe
abCdE
abCde
abcDE
abcDe
abcdE
abcde

# ind
10
1
0
11
107
28
24
116

Segregrasi silang uji untuk pasangan 2 lokus
Ps AB

Ps AC

Ps AD

Ps AE

Ps BC

AB

300

AC

355

AD

203

AE

192

BC

287

Ab

95

Ac

40

Ad

192

Ae

203

Bc

121

aB

108

aC

40

aD

210

aE

198

bC

108

ab

297

ac

365

AD

195

ae

207

bc

284

Ps BD

Ps BE

Ps CD

Ps CE

Ps DE

BD

220

BE

203

CD

208

CE

195

DE

325

Bd

188

Be

205

Cd

187

Ce

200

De

88

bD

193

bE

187

cD

205

cE

195

dE

65

bd

199

be

205

cd

200

ce

210

de

322

Uji kebebasan lokus A dan lokus B
Fenotipe

Hipotesis

Pengamatan

Harapan

AB

0,25

300

200

50

Ab

0,25

95

200

55,1

aB

0,25

108

200

42,3

ab

0,25

297

200

47,1

Total

Khi-kuadrat

800

X2(3, 0,05) = 7,185

X2 hitung > X2(3, 0,05)

Lokus A terpaut lokus B
Jarak antara A dan B?

194,5

Jarak genetik antara lokus A dan B
nAb + naB

203

r AB = nAB + nAb + naB + nab = 800 = 25,38 cM
X2 hitung dan hubungan antar 2 lokus
A
A

B

C

D

E

194,5

512,3

1

0,6

146,7

3

1,1

1,3

0,8

B

terpaut

C

terpaut terpaut

D

bebas

bebas

bebas

E

bebas

bebas

bebas

306,93
terpaut

X2(3, 0,05) = 7,185
2 kelompok pautan: ABC dan DE

Latihan soal
Hitung jarak antara A dan C, antara B dan C, dan
antara D dan E? Berapa koefisien koinsiden dan
koefisien interferensi ?

Jika jarak AB< BC, dan AC< BC, maka A terletak
diantara B dan C
B

A

C

I nterferensi dan Koinsidensi
Pindah silang ganda (psg) adalah dua kejadian
pindah silang pada ruas yang berdampingan
secara bersamaan
Kedua pindah silang:
ƒsaling mempengaruhi (menekan atau
merangsang)
ƒtidak saling mempengaruhi (bebas)
Dua pindah silang tidak saling mempengaruhi
P (psg 1-2) = P (ps 1 ∩ ps2)
B

b

1

A

a

2

C

c

Pindah silang ganda
B

A

C

b

a

c

• Ps BA bebas terhadap Ps AC
Frekuensi (psg BC) = r BA.r AC
• Jika Ps yang satu merangsang Ps yang lain
Frekuensi (psg BC) > r BA.r AC
• Jika Ps yang satu menekan Ps yang lain
Frekuensi (psg BC) < r BA.r AC
Besarnya pengaruh satu Ps dari satu ruas ke ruas
lainnya Æ koefisien koinsiden (C) atau koefisien
interferensi (I )

Frekuensi (psg BC)
C=
r BA.r BC
C = 1 Æ kedua ps bebas
C> 1 Æ ps yang satu merangsang ps yang lain (psg
meningkat)
C< 1 Æ ps yang satu menekan ps yang lain (psg
menurun)
I = ukuran penekanan/ hambatan ps yang satu
terhadap ps lain
I = 1-C
C= 1, I = 0 Æ tidak terjadi hambatan ps
C> 1 Æ I < 0 Æ terjadi hambatan negatif, atau ps yang
satu merangsang ps yang lain (psg meningkat)
C< 1 Æ I > 0 Æ terjadi hambatan ps yang satu oleh ps
yang lain

PEMETAAN GENETIK PADA KROMOSOM X
Pada Drosophila:
Echinus = ec = mata kasar, resesif thd tipe liar (+)
Cut = ct = sayap tercabik resesif thd tipe liar (+)
Persilangan:
betina homozigot echinus x jantan hemizigot cut
F1: semua betina tipe liar, jantan echinus
Perkawinan F1 jantan x F1 betina Æ F2:
Fenotipe
Echinus
Cut
Echinus & Cut
Tipe liar

Jantan
420
434
70
76

Betina
490
0
0
510

Pindah silang pada kromosom kelamin
•Hanya terjadi pada kromosom X
•Rekombinasi terjadi pada gamet betina
•F2 jantan = hasil uji-silang
ec
ec

+
+

ec
+

+
ct

+

ct

ec

+

Tetua

rec-ct =

PS

F1

n(ec, ct) + n(+, +)
Total

ec

+

T1

ec

ct

R1

+

+

R2

+

ct

T2

Gamet betina

=

70+76
1000

x 100 cM= 14.6
cM

KOEFISIEN REKOMBINASI DARI POPULASI F2
AABB x aabb Æ F1: AaBb
Jika r = frekuensi rekombinasi, maka:
Frekuensi gamet F1:
0.5(1-r) AB, 0.5r Ab, 0.5r aB, 0.5(1-r) ab
Jika F1 melakukan penyerbukan sendiri
(perkawinan sesama F1), maka frekuensi individu
(genotipe) dari populasi F2?

Frekuensi populasi genotipe F2
Gamet
betina

Gamet jantan
0.5(1-r) AB 0.5r Ab

0.5r aB

0.5(1-r) ab

0.25r(1-r)
AABb

0.25r(1-r)
AaBB

0.25(1-r)2
AaBb

0.5r Ab

0.25r(1-r)
AABb

0.25r2
AAbb

0.25r2
AaBb

0.25r(1-r)
Aabb

0.5r aB

0.25r(1-r)
AaBB

0.25r2
AaBb

0.25r2
aaBB

0.25r(1-r)
aaBb

0.5(1-r) ab

0.25(1-r)2
AaBb

0.25r(1-r)
Aabb

0.25r(1-r)
aaBb

0.25(1-r)2
aabb

0.25(1-r)2
0.5(1-r) AB
AABB

Bateson & Punnet (1905-1908):
F2 pada sweet pea:
Fenotipe (genotipe) Pengamatan
Harapan
Ungu-panjang (P-L-)
296
0.25 (r2-2r+3)
Ungu-bundar (P-ll)
19
0.25 (2r-r2)
Merah-panjang (ppL27
0.25 (2r-r2)
)Merah-bundar (ppll)
85
0.25 (1-r)2
Total
427

Koefisien rekombinasi
•Dari genotipe P-L0.25 (r2-2r+3) = 296/427
r2-2r+3 = 2.7728
(1-r)2+2 = 2.7728
(1-r)2 = 0.7728
1-r = 0.8791
r = 0.1209

•Dari genotipe P-ll
0.25 (2r-r2) = 19/427
2r-r2 = 0.1780
1-(1-r)2 = 0.1780
(1-r)2 = 0.8220
1-r = 0.9066
r = 0.0934

•Dari genotipe ppL0.25 (2r-r2) = 27/427
2r-r2 = 0.2529
1-(1-r)2 = 0.2529
(1-r)2 = 0.7471
1-r = 0.8643
r = 0.1357

•Dari genotipe ppll
0.25 (1-r)2 = 85/427
(1-r)2 = 0.7963
1-r = 0.8934
r = 0.1066

Perbedaan koefisien rekombinasi

Dokumen yang terkait

PENGARUH PEMBERIAN SEDUHAN BIJI PEPAYA (Carica Papaya L) TERHADAP PENURUNAN BERAT BADAN PADA TIKUS PUTIH JANTAN (Rattus norvegicus strain wistar) YANG DIBERI DIET TINGGI LEMAK

23 199 21

KEPEKAAN ESCHERICHIA COLI UROPATOGENIK TERHADAP ANTIBIOTIK PADA PASIEN INFEKSI SALURAN KEMIH DI RSU Dr. SAIFUL ANWAR MALANG (PERIODE JANUARI-DESEMBER 2008)

2 106 1

FREKUENSI KEMUNCULAN TOKOH KARAKTER ANTAGONIS DAN PROTAGONIS PADA SINETRON (Analisis Isi Pada Sinetron Munajah Cinta di RCTI dan Sinetron Cinta Fitri di SCTV)

27 310 2

MANAJEMEN PEMROGRAMAN PADA STASIUN RADIO SWASTA (Studi Deskriptif Program Acara Garus di Radio VIS FM Banyuwangi)

29 282 2

ANALISIS PROSPEKTIF SEBAGAI ALAT PERENCANAAN LABA PADA PT MUSTIKA RATU Tbk

273 1263 22

PENERIMAAN ATLET SILAT TENTANG ADEGAN PENCAK SILAT INDONESIA PADA FILM THE RAID REDEMPTION (STUDI RESEPSI PADA IKATAN PENCAK SILAT INDONESIA MALANG)

43 322 21

KONSTRUKSI MEDIA TENTANG KETERLIBATAN POLITISI PARTAI DEMOKRAT ANAS URBANINGRUM PADA KASUS KORUPSI PROYEK PEMBANGUNAN KOMPLEK OLAHRAGA DI BUKIT HAMBALANG (Analisis Wacana Koran Harian Pagi Surya edisi 9-12, 16, 18 dan 23 Februari 2013 )

64 565 20

PEMAKNAAN BERITA PERKEMBANGAN KOMODITI BERJANGKA PADA PROGRAM ACARA KABAR PASAR DI TV ONE (Analisis Resepsi Pada Karyawan PT Victory International Futures Malang)

18 209 45

STRATEGI KOMUNIKASI POLITIK PARTAI POLITIK PADA PEMILIHAN KEPALA DAERAH TAHUN 2012 DI KOTA BATU (Studi Kasus Tim Pemenangan Pemilu Eddy Rumpoko-Punjul Santoso)

119 459 25

PENGARUH BIG FIVE PERSONALITY TERHADAP SIKAP TENTANG KORUPSI PADA MAHASISWA

11 131 124