13
3.1.3 Ekstraksi DNA kromosom dan Elektroforesis
Ekstraksi DNA genom dari isolat Vibrio sp. telah berhasil dilakukan metode kuantifikasi berdasarkan spektrofotometer Tabel3 dan kualitas
berdasarkan elektroforesis pada gel agarose 1 Gambar 5
Tabel 3.Kuantifikasi DNA genom isolat Vibrio sp.
Untuk mengetahui ekuivalensi antara OD sel dengan konsentrasi DNA yang diperoleh dari hasil ekstraksi, maka dilakukan pula tahap pengukuran
kepadatan bakteri dengan menggunakan spektrofotometer Lampiran 4.
Sampel Pengenceran Rasio
λ
260
λ
280
Konsentrasi DNAngµl
U5
10 1.992
880 10
2
1.845 80
10
3
1.609 64
10
4
1,800 -474,7
10
5
1.076 -882.7
U24
10 1,990
720 10
2
1,921 81,20
10
3
1,811 59,20
10
4
1,569 18
10
5
1,557 -312.4
M 1 2 3 4 5 6 7 8
21 Kbp
5 Kbp
Keterangan : Lajur 1-8 : V-U5, V-U7, V-U8, V-U9,V-U24, V-U27, V-U41NL dan V-V44, M : marker lamda DNAEcoRI + HindIII
Keterangan : Nilai diperoleh dari hasil regresi Persamaan garis : U5 : Y: -408X + 1157,3
U24 :Y: -212,8X + 751,6
Gambar 5.Elektroforesis genom Vibrio sp.
14 Tahap log faseoptical density OD diukur dari populasi sel yang dikultur
selama 18-24 jam. Hasil Pengukuran dapat dilihat pada Tabel 4 dan 5 dibawah ini.
Tabel 4. Hasil pengukuran Optical Density OD bakteri galur V-U5 yang dikultur 18 -24 jam pada media LB luria bertani.
Gambar 6. Grafik semi log Optical Density OD bakteri galur V-U5.
Pengenceran Bakteri U5
T OD
Jumlah Bakteriml
1:1 1:2
1:4 1:8
1:16 1,4
4,6 12,6
30,8 47,1
1,85 1,34
0,90 0,51
0,33 5,4 X 10
8
2,7 X 10
8
1,4 X 10
8
6,8 X 10
7
3,4 X 10
7
Keterangan : 100 T pada λ 600 nm Persamaan garis ; Y: 0,8513X + 7,626
15
Tabel 5. Hasil pengukuran Optical Density OD bakteri galur V-U24 yang dikultur 18-24 jam pada media LB luria bertani.
Gambar 7. Grafik Semi log Optical Density OD bakteri V-U24
Gambar grafik 6 dan 7 diatas menunjukkan bahwa semakin tinggi nilai optical density
OD maka tingkat kepadatan bakteri juga semakin tinggi. Bakteri yang dikultur selama 18-24 jam memiliki kepadatan 12,27 X10
8
selml untuk bakteri V-U24 dan 5,4 X 10
8
selml untuk bakteri V-U5.
3.1.4 Amplifikasi gen hemolysin Myhemo Primer
Kategori