15
Tabel 5. Hasil pengukuran Optical Density OD bakteri galur V-U24 yang dikultur 18-24 jam pada media LB luria bertani.
Gambar 7. Grafik Semi log Optical Density OD bakteri V-U24
Gambar grafik 6 dan 7 diatas menunjukkan bahwa semakin tinggi nilai optical density
OD maka tingkat kepadatan bakteri juga semakin tinggi. Bakteri yang dikultur selama 18-24 jam memiliki kepadatan 12,27 X10
8
selml untuk bakteri V-U24 dan 5,4 X 10
8
selml untuk bakteri V-U5.
3.1.4 Amplifikasi gen hemolysin Myhemo Primer
Genom hasil ekstraksi selanjutnya diamplifikasi dengan menggunakan primer Myhemo F1R1 dan kemudian dilakukan visualisasi dengan melakukan
elektroforesis pada gel agarose 0,7 dapat dilihat pada gambar 8 di bawah ini. Pengenceran
Bakteri U24 T
OD Jumlah
Bakteriml 1:1
1:2 1:4
1:8 1:16
1,3 4,0
12,5 27,2
47,6 1,89
1,40 0,90
0,57 0,32
12,3 X 10
8
6,1 X 10
8
3,1 X 10
8
1,5 X 10
7
7,7 X 10
7
Keterangan : 100 T pada λ 600 nm Persamaan garis : Y : 0,7427X + 7,7324
16 s
Setelah dilakukan elektroforesis. Dihasilkan dua isolat bakteri yang teramplifikasi yaitu V-U5 dan V-U24. Untuk meyakinkan hasil PCR maka
dilakukan kembali PCR II dari produk PCR1 dan ternyata hasil yang didapatkan tetap hanya dua isolat yang teramplifikasi dapat dilihat pada gambar 9 dibawah
ini.
M 1
2 3
518b
400b
Keterangan : Suhu annealing 50 C, Lajur1 :V-U5,Laajur 2: V-U7, Lajur 3 :V-U24
Lajur 4 : V-U27, Lajur 5 : V-V44 , Lajur 6 : V-U9, Lajur 7 : V-U8, Lajur 8: V-U41NL, Lajur 9-10: kontrol positif , Lajur 11 : kontrol
negatif, M : marker
Keterangan : Suhu annealing 50 C, pengenceran 10X, M = marker, Lajur 1 : V-
U5, Lajur 2 : V-U24, Lajur 3. Kontrol negatif
M 1 2 3
4 5 6 7 8 9 10
518b p
400b
Gambar 8.Gambar gel elektroforesis hasil amplifikasi PCR menggunakan primer Myhemo F1R1
Gambar 9.Gambar gel elektroforesis hasil amplifikasi PCR dengan menggunakan primer Myhemo F1R1
17
3.1.5 Amplifikasi gen hemolysin Myhemo Primer F1R1 hasil Pengenceran
Untuk mengetahui kemampuan primer yang telah dirancang dalam mengamplifikasi DNA dengan konsentrasi paling minimum, dilakukan proses
pengenceran pada genom kedua isolat V-U5 dan V-U24 yaitu pengenceran 10
2
, 10
3
, 10
4
dan 10
5
sekuen primer Myhemo F1 5-CCCAGTTGTATAGCGGTA-3, R1 5’-GATGGTCAGTGCCTCTCA-3’ dengan target sekitar 518 bp dan hasil
amplifikasi dapat dilihat pada Gambar 10 di bawah ini.
Hasil visualisasi elektroforesis pada gel agarose 0,7 menunjukkan bahwa kombinasi pasangan primer Myhemo F1R1 berhasil mengamplifikasi
DNA sampel sampai pada pengenceran 100X dengan konsentrasi DNA untuk V- U5 yaitu 80 ngµl equivalent dengan 3,1 x 10
7
selml bakteri dan V-U24 81,20 ngµl equivalent dengan 3,1 x 10
7
selml bakteri, dimana 2.6 fg DNA, equivalent dengan 1 sel bakteri Lee et al, 1995b. Sedangkan untuk pengenceran 10
3
,10
4
, dan 10
5
, gen target belum berhasil teramplifikasi.
M 1 2 3 4 5 6 7 89 518b
pKb
400b
, Keterangan : Suhu annealing 50
C hasil pengenceran 10
2
,10
3
,10
4
, dan 10
5
M : marker, Lajur 1 : V-U5 10
2
, Lajur 2 . V-U24 10
2
, Lajur 3-4 : V-U5 dan V-U24 10
3
, Lajur 5-6 : V-U5 dan V-U24 10
4
, Lajur 7-8: V-U5 dan V-U24 10
5
, Lajur 9 : kontrol negatif.
Gambar 10. Gambar gel elektroforesis hasil amplifikasi PCR menggunakan
18
3.2 Pembahasan
