29 variabel yang menyusun sebuah komponen utama lebih jelas dan nyata. Dengan
demikian nilai korelasi karakter tinggi tanaman dalam tabel ini adalah 0.75, panjang rachis adalah 0.90, petiole cross section adalah 0.81, jumlah daun adalah
0.69, leaf area adalah 0.92, klorofil a 0.11 dan klorofil b 0.13 pada komponen pertama. untuk komponen kedua tinggi tanaman dalam tabel ini adalah 0.16,
panjang rachis adalah 0.19, petiole cross section adalah -0.04, jumlah daun adalah 0.18, leaf area adalah 0.05, klorofil a 0.97 dan klorofil b 0.96.
Pada tabel Component Transformation Matrix pada Lampiran 9 terlihat bahwa nilai koefisien korelasi antara komponen 1 dengan komponen 1 serta
komponen 2 dengan komponen 2 memiliki nilai 0.93 yang menunjukkan adanya korelasi yang cukup erat pada saat sebelum maupun sesudah rotasi.
Pengelompokan karakter morfologis maupun fisiologis yang membentuk masing
– masing komponen ini sesuai dengan hasil penelitian Oboh dan Fakorede 1992 yang menunjukkan bahwa karakter vegetatif morfologis seperti tinggi
batang, diameter mahkota, laju penambahan tinggi batang membentuk satu komponen sendiri dan komponen lain yang berasosiasi dengan produksi seperti
kadar minyakmesokarp, persentase mesokarpbuah, persentase cangkangbuah, persentase kernelbuah, dan nilai rerata tandan buah segar, serta produksi tandan
buah segar masing – masing membentuk satu komponen tersendiri.
2.2 Analisis Komponen Utama Principal Component Analysis
Dari hasil analisa faktor sebelumnya diperoleh dua komponen utama PC 1 dan PC 2 yang menjelaskan 75.8 dari seluruh keragaman fenotifik dari
seluruh aksesi. Untuk melihat hubungan dari masing – masing aksesi dengan
karakter – karakter penyusun dari masing – masing komponen maka dilakukan
Universitas Sumatera Utara
30 analisis komponen utama. Hubungan antara variabel kuantitatif dan masing
– masing komponen utama dapat dilihat dalam Tabel 5.
Hasil analisis menyimpulkan ada dua komponen utama yaitu komponen utama 1 PC 1 dan komponen utama 2 PC 2 yang membentuk keanekaragaman
fenotifik pada 47 aksesi yang diamati. Masing – masing komponen yaitu PC 1
menggambarkan 51.8 dan PC 2 menggambarkan 28.0 keragaman fenotifik pada penelitian ini. Pada PC 1 terdapat lima variabel karakter morfologi yang
menyusun komponen tersebut dengan nilai korelasi lebih besar dari 0.5 yaitu tinggi tanaman 0.75, panjang rachis 0.90, jumlah total daun 0.69, leaf area
0.92 dan pcs 0.81. Untuk PC 2 terdapat 2 variabel karakter fisiologi yang menyusunnya yaitu klorofil a 0.97 dan klorofil b 0.96.
Tabel 5. Nilai Eigenvalues Dan Persentase Keragaman Yang Dijelaskan Oleh Kedua Komponen Utama Untuk Semua Aksesi
Deskripsi PC 1
PC 2 Eigenvalues
3,63 1,68
Proporsi Keragaman 51,8
24,0 Keragaman Kumulatif
51,8 75,8
Tinggi tanaman cm 0,75
0,16 Panjang Rachis cm
0,90 0,19
Jumlah Total Daun 0,69
0,19 Leaf Area m2m2
0,92 0,05
PCS cm2 0,81
-0,35 Klorofil a mgL
0,11 0,97
Klorofil b mgL 0,13
0,96
Gambar 2 merupakan Gambaran grafik dua dimensi dari penyebaran 47 aksesi plasma nutfah asal Kamerun pada setiap region asalnya. Setiap aksesi
Universitas Sumatera Utara
31 diplotkan pada grafik sesuai dengan nilai skor dari kombinasi linier komponen
utama yang dibentuk, dalam penelitian ini diperoleh dua komponen utama yaitu komponen pertama dan komponen kedua. Dari grafik dapat dilihat sebaran dari
masing – masing aksesi yang membentuk kelompok yang berdekatan maupun
berpisah satu sama lain. Aksesi CMR 5 terletak paling jauh dari kelompok yang dibentuk oleh
nilai skor pada kombinasi linier dari dua komponen utama. Demikian juga halnya dengan CMR 76, CMR 1, CMR 39, CMR 32 dan CMR 47. Dapat dilihat bahwa
seluruh aksesi kamerun menyebar secara acak secara fenotifik tanpa mengelompok menurut region asalnya. Namun hampir keseluruhan dari aksesi
yang berasal dari region 5 membentuk satu kelompok dan rata – rata terletak pada
kwadran pertama dari grafik yang terbentuk yang merupakan kombinasi nilai skor negatif.
Diasumsikan bahwa aksesi yang berasal dari region 5 memiliki pertumbuhan yang kurang jagur jika dibandingkan dengan yang berasal dari
region 3, hal ini disebabkan asal lokasi aksesi ini merupakan savana yang memiliki curah hujan lebih rendah jika dibandingkan dengan region 3 yang
merupakan dataran tinggi. Penyebaran aksesi secara acak tanpa mengelompok menurut asal
geografisnya terutama untuk parameter fisiologis yaitu kandungan klorofil a dan b juga dapat ditemui dalam aksesi tanaman sagu yang diteliti oleh Kjaer et al 2004
yang menyebutkan bahwa saat asal dari individu sagu yang diteliti diplotkan pada diagram ordinal, dan jelas terlihat bahwa jarak antar setiap populasi tidak
direfleksikan dengan cara yang semudah ini. Penelitian ini menyimpulkan
Universitas Sumatera Utara
32 meskipun jarak genetik dan geografis berkaitan secara umum, beberapa
pengecualian bisa diintroduksikan sebagai introduksi terkini. Hal yang sama juga ditemui oleh Efombaghn et al 2009 sewaktu nilai
rerata dari keseluruhan 16 karakter morfologis dan kualitatif dari penelitian ini diamati, tingkat keberagaman asal aksesi antara perkebunan dan plasma nutfah
tidak begitu beragam. Meskipun keragaman morfologis menggunakan karakter kuantitatif PCA menunjukkan jarak yang berbeda antara aksesi yang berasal dari
Perkebunan Barat dan Utara. Namun demikian tidak ditemui adanya perbedaan secara genetik yang dianalisis dengan metode analisis microsatelitte diantara dua
sub kelompok ini. Keragaman yang ditemui disebabkan oleh faktor – faktor non
Gambar 2. Plot Nilai Skor dari Hasil Analisis Komponen Utama Untuk Komponen Satu dan Dua
5 4
3 2
1 -1
-2 -3
-4 4
3 2
1
-1 -2
-3
First C ompone nt 51.8
S e
co n
d C
o m
p o
n e
n t
2 4
3 4
5 Region
CMR103 CMR102
CMR99 CMR98
CMR97 CMR96
CMR93
CMR86 CMR81
CMR80 CMR79
CMR77 CMR76
CMR75 CMR74
CMR73 CMR72
CMR68 CMR67
CMR62 CMR58
CMR57 CMR56
CMR55 CMR54
CMR53 CMR52
CMR48 CMR47
CMR45 CMR44
CMR42 CMR41
CMR39 CMR36
CMR32 CMR28
CMR27 CMR25
CMR24 CMR23
CMR20 CMR18
CMR15 CMR5
CMR4
CMR1
Analisis Komponen Utama Principal Component Analysis Komponen 1 dan 2
I I
III IV
Universitas Sumatera Utara
33
Gambar 3. Grafik Analisis Biplot 47 Aksesi Kamerun
genetik seperti keadaan pertumbuhan kakao secara umum diantara kedua region pertumbuhan ini.
Aksesi – aksesi dalam region 4 menyebar cukup merata pada ke tiga
kwadran kecuali pada kwadran I yang didominasi oleh aksesi yang berasal dari region 5. Untuk aksesi
– aksesi yang ada dalam region 3 menyebar dalam kwadran II, III dan IV, yang terbanyak tersebar dalam kwadran III yang tersusun
dari kombinasi nilai skor positif. Tidak ditemui adanya pengelompokan aksesi –
aksesi yang diamati menurut asal regionnya secara kompak. Keseluruhan aksesi menyebar pada seluruh kwadran grafik yang diperoleh.
Universitas Sumatera Utara
34 Seluruh aksesi membentuk satu kelompok dengan jarak yang cukup
berdekatan secara visual, namun ada beberapa aksesi yang terletak di luar jauh dari kelompok yang dibentuk aksesi tersebut yaitu CMR 39, CMR 32 dan CMR
47 yang berasal dari region 3. Sementara dari region 5 terdapat CMR 1, CMR 76 dan CMR 5 yang terletak diluar kelompok.
Seluruh aksesi asal Kamerun tidak membentuk kelompok khas tertentu menurut tempat asal aksesi tersebut dikumpulkan. Dapat disimpulkan bahwa
plasma nutfah ini memiliki keragaman yang cukup tinggi diantara aksesi tersebut. Hasil serupa juga diperoleh oleh Ajambang et al 2012 bahwa keragaman genetik
populasi liar Kamerun dari tanaman kelapa sawit dan keragaman ini tersebar disemua region bagian geografi dari daerah yang disurvei. Pada grafik pohon
kekerabatan, 180 individu terkelompok dalam lima kelompok secara jelas menunjukkan
hubungan diantara
individu. Pengelompokan
ini tidak
mencerminkan asal dari setiap individu. Kebanyakan dari setiap individu dari tujuh tempat asal ditemui seluruhnya pada keseluruhan lima kelompok yang
terbentuk. Keadaan ini merupakan gambaran umum dari Kamerun sebab region –
region tersebut berada dalam pengaruh ekologis yang heterogen. Di semua region, kita dapat menemukan dataran tinggi demikian juga dengan dataran rendah,
daerah basah dan kering, hutan dan savana dan daerah panas dan dingin. Demikian juga, di setiap provinsi terdapat campuran dari semua varietas Dura,
Tenera dan Pisifera atau berdasarkan pada warna buah mentah Nigrescens atau Virescens. Region atau lokasi asal yang berlainan tidak mengelompokkan aksesi
– aksesinya ke dalam kelompok spesifik tertentu namun saling menyebar diantaranya.
Universitas Sumatera Utara
35 Keragaman genetik yang tinggi diperlukan untuk memperoleh heterosis
pada turunanya sebagaimana dalam penelitian Maharaj et al 2011 bahwa tetua yang digunakan dalam program pemuliaan tanaman kakao TSH berbeda dari
turunannya secara genetik melalui analisis PCA dan gerombol. Kemajuan genetik dalam karakter tertentu ditemukan hal ini menunjukkan bahwa peranan kombinasi
heterosis tercapai. Indentifikasi keragaman TSH dapat dilakukan dengan lebih sederhana menggunakan penanda fenotifik.
2.3 Analisis Biplot
