RFLP mempunyai kelemahan yaitu tidak dapat membedakan dua fragmen yang berukuran sama tetapi mempunyai susunan nukleotida yang berbeda. Dengan
demikian metode sekuensing DNA dianggap lebih dapat diandalkan. Perkembangan PCR berbasis DNA dan primer spesifik takson Mullis
Faloona 1987, Micklos et al. 2003 telah mempermudah studi taksonomi cendawan. DNA ribosom rDNA merupakan daerah penyandi RNA dan daerah
sekitarnya. Daerah tersebut, terutama internal transcribed spacer ITS merupakan salah satu daerah yang paling umum digunakan untuk penanda
molekular cendawan Bruns Gardes1993, Sanchez-Ballesteros et al. 2000. Daerah ITS bersifat konservatif, memiliki variabilitas yang sangat tinggi yang
spesifik takson, dan mempunyai jumlah ulangan yang tinggi. Konfirmasi simbiosis mikoriza B. edulis dengan membandingkan sekuens ITS rDNA dari
mikoriza dan tubuh buahnya telah dilakukan oleh Agueda et al. 2006.
B. Daerah ITS rDNA
DNA ribosom rDNA merupakan DNA inti yang menyandikan DNA ribosom. Ribosom merupakan makromolekul intra sel yang menghasilkan protein
atau rantai-rantai polipeptida. Ribosom sendiri terdiri dari protein dan rRNA. DNA ribosom dan pemisahnya terdapat dalam suatu kluster gen biasanya 8-12
kb yang berulang beberapa kali. Pada sel tanaman tingkat tinggi, setiap genom inti haploid mengandung 1.000 sampai 10.000 salinan rDNA yang tersusun secara
tandem pada satu atau beberapa lokasi kromosom Micklos et al. 2003.
Gambar 2 Sekuen DNA ribosom Unit dasar DNA ribosom terdiri dari gen-gen untuk sub unit ribosom kecil
18S, sub unit 5.8S, dan sub unit besar 28S Gambar 2. Ketiga gen tersebut
dipisahkan oleh dua daerah ITS internally transcribed spacer, yang panjangnya beberapa ratus pasang basa. Daerah ITS1 terletak antara daerah 18S dengan
5.8S, dan ITS2 berada di antara 5.8S dengan 28S. Daerah yang memisahkan unit transkripsi dari rDNA berulang bersifat non transkrip dan disebut IGS intergenic
spacer. Pada banyak spesies cendawan, terdapat pula sub unit 5S Hillis Dixon 1991. Beberapa situs restriksi terkonservasi di dalam rDNA cendawan,
sehingga dapat memudahkan dalam proses pengklonanan Binder Hibbett 2006.
Gen-gen sub unit mempunyai domain yang terkonservasi maupun variabel, yang dapat digunakan untuk perbandingan genus. Daerah pemisah yang dianggap
lebih beragam dapat digunakan sebagai pembanding spesies, bahkan pada beberapa kasus sebagai pembanding bentuk patogenik spesifik. Daerah ITS lebih
beragam dibandingkan
daerah penyandi,
sehingga bermanfaat
untuk membandingkan hubungan antar spesies dan genus yang berkerabat dekat.
Banyaknya jumlah ulangan kebanyakan sekuens rDNA per genom, dan pola evolusi bersamaan yang terjadi antara unit yang berulang menjadikan kluster
tersebut sebagai penanda molekular yang baik yang memberi kemudahan dalam analisis rDNA dengan metodologi sekuensing RNA secara langsung, sekuensing
DNA baik dengan kloning maupun amplifikasi, maupun dengan restriksi Hillis Dixon 1991.
Morfotipe Akar Ektomikoriza
Ektomikoriza terbentuk ketika akar inang dan cendawan yang sesuai tumbuh dalam hubungan yang erat dan kondisi lingkungan yang mendukung.
Urutan terbentuknya simbiosis ektomikoriza secara singkat diawali oleh terjadinya kontak, pengenalan dan pelekatan hifa pada sel epidermis dekat ujung
akar lateral muda yang sedang aktif tumbuh. Selanjutnya, miselia berproliferasi pada permukaan akar dan berdiferensiasi membentuk mantel. Hifa selanjutnya
menembus antara sel-sel epidermis dalam kebanyakan Angiospermae atau ke ruang antar sel-sel korteks dalam Gymnospermae untuk membentuk jala Hartig
berlabirin Agerer 1991. Respon tumbuhan inang terhadap kolonisasi cendawan
