dan ethidium bromida Fermentas. Bahan yang digunakan untuk analisis DNA barcoding adalah bahan yang digunakan untuk proses sekuensi dengan metode
Sanger Sanger 1975, yaitu 10x Genetic Analyzer Running Buffer, EDTA, dan akuades.
Alat-alat yang digunakan terdiri dari alat untuk preparasi sampel produk tuna adalah stearoform berisi es curai untuk pengangkutan sampel, kemasan
plastik, gunting, cutter, pinset, scalpel, mortar, termos, dan tabung eppendorf 1,5 ml. Alat yang digunakan dalam proses ekstraksi DNA sampel adalah
waterbath shaker, sentrifuga dan pipet mikro. Proses amplifikasi DNA target PCR dilakukan dengan menggunakan Applied Biosystem GeneAmp PCR System
9700 96-well aluminum sample block module. Proses elektroforesis dilakukan dengan Bio Rad Mini-Sub
®
Cell GT Cell elektroda platinum, ECX Compact Transilluminators Vielber Lourmart untuk visualisasi dan kamera digital untuk
mendokumentasikan hasil yang diperoleh, pipet mikro, microwave, timbangan digital sensitifitas hingga 1 mg dan gelas ukur. Pengukuran konsentrasi DNA
sampel menggunakan GeneQuant analyzer Applied Biosystem. Analisis DNA barcoding dilakukan menggunakan Applied Biosystem 3730xl Automatic
Squencer 96-kapiler dan piranti lunak Clustal W2 dan TreeView.
3.3 Prosedur Penelitian
Penelitian dilaksanakan dalam 2 tahap kegiatan, yaitu teknik pengambilan sampel uji dan pengujian identifikasi spesies dengan DNA barcoding.
3.3.1 Teknik pengambilan sampel uji dan ekstraksi DNA
Tuna segar yang telah preparasi dalam bentuk tuna steak, lalu dikirim melalui paket pengiriman dari Bali ke laboratorium di Bogor dengan kotak
styrofoam yang berisi es curai lama pengiriman 2 hari. Sampel produk tuna segar yang digunakan tersebut telah diidentifikasi karakteristik morfologinya
berdasarkan katalog spesies ikan scombrids yang dikeluarkan oleh FAO Collette Nauen 1983 sebagai standar keilmuan dan nama umum perikanan. Penamaan
ini selanjutnya di laboratorium diverifikasi kembali menggunakan Food and Agriculture Organization FAO Fisheries and Aquacul-ture Dept. fact sheets
http:www.fao.orgfisheryfactsheetsen; The Integrated Taxonomic Information
System ITIS
Catalogue of
Life: 2008
Annual Checklist
http:www.catalogueoflife.orginfo_2008_checklist.php; dan
the New
Taxonomy database of the SWISS-PROT group Phan et al. 2003 untuk memastikan spesiesnya.
Pada sampel produk olahan tuna dipilih dengan pengambilan acak sebanyak 1 buah untuk setiap jenis sampel. Sampel produk olahan ini dibeli dan dikemas
dalam kemasan kotak styrofoam makanan siap saji, lalu dibawa menuju laboratorium. Sampel produk olahan yang digunakan ini tidak dilakukan proses
identifikasi secara morfologi, namun tetap mengacu pada BSN 2006 tentang persyaratan bahan baku tuna segar untuk sashimi menurut SNI 01-2693.3-2006,
yaitu berupa ikan tuna sirip kuning T. albacores, ikan tuna mata besar T. obesus dan ikan tuna sirip biru T. maccoyii dan T. thynnus. Sampel olahan
yang digunakan adalah produk sushi dan sashimi dari ikan tuna sebanyak 3 jenis, yaitu tekka maki, maguro dan tuna mayo gunkan yang dibeli dari restoran di
daerah Bogor. Selain itu, digunakan produk tuna steak berdasarkan bentuk kemasan, yaitu tuna steak yang dikemas dalam kemasan vakum dan tuna steak
dalam kemasan non-vakum yang dibeli dari supermarket di daerah Bogor. Produk tuna yang dijadikan sampel pada penelitian ini dapat dilihat pada Lampiran 1.
Adapun kode dari masing-masing produk tersebut adalah FT tuna segar, SH1 tekka maki, SH2 maguro, SH3 tuna mayo gunkan, TS1 tuna steak 1, TS2
tuna steak 2 dan TS3 tuna steak 3.
3.3.2 Pengujian identifikasi spesies dengan DNA barcoding
