2.3 DNA Barcoding
DNA barcoding merupakan metode autentikasi berbasis DNA dengan teknik PCR yang dikembangkan untuk mengidentifikasi spesies. Metode DNA
barcoding biasanya menggunakan gen cytochrome c oksidase COI yang ada di mitokondria sebagai molekul target. Gen COI merupakan potongan DNA yang
terdapat di dalam membran mitokondria dan membran sel prokariot, serta berfungsi untuk mengatur proses pernafasan di dalam sel dengan cara mengkatalis
reduksi O
2
dan memompa proton melalui membran secara simultan. Potongan DNA ini terdapat di dalam rantai pernafasan eukariot dan sebagian besar bakteri
NCBI 2011. Gen COI memiliki kelebihan untuk digunakan dalam mengautentikasi
spesies dibandingkan dengan gen cyt b. Kelebihan yang dimiliki oleh gen COI adalah sebagai berikut: 1 memiliki tingkat keragaman yang tinggi sehingga
dapat mengidentifikasi spesies dengan tingkat taxonomi yang luas; 2 terdapat suatu kecocokan dari perbedaan yang ada dalam ekspresi gen antar spesies,
termasuk dengan sifat masing-masing gen COI; 3 gambaran analisis penyatuan DNA menunjukkan variasi dalam sejumlah nukleotida yang bertransis melewati
gen COI dan penggabungannya terbatas hanya dengan tingkat keragaman DNA Roe Sperling 2007.
Metode DNA barcoding memiliki keunggulan lebih murah dan lebih cepat mendapatkan hasil dibandingkan metode berbasis DNA yang lainnya Wong
Hanner 2008. Diantara seluruh keuntungan tersebut metode ini sangat berharga dengan kecepatannya dan kehandalannya dalam proses autentikasi produk
komersial.
3 METODOLOGI
3.1 Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan bulan Oktober sampai Desember 2010. Bertempat di Laboratorium Bahan Baku Hasil Perairan Depertemen Teknologi
Hasil Perairan dan Laboratorium Genetika Depertemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu, serta Laboratorium Penyakit Hewan Fakultas
Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor.
3.2 Bahan dan Alat