25 yang mempunyai produksi tinggi, mutu baik tahan terhadap penyakit dan hama
utama adalah tersedianya material genetik plasma nutfah yang terbatas. Seperti tanaman tahunan yang diperbanyak secara klonal, kelemahan kakao adalah
keragaman genetik yang terbatas. Besarnya daya gabung antar plasma nutfah yang digunakan sebagai tetua dan besarnya heterosis yang diperoleh oleh
hibridanya berbeda-beda. Besarnya ragam daya gabung umum penting untuk diketahui karena pada kebanyakan sifat ragam DGU selalu lebih besar dari pada
ragam DGK Simpson Everson 1982. Hal ini berarti bahwa dalam mempengaruhi sifat, aksi gen aditif lebih berperan dibandingkan dengan gen non
aditif.
J. Heterosis
Umumnya apabila dua tetua tanaman yang berlainan disilangkan, maka keturunannya akan memperlihatkan gejala heterosis atau vigor hibrid yaitu
keturunan yang memiliki peningkatan suatu karakteristik yang lebih besar dibandingkan rata-rata kedua tetuanya Phoelman Sleper, 1995. Terkait
dengan pemahaman gejala heterosis, terdapat dua hal yang perlu mendapat perhatian, yaitu pertama apabila dua homosigot disilangkan maka akan diperoleh
genotip hibrida yang penampilannya melebihi kedua tetuanya. Genotipe hibrida yang memperlihatkan gejala heterosis tersebut memiliki konstitusi genetik
heterosigot. Kedua, seleksi genotipe pada generasi F2 dan seterusnya tidak memberikan peluang diperolehnya genotipe-genotipe dengan penampilan yang
serupa dengan kultivar hibrida F1 Baihaki, 1989. Hingga saat ini terdapat dua hipotesis utama yang dapat menjelaskan
mekanisme gejala heterosis, yaitu hipotesis dominan dan over dominan. Hipotesis dominan menjelaskan gejala heterosis yang paling luas penerimaannya. Hipotesis
ini menjelaskan bahwa akumulasi gen-gen dominan yang unggul dalam satu genotipe tanaman menyebabkan munculnya fenomena heterosis, sedangkan
penampilan gen-gen resesifnya akan tertutupi atau hilang Phoelman Sleper, 1995. Berdasarkan hipotesis ini, fenomena heterosis merupakan hasil aksi dan
interaksi gen-gen dominan yang unggul yang terkumpul dalam satu genotipe F1 dari hasil persilangan kedua tetua. Tanaman menyerbuk silang mencakup banyak
26 individu yang secara genetik merupakan individu-individu yang berbeda Baihaki,
1989. Hipotesis over dominan menjelaskan bahwa vigor hibrida merupakan hasil
penampilan superioritas heterosigositas terhadap homosigositas. Hal in berarti, individu yang berpenampilan superior merupakan individu yang memilki
konstitusi gen heterosigot yang banyak. Genotipe yang heterosigot memiliki tingkat superioritas yang lebih tinggi dibanding dengan genotipe homosigot Fehr,
1987. Menurut Phoelman Sleper 1995 hal tersebut mengandung makna bahwa heterosis terjadi karena adanya interaksi antar gen pada lokus yang sama.
K. Heritabilitas