Tata Cara Penelitian METODE PENELITIAN
23
Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein
Hal ini dapat disebabkan karena senyawa standar yang digunakan terlalu poten, sehingga senyawa alam seperti genistein, tidak dapat dikenali.
Genistein mempunyai afinitas 100 kali lebih lemah dari estradiol untuk berikatan dengan
REα Hopert, Beyer, Frank, Strunck, Wūnsche, dan Vollmer, 1998, sementara OHT memiliki afinitas yang 100 kali lebih besar
dari estradiol untuk berikatan dengan REα Berry, 2008, sehingga genistein
membutuhkan konsentrasi setidaknya 10.000 kali lebih besar untuk memberikan efek inhibisi yang sama dengan OHT terhadap
REα. Oleh karena itu, perlu dipertimbangkan untuk memilih senyawa standar baru yang
memiliki aktivitas dalam menghambat REα namun tidak bersifat terlalu poten,
sehingga senyawa alam yang terbukti aktif dapat dikenali oleh protokol.
24
B. Elusidasi pose ikatan
Sebelum senyawa genistein ditambatkan pada REα, dilakukan validasi
internal untuk mengetahui apakah protokol yang digunakan dapat menghasilkan kembali pose dari ligan
co-crystal
dengan parameter nilai RMSD antara atom-atom besar pada pose penambatan dan pose struktur
crystal
. Protokol akan diterima apabila nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å Anita
et al
., 2012. Protokol yang dapat menghasilkan kembali pose dari ligan
co-crystal
95 dari nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å akan digunakan untuk elusidasi pose ikatan genistein di dalam kantung
ikatan REα. Prosedur validasi internal dilakukan sesuai dengan
flowchart
prosedur pengambilan keputusan penelitian Gambar 3. Berdasarkan Tabel I dan II diketahui bahwa protokol dengan parameter
Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose
co-crystal
, karena nilai RMSD yang lebih kecil dari 2,0 Å tidak mencapai 95. Dengan
menggunakan parameter ChemPLP, 100 nilai RMSD yang dihasilkan lebih kecil dari 2,0 Å untuk ketiga replikasi Tabel III dan IV. Oleh karena itu,
parameter ChemPLP
filter
digunakan untuk menentukan pose ikatan genistein pada
REα.
25
Tabel I. Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF
filter
No Rep1
Rep2 Rep3
1 1,392
5,351 1,72
2 1,098
1,148 5,318
3 2,006
1,44 1,46
4 1,396
1,594 1,151
5 1,913
1,463 1,637
6 1,013
1,376 1,553
7 1,696
1,388 1,146
8 1,896
1,44 5,312
9 1,808
1,11 1,592
10 1,829
1,152 1,182
11 1,145
5,353 5,42
12 1,178
1,216 5,323
13 0,772
1,708 1,695
14 1,216
1,778 1,925
15 1,143
1,138 5,399
16 1,434
0,835 1,816
17 1,677
1,492 1,464
18 0,69
1,611 1,15
19 1,139
1,701 1,852
20 1,715
1,358 1,411
21 5,386
1,168 1,832
22 1,353
1,152 1,176
23 1,436
1,15 1,899
24 1,423
0,823 1,141
25 0,541
1,141 1,123
26 1,499
1,459 1,743
27 0,797
5,42 1,855
28 1,447
1,641 1,624
29 1,636
1,437 1,807
30 1,142
1,488 1,829
31 0,739
1,118 1,532
32 0,783
1,632 1,496
33 1,618
1,471 1,693
34 1,644
5,271 1,131
35 1,435
1,72 1,118
36 5,289
1,31 1,567
37 1,672
0,765 1,813
No Rep1
Rep2 Rep3
38 1,882
1,205 1,426
39 1,517
0,715 1,658
40 1,384
1,849 1,462
41 1,138
1,908 1,482
42 1,576
1,438 1,702
43 1,895
5,362 1,143
44 1,465
1,616 1,425
45 1,923
0,791 1,549
46 1,184
1,679 0,824
47 1,589
1,159 5,246
48 1,668
1,448 1,775
49 1,377
1,42 5,276
50 5,44
1,455 1,697
51 1,166
1,667 0,759
52 1,91
1,139 1,987
53 2,07
1,326 1,831
54 1,93
1,137 1,135
55 1,655
1,939 1,676
56 1,362
5,433 1,152
57 1,951
2,065 1,22
58 1,437
1,154 1,458
59 1,48
1,432 1,41
60 1,182
0,775 1,546
61 1,604
1,746 5,462
62 1,636
1,384 1,436
63 1,768
0,772 0,921
64 1,138
0,779 1,226
65 1,441
1,151 1,597
66 1,693
5,48 1,143
67 5,44
1,132 1,7
68 1,439
1,174 5,398
69 1,686
1,141 1,49
70 0,73
1,195 1,142
71 0,806
1,426 1,413
72 1,829
1,15 1,672
73 1,901
1,832 1,287
74 1,808
1,86 1,806
No Rep1
Rep2 Rep3
75 1,712
1,804 1,198
76 1,679
1,594 1,654
77 1,594
1,139 1,807
78 1,897
0,739 1,532
79 0,809
1,472 1,374
80 1,163
1,585 1,805
81 1,438
1,691 1,695
82 1,144
0,811 1,143
83 1,148
1,382 1,141
84 1,868
1,596 1,436
85 5,415
1,406 1,768
86 1,144
1,7 1,131
87 1,139
0,796 1,147
88 1,471
1,706 1,798
89 1,387
1,981 1,143
90 1,439
5,424 0,928
91 1,484
1,199 1,476
92 1,439
1,102 1,39
93 0,801
1,439 1,163
94 1,682
1,632 1,546
95 5,432
1,586 5,417
96 1,647
0,873 1,846
97 1,635
1,145 0,789
98 1,677
1,455 1,159
99 1,441
1,451 1,641
100 1,465
1,459 1,441
101 1,397
1,443 1,431
102 1,907
1,419 1,079
103 1,659
0,8 1,666
104 1,424
1,143 1,161
105 1,422
1,907 0,799
106 1,714
1,142 1,606
107 1,546
1,154 1,786
108 5,417
0,757 0,874
109 5,386
5,412 1,732
110 1,954
0,785 0,782
111 1,261
1,17 0,794