10
Efek protektif terhadap kanker dari senyawa isoflavonoid diperkirakan terjadi melalui beberapa mekanisme, yaitu penghancuran radikal bebas,
modifikasi enzim yang dapat mendetoksifikasi karsinogen, dan inhibisi terjadinya induksi
transcription factor activator protein
-1 AP-1 oleh tumor Shih, Pickwell, dan Quattrochi, 2002. Menurut Pomfrey 2005, mekanisme
antikarsinogenik genistein yang berhubungan dengan REα antara lain: kompetisi
dengan estrogen endogen karena ikatan antara genistein dengan REα
menghasilkan aktifitas estrogenik yang lemah 1.000-100.000 kali lebih lemah dari
17β-estradiol, inhibisi fosforilasi protein tirosin kinase dari reseptor, dan mengurangi regulasi ekspresi
REα.
D. Penapisan Virtual
Penapisan Virtual Berbasis Struktur PVBS merupakan analog komputasi
dari
High Throughput Screening
dan mengacu pada evaluasi sifat-sifat senyawa secara
in silico
seperti aktivitas dari beberapa penyusun molekul yang berbeda Melagraki dan Afantitis, 2011. Penapisan virtual banyak digunakan sebagai
metode untuk penemuan obat baru dengan tujuan utama yaitu mengidentifikasi suatu senyawa kimia baru yang mempunyai probabilitas tinggi untuk berikatan
pada protein target dan menghasilkan respon biologis yang diinginkan Ghosh, Nie, An, dan Huang, 2006.
PVBS membutuhkan struktur dari molekul target dan referensi senyawa. Setiap senyawa referensi ditambatkan secara virtual pada molekul target melalui
suatu perangkat lunak penambatan yang memodelkan interaksi ligan dengan target secara komputasi untuk mendapatkan sifat fisika kimia yang optimal. Suatu
11
algoritma matematis yang disebut dengan
scoring function
kemudian digunakan untuk mengevaluasi kecocokan antara senyawa yang ditambatkan dan molekul
target.
Scoring function
merupakan pendekatan secara matematika yang digunakan untuk memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen pada proses
penambatan. Tahap selanjutnya adalah menyeleksi dan mengurutkan senyawa berdasarkan
binding score
danatau kriteria lainnya Cheng, Li, Zhou, Wang, dan Bryant, 2012. ChemPLP merupakan
scoring function
yang menilai interaksi yang ada berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan
Korb, Stützle, dan Exner, 2006. Kelemahan dari
scoring function
konvensional termasuk ChemPLP adalah tidak mampu membedakan antara pose yang relevan
dengan pose yang tidak relevan, terutama untuk senyawa dengan berat molekul yang kecil seperti fragmen Marcou dan Rognan, 2006.
Validasi internal digunakan untuk memeriksa apakah simulasi penambatan yang digunakan protokol PVBS dapat menghasilkan ulang pose dari ligan
co- crystal
dengan cara menambatkan kembali ligan pada molekul target berulang- ulang. Parameter yang digunakan pada validasi internal adalah nilai RMSD
Root Mean Square Distance
antara atom besar dari pose penambatan dan pose struktur kristal. Nilai RMSD yang dianggap
acceptable
adalah kurang dari 2,0 Å Marcou dan Rognan, 2006. Validasi retrospektif bertujuan untuk mengetahui apakah
protokol PVBS yang digunakan dapat membedakan antara ligan positif dengan
decoy
. Parameter yang digunakan pada validasi retrospektif adalah
Enrichment Factor
EF. Semakin besar nilai EF menunjukkan protokol PVBS yang digunakan semakin baik Huang, Shoichet, dan Irwin, 2006.