21
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Salah satu tujuan pengembangan metode
in silico
adalah sebagai pendekatan untuk menemukan obat baru, namun untuk melakukan pendekatan
secara
in silico
dibutuhkan protokol yang telah tervalidasi. Dengan tujuan untuk mengelusidasi pose ikatan genistein dengan
REα, penelitian ini menggunakan pendekatan kimia medisinal komputasi berupa penapisan virtual dengan protokol
penapisan virtual yang dikembangkan oleh Anita
et al
. 2012 dan divalidasi kembali oleh Radifar
et al
. 2013. Ligan yang akan ditambatkan pada REα adalah
genistein yang merupakan senyawa fitoestrogen yang telah diketahui aktif sebagai antagonis
REα secara
in vitro
maupun
in vivo
Gilani dan Anderson, 2002, sehingga penelitian ini juga dapat digunakan sebagai validasi prospektif dari
protokol penapisan virtual yang digunakan. Senyawa genistein yang merupakan ligan pada penelitian ini ditambatkan
pada REα dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dengan luaran
berupa pose ikatan antara genistein dengan REα dan skor ChemPLP. Hasil
penambatan molekul dilakukan identifikasi IFP dengan menggunakan perangkat
lunak PyPLIF serta dilakukan filtrasi pada pose ligan yang mempunyai ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar
et al.
, 2013, sehingga hanya diterima pose yang memiliki ikatan hidrogen dengan Asp351. Selanjutnya dipilih pose dengan
nilai Tc-PLIF atau ChemPLP terbaik.
22
A. Uji efektivitas genistein
Efektivitas genistein pada REα ditentukan berdasarkan nilai Tc-PLIF
yang merupakan kemiripan IFP antara ligan dengan standar. Standar yang digunakan adalah 4-hidroksitamoksifen OHT, metabolit aktif dari
tamoksifen yang memiliki afinitas 100 kali lipat lebih besar dari estradiol untuk berikatan dengan
REα Berry, 2008. Jika genistein mempunyai IFP yang mirip dengan OHT, maka genistein dapat dikatakan sebagai ligan yang
aktif pada REα. Nilai Tc-PLIF yang diterima adalah lebih besar atau sama
dengan 0,600 dari senyawa standar Marcou dan Rognan, 2006. Dari hasil penambatan yang dilakukan, didapatkan nilai Tc-PLIF rata-
rata yang sebesar 0,425±0,112 dan nilai median sebesar 0,458 dengan sebaran nilai ditampilkan dalam bentuk histogram Gambar 4. Uji
Shapiro-wilk
menunjukkan bahwa nilai Tc-PLIF yang didapatkan tidak terdistribusi normal dengan variansi yang tidak homogen, sehingga dilakukan uji
Wilcoxon
untuk mengetahui apakah nilai Tc-PLIF tidak lebih kecil dari 0,600 Lampiran 1.
Secara statistik, dengan taraf kepercayaan 95, nilai Tc-PLIF genistein lebih kecil dari 0,600, menandakan bahwa genistein tidak aktif pada
REα secara
in silico
. Hasil ini berlawanan dengan hasil uji secara
in vitro
dan
in vivo
yang mengatakan bahwa genistein aktif dalam menghambat REα
Gilani dan Anderson, 2002. Oleh karena itu, dapat disimpulkan menurut protokol yang dikembangkan oleh Radifar
et al
. 2013 genistein bukan merupakan ligan aktif bagi
REα.
23
Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein
Hal ini dapat disebabkan karena senyawa standar yang digunakan terlalu poten, sehingga senyawa alam seperti genistein, tidak dapat dikenali.
Genistein mempunyai afinitas 100 kali lebih lemah dari estradiol untuk berikatan dengan
REα Hopert, Beyer, Frank, Strunck, Wūnsche, dan Vollmer, 1998, sementara OHT memiliki afinitas yang 100 kali lebih besar
dari estradiol untuk berikatan dengan REα Berry, 2008, sehingga genistein
membutuhkan konsentrasi setidaknya 10.000 kali lebih besar untuk memberikan efek inhibisi yang sama dengan OHT terhadap
REα. Oleh karena itu, perlu dipertimbangkan untuk memilih senyawa standar baru yang
memiliki aktivitas dalam menghambat REα namun tidak bersifat terlalu poten,
sehingga senyawa alam yang terbukti aktif dapat dikenali oleh protokol.