growth promoting rizobacteria PGPR. Daftar isolat rizobakteri yang bersifat sebagai PGPR disajikan pada Table 4.3.
Tabel 4.3. Daftar nama isolat rizobakteri yang dapat memacu pertumbuhan akar tanaman
Padi Merah No.
Nama isolat Kemapuan memacu
pertumbuhan akar 1
O3.8 +
2 O3.9
+ 3
OR.3 +
4 Al7Kla
+ 5
Al2TT +
6 KtE7
+ 7
KdDDA2 +
8 Bm5Sa
+ 9
Sr2Ta +
4.5 PGPR yang dapat Menginduksi Ketahanan
Semua 95 isolat rizobakteri diuji kemampuannya untuk memacu pertumbuhan dan menginduksi ketahanan terhadap penyakit blas. Hasil pengujian
menunjukkan bahwa hanya 4 empat isolat yaitu Al7Kla, OR3, O3.8 dan KdDDA2
yang mampu memacu pertumbuhan sekaligus menginduksi ketahanan tanaman padi varietas Padi Merah terhadap penyakit blas. Sebanyak 91 isolat
tidak mampu menginduksi ketahanan terhadap penyakit blas. Keempat isolat ini selanjutnya akan diidentifikasi untuk menentukan spesies.
4.6. Hasil Amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA menggunakan 2 x Go Taq Green PCR Master Pomega, pasangan primer 16S
63F 5’- CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3 dan
1387R 5-GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3
dalam mesin PCR SENSOQUEST Labcycler pada kondisi 94 C selama 5 menit, dilanjutkan
sebanyak 30 siklus berturut turut pada 94 C selama 30 detik, 55 C selama 45
detik, dan 72 C selama 2 menit, terakhir ditambah 72 C selama 10 menit. Hasil
PCR divisualisasi pada agarosa gel 1 dan dielektroforesis di dalam buffer tris- acetic EDTA TAE, yang diwarnai dengan pewarna berfluoresens non toksik
PeqGREEN. Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen DNA berukuran ± 1300
pb seperti disajikan pada Gambar 4.7.
Gambar 4.7. Amplifikasi PCR gen 16S rRNA rizobakteri dengan primer 63F dan
1387R. M1= 1 kb DNA ladder Thermo, Lane 1-4 berturut turut adalah isolat Al7Kla, O3.8, KdDDA2, OR3. M2 = 100 bb DNA ladder Thermo.
Fragmen DNA selanjutnya difurifikasi dan disekuensing untuk menentukan spesies rizobakteri berdasarkan kemiripan dengan spesies bakteri lainnya yang
telah teridentifikasi. Sekuen nukleotida rizobakteri isolat Al7Kla produk PCR hasil amplifikasi gen
16S RNA adalah sebagai berikut :
5’ACGGGTGAGTAATGTATGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGC TAATACCGCATAATCTCTCAGGAGCAAAGCAGGGGAACTTCGGTCCTTGCGCTATCGGATGAAC
CCATATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTG AGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG
GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCCTA GGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGGGAGGAAGGCGTTGATGCTAATATCATCAACGATTGACGTT
ACCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAG CGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTGATTAAGTTAGATGTGAAATCC
CCGGGCTTAACCTGGGAATGGCATCTAAGACTGGTCAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGA ATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC
1500 pb 1000 pb
250 pb 1000 pb
1500 pb
500 pb 250 pb
M1 M2
1 2
3 4
