Tabel 3. Bahan reaksi PCR yang digunakan dalam analisis RAPD pada jarak kepyar
Bahan reaksi PCR Volume yang diambil dari
larutan stok μl Konsentrasi akhir
10 x Vivantis Buffer A 2
1x 2mM dNTP mix
0.8 0.08mM
50 mM MgCl2 0.6
1.5mM Taq DNA polymerase 5 unit
μl 0.24
3 unit Double destilate water
6.36 -
Primer 5
2.5 pm
μl DNA 10pm μl
5 -
Volume Total 20
c. Elektroforesis Produk PCR
Langkah elektroforesis dimulai dengan pembuatan gel agarose 1.5 0,6 g dengan larutan TAE 1x 200 ml. Gel agarose dipasangi sekat
pencetak dan sisir pelubang pembentuk sumur, kemudian dilepaskan saat beku. Larutan TAE 1x ditambahkan sampai gel terendam.
Pelaksanaan tahap elektroforesis sama dengan proses pengujian DNA. Dengan perbandingan loading dye dan DNA adalah 10:2 DNA
ladder disimpan pada salah satu sumur untuk mengukur pita – pita
DNA yang akan dihasilkan dari masing -masing genotipe jarak kepyar. DNA ladder yang digunakan adalah Vivantis 100 bp Gambar 4.
Gambar 4. DNA ladder Vivantis 100 bp Elektroforesis dilakukan selama 90 menit pada voltase 90 V. Hasil
elektroforesis divisualisasikan di atas ultra violet transiluminator dan didokumentasikan dengan kamera.
Analisis Data 1.
Karakterisasi, analisis korelasi dan analisis keragaman genetik berdasarkan karakter morfologi
Karakterisasi jarak kepyar berdasarkan karakter morfologi diperoleh melalui analisis statistik deskriptif dan analisis ragam. Data morfologi kualitatif
dianalisis secara deskriptif untuk mengetahui tingkat keragaman tiap karakter. Alat analisis yang digunakan adalah SPSS 15.
Data kuantitatif dianalisis ragam ANOVA setelah sebelumnya dilihat sebarannya. Hasil analisis ragam yang berbeda nyata kemudian dianalisis
lanjut dengan DMRT. Alat yang digunakan untuk analisis ANOVA adalah SAS 9.0.
Hasil ANOVA digunakan untuk analisis parameter genetik, yakni heritabilitas arti luas h
2
bs dan koefisien keragaman genetik KKG yang diduga menggunakan analisis komponen ragam.
Tabel 4. Analisis ragam rancangan kelompok lengkap teracak Sumber
keragaman Derajat bebas
db Kuadrat Tengah
KT Nilai harapan
Ulangan r r-1
Genotipe g g-1
M2 σ2e + r. σ2g
Galat e g-1r-1
M1 σ2e
Pendugaan parameter genetik bertujuan untuk mengetahui potensi genetik genotipe tanaman yang diuji. Rumus parameter yang digunakan adalah
sebagai berikut Singh Chaudhary 1979: Ve =
σ
2
e = KT Galat= M1 Vp = σ
2
p = KT Genotipe = M2 Vg = σ
2
g = KKG =
h
2
bs = dengan:
Vg = σ
2
g = ragam genotipe h
2
bs = heritabilitas dalam arti luas Vp
= σ
2
p = ragam fenotipe M1 = kuadrat tengah galat
M2 = kuadrat tengah genotipe r = ulangan
= rataan umum KKG = koefisien keragaman
genetik
