SIMPULAN DAN SARAN Pemanfaatan marka molekuler untuk mendukung perkaitan kultivar unggul kakao (Theobroma cacao L.)
sudah dibuat pada penelitian ini. Namun demikian jumlah primer yang didesain juga masih perlu ditambah, sehingga hasilnya menjadi lebih
informatif. 6.
Kegiatan penelitian untuk memperoleh bibit kakao yang unggul perlu terus dikembangkan, sehingga tujuan pemuliaan tanaman kakao untuk
mendapatkan klon-klon kakao yang memiliki daya hasil tinggi sekaligus tahan terhadap pe nyakit secara bertahap dapat terwujud.
DAFTAR PUSTAKA
Agrios GN. 2005. Plant Pathology. Ed ke-5. Amsterdam. Elsevier Acad Press. 803p Akrofi AY, Opoku IY. 2000. Managing Phytophthora megakarya pod root disease.
Ghana experience. Proc 3
rd
Int. Seminar of International Permanent Working Group for Cacao Pests and Diseases. Kota Kinabalu, Sabah Malaysia. 16-17
th
App iah AA, Flood J, Bridge PD, Ancher SA.2003. Inter-and intraspecific morphometric variation and characterization of Phytophthora isolates from
cocoa. Plant Pathol. 52:168-180 October.
Argout et al. 2010. The genome of Theobroma cacao. Nat. Genet. http:www.nature.comdoifinder10.1038ng.736
Bailey BA et al. 2005. Developmental expression of stress response genes in Theobroma cacao leaves and their response to Nep1 treatment and a
compatible infection by Phytophthora megakarya, Plant physiol and Biochem. 43: 611-622.
Bekele F, Bekele I, Butler D, and Bidai GSEE. 2006. Patterns of morphological variation in a sample of cacao Theobroma cacao L. germplasm from the
International Cocoa Genebank, Trinidad. Genet. Resour. Crop Evol. 53:933- 948.
Borrone JW, Brown JS, Kuhn DN, Motamayor JC, Schnell RJ. 2007. Microsatellite markers developed from Theobroma cacao L.expressed sequence tags. Mol.
Ecol. Notes. 7: 236–239 Bruno I et al. 2008. Genetic diversity and structure of farm and Gene Bank accession
of cacao Theobroma cacao L. in Cameroon revealed by microsatellite markers. Tree Genet Genomes. 4: 821-831
Bustamam M, Reflinur, Agisimanto, Suyono. 2004. Variasi genetik padi tahan blas berdasarka n sidik jari DNA dengan marka h gen analog resisten. J Biotek
Pertanian. 9: 56-61 Chen GS, Zhou YF, Hou LL, Pan DR. 2009. Cloning and characterization of full
length cDNA of a CC-NBS-LRR Resistance Gene in Sweetpotato. Agric. Sci. in China. 85: 538-545.
Clement D, Risterucci AM, Grivet L,Motamayor JC, Goran JN, a nd Lanaud C, 2003. Mapping QTL for yield components, vigor and resistance to Phytophthora
palmivora in Theobroma cacao L. Genome. 46:204-212. Conqruist A. 1984. An Integrated System of Classification of Flowering Plants. New
York. Columbia University Press. 1262p.
De young BI, Innes RW.2006. Plant NBS-LRR prot eins in pathogen sensing and host defense. Nat. Immunol. 7: 1243-1249
Di Gaspero G Cipriani G. 2002. Resistance gene analogs are candidate marker for disease-resistance genes in grape Vitis spp.. Theor. and Apl. Genet. 106:
163-172 Dias LAS, Picoli EAT, Rocha RB, Alfenas AC. 2004. A priori choice of hybrid
parentas in plants. Genet. and Mol. Research. 33: 356-368. Dilbirligi M, Gill KS. 2004. Identification and analysis og expressed resistance gene
sequences in wheat. Plant mol. biol. 53:771-787 Drenth A, Sendall B. 2004. Economic Impact of Phytophthora Diseases in Southeast
Asia. Di dalam: Drenth A, Guest DI, editor. Diversity and Management of Phytophthora in Southeast Asia. ACIAR Monograph. P. 10-18
Freeman S, West J, James C, Lea V, and Mayes S. 2004. Isolation and Characterization of Highly Polymorfic Microsatellites in Tea Camellia
sinensis. Mol. Ecol. Notes 4: 324-326. Gao Y, Guo W, Wang L, Zhang T. 2006. Isolation and characterization of resistance
and de fense gene analogs in cot ton Gossypium barbadense L.. Science in China Series C: Life Sci. 496: 530-542.
Hammond-Kosack K E, Jones JDG. 1997. Plant disease resistance gene. Ann. review plant Mol. Biol. 48;575-607.
Iswanto A, Winarno H. 1992. Cooa Breeding at RIEC Jember and The Role of Planting Material Resistant to VSD and Black Pod. Di dalam Keane PJ, Putter
Eds. Cocoa Pest and Disease Management in Southeast Asia and Australia: 163-169. FAO Plant Production and Protection Paper No.112.
Kacar YA, Lezzoni A, and Cetiner S. 2005. Sweetcherry Cultivar Identification by using SSR Markers. J. of Biosci. p. 616-619.
Kumar Pradep S, Manimekalai R, and Kumari BDR. 2011. Microsatellite Marker based Characterization of South Pacific Coconut Cocos nucifera L.
Accessions. Int. J. Plant Breed. and Genet. 51: 34-43. Lanaud C et al. 1999. Isolation and characterization of microsattellites in Theobroma
cacao L. Mol Ecol 8:2141-2143 Lanaud C, Risterucci AM, Pieretti I, N’goran JAK, and Fargeas D. 2004.
Characterisation and genetic mapping of resistance and defence gene analogs in cocoa Theobroma cacao L.. Mol. Breed. 13:211-227
Miller RN, et al. 2008. Analysis of non-TIR-NBS-LRR resistance gene analogs in Musa acuminate Colla: isolation, RFLPmarker development, and physical
mapping. BMC Plant Biol. 30: 8-15
Motamayor et al. 2008. Geographic and genetic population differentiation of the Amazonian chocolate tree Theobroma cacao L.. Cacao Pos Differentiation
310: 1-8 Motilal L, and Butler D. 2003. Verification of identities in global cacao germplasm
collections. Genet Resour Crop Evol 50:799-807. Prawoto AA. 2008. Botani dan Fisiologi. Di dalam: Wahyudi T, editor. Panduan
Lengkap Kakao. Jakarta: Penebar Swadaya. hlm 38-47 Priolli RHG, Mendez CT, Arantes NE, and Contel EPB. 2002. Characterization of
Brazilian Soybean Cultivars using M icrosatellite Markers, Gen and Mol. Biol. 25.2: 185-193.
Pugh T et al. 2004. A new cacao linkage map based on codominant markers: development and integration of 201 new microsatelite markers. Theor. Appl.
Genet. 108:1151 – 1161 Rubiyo. 2009. Kajian Genetika Ketahanan Tanaman Kakao Theobroma cacao L.
terhadap Penya kit Busuk Buah Phytophthora palmivora Butl. di Indo nesia. Disertasi S3 IPB tidak diterbitkan, 168p.
Saunder JA, Mischke S, Leany EA, Hemeida AA.2004. Selection of International molecular standards for DNA fingerprinting of Theobroma cacao L. Theor.
Appl. Genet. 110:41-47 Schnell RJ et al. 2007. Development of a marker assisted selection program for
cacao. Phytopath. 12: 1664-1669 Sereno ML, Albuquerque PSB, Vencovsky R, Fiqueira A. 2006. Genetic diversity
and natural population structure of cacao Theobroma cacao from the Brazillian Amazon evaluated by microsatellite marker. Conserv. Genet. 7: 13 -
24.
Solodenko A, and Yu S. 2005. Genotyping of Helianthus-Based on Microsatelite Sequences. Helia. 2842: 19-26.
Sudarsono et al. 2009. Teknik molekuler dan pemuliaan tanaman untuk percepatan perakitan kultivar unggul kakao Theobroma cacao L. resisten terhadap
penyakit busuk buah Phytophthora palmivora Butl.. Lap. Penel. KKP3T tidak diterbitkan. 208p.
Sukamto S. 2008. Pengendalian Penyakit. Di dalam: Wahyudi T, editor. Panduan Lengkap Kakao. Jakarta: Penebar Swadaya. hlm 154-167.
Susilo AW.2010. studi karakteristik sifat ketahanan tanaman kakao Theobroma cacao L. terhadap hama penggerek buah kakao Canopomorpha cramerella
Snell.. Disertasi S3 UGM. tidak diterbitkan. 186. Totad AS, Fkhrudin B, Kuruvinashetti MS. 2005. Isolation and characterization of
resistnce gene analogue RGAs from sorghum Sorghum bicolor L.Moenih. Euphytica vol. 143, no 1-2.p 179-188.
Wahyudi T, Raharjo P. 2008. Sejarah dan Prospek. Di dalam: Wahyudi T, editor. Panduan Lengkap Kakao. Jakarta: Penebar Swadaya. hlm 11-26.
Weising K, Nybom H, Wolff K, and Meyer W. 1995. DNA Fingerprinting in Plant and Fungi. CRC Press, Boca Raton, F la.
Winarno H. 2008. Bahan Tanam. Di dalam: Wahyudi T, editor. Panduan Lengkap Kakao. Jakarta: Penebar Swadaya. hlm 68-73.
Wood GAR. 1985. Establishment. Di dalam: GAR Wood and RA Lass Eds. Cocoa: 119-165. Longman, London
Xinwu P et al. 2007. Isolation, characterization and phylogenetic analysis of the resistance gen ana logues RGAs in ba nana Musa spp.. Plant Sci. 172: 1166-
1174 Zhang D,
Mischke S, Goe naga R, Hemeida AA, Saunders JA. 2006. Accuracy and Reliability of High-Throughput Microsatellite Genotyping for Cacao Clone
Identification. Crop Sci. 46:2084–2092.
Zhang D et al. 2006. Genetic diversity and structure of managed and semi- natural populations of cocoa Theobroma cacao L. in Huallaga and Ucayali Valleys
of Peru. Annals of Bot. 98: 647-655.
Zhang D, Mischke S, Johnson ES, Phillips-Mora W, Meinhardt L.2009. Molecular characterization of an international cacao collection using microsatellite
markers. Tree Genetics Genomes 5:1–10
DAFTAR ISTILAH GLOSARY
Alel Fenotipe
Genotype Heterosigot
Heterosigositas Hibrida
Homosigot Kakao linadak bulk cacao
Kakao mulia fine flavor cacao Klon
Lokus Primer
PIC
Lampiran 2. Katalog karakter morfologis 22 klon kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia
No Klon
Pohon Bagian-bagian Daun
P os
tur
T ip
e P
e rcab
an g
a n
T ing
gi J
or ke
t
P a
n jan
g L
eb ar
B en
tu k
H el
ai
B e
nt u
k U ju
ng
B e
n tuk
P ang
ka l
T ep
i H el
ai T
a ngk
a i
T e
ks tur
P er
m u
k aan
A tas
T ek
st u
r P er
m u
k aan
B aw
ah W
ar n
a F lu
sh
W a
rna D
au n
T ua
1 SCA 12 3
2 5
5 5
2 2
3 2
2 5
5 7
2 2 SCA 6
3 2
5 5
5 3
2 1
2 2
5 5
2 3
3 GC7 5
2 5
5 5
1 2
1 2
2 7
5 9
1 4 ICS 60
3 2
5 7
7 2
2 3
1 2
5 7
2 3
5 DR 2 3
2 5
7 7
3 2
3 2
2 7
7 2
3 6 DR 38
3 2
5 7
7 1
2 3
2 2
5 5
2 3
7 DRC 16 3
2 5
5 5
3 2
3 1
2 5
5 2
3 8 ICS13
3 2
7 7
7 2
3 3
1 2
5 5
6 3
9 ICCRI 3 3
2 3
5 5
2 2
3 2
2 5
5 6
3 10 ICCRI 4
3 2
3 5
5 3
2 1
2 2
5 5
3 3
11 RCC 70 3
2 5
7 5
2 2
3 2
2 3
5 7
3 12 RCC 71
3 2
5 7
5 3
2 1
2 2
3 5
9 3
13 RCC 72 3
2 5
7 5
2 2
3 2
2 3
5 4
3 14 ICCRI 1
3 2
5 5
2 2
1 2
2 2
5 3
3 3
15 ICCRI 2 3
2 7
5 5
1 2
3 2
2 5
5 3
3 16 PA 300
5 2
5 7
3 1
2 1
1 2
5 5
9 3
17 PA 303 5
2 5
7 3
3 2
1 1
2 5
5 6
3 18 TSH 858
3 2
5 7
3 1
2 3
2 2
5 5
6 3
19 DR 1 3
2 5
5 7
3 3
1 2
2 3
3 3
3 20 NIC 4
3 2
7 5
7 3
3 1
1 2
3 3
9 3
21 UF 667 3
2 3
5 5
3 3
1 1
2 3
3 2
3 22 NIC 7
3 2
7 5
7 2
3 1
1 1
5 5
6 3
Keterangan: Postur pohon- 3 vigor baik, 5 sedang, 7 lemah; Tipe percabangan – 1 tegak, 2 horizontal; Tinggi jorket- 3 pendek, 5 sedang, 7 tinggi; Panjang daun- 3 pendek, 5 sedang, 7
panjang; Lebar daun- 3 sempit, 5 sedang, 7 lebar; Bentuk helai daun- 1 ellips, 2 oblong, 3 obovate; Bentuk ujung daun- 1 runcing, 2 meruncing pendek, 3 meruncing panjang, 4 membulat;
Bentuk pangkal dau-
1 runcing, 2 meruncing 3 membulat; Tepi helai daun- 1 rata, 2 bergelombang; Tangkai daun- 1 pulvini tidak tampak, 2 pulvini tampak; Tekstur permukaan atas
daun- 3 halus, 5 sedang, 7 kasar; Tekstur permukaan atas daun- 3 halus, 5 sedang, 7 kasar; Warna
flush- 1 kuning, 2 kuning kecoklatan, 3 coklat, 4 coklat muda, 5 coklat tua, 6 coklat kemerahan, 7 merah kecoklatan, 8 merah muda, 9 merah; Warna daun tua- 1 hijau muda, 2
hijau, 3 hijau tua.
No Klon
Bunga Biji
K e
ad a
an S
tam in
o d
ia
W ar
n a S
ep al
a
W ar
n a P
et al
a
A nt
ho c
y ani
n
Int ens
it as
A nt
ho cya
ni n
W a
rna K
un cup
W ar
n a T
an g
k ai
B e
n tu
k
W a
rna K
o ti
le don
1 SCA 12
1 1
5 1 -
5 7
2 1
2 SCA 6
1 1
1 1 -
5 5
2 1
3 GC7
2 4
4 9
7 7
7 1
1 4
ICS 60 1
1 1
1 - 5
5 2
1 5
DR 2 2
3 1
9 3
3 5
2 2
6 DR 38
1 2
1 9
5 7
7 2
3 7
DRC 16 2
1 1
1 - 3
5 2
2 8
ICS13 1
5 1
9 5
7 7
1 1
9 ICCRI 3
1 1
1 1 -
5 7
2 1
10 ICCRI 4
1 1
1 9
3 5
7 2
2 11
RCC 70 4
1 9
5 7
7 1
1 12
RCC 71 1
4 1
9 7
7 1
1 13
RCC 72 1
1 1
9 5
5 7
1 1
14 ICCRI 1
1 1
1 9
5 5
7 3
1 15
ICCRI 2 1
1 1
9 7
7 3
1 16
PA 300 1
1 1
1 5
5 1
2 17
PA 303 1
1 1
1 5
7 2
2 18
TSH 858 1
5 5
9 7
7 2
2 19
DR 1 2
4 4
9 5
7 7
1 1
20 NIC 4
1 4
4 9
5 7
7 2
2 21
UF 667 1
1 1
1 5
5 3
2 22
NIC 7 1
4 4
9 5
7 7
2 2
Keterangan: Keadaan staminodia- 1 membuka, 2 menutup; warna sepala- 1 kuning kehijauan, 2 kuning tepi merah, 3 hijau, 4 merah, 5 merah tepi hijau; Warna petala- 1 kuning kehijauan, 2
kuning tepi merah, 3 hijau, 4 merah, 5 merah tepi hijau; Pewarnaan anthocyanin- 1 tidak ada, 9 ada; Intensitas pada anthocyanin-3 lemah, 5 sedang, 7 kuat; Warna kuncup bunga-3
kekuningan, 5 kehijauan, 7 kemerahan; Warna tangkai bunga- -3 kekuningan, 5 kehijauan, 7 kemerahan-3 kekuningan, 5 kehijauan, 7 kemerahan;- 1 oblong, 2 ellips, 3 lonjong; Warna
kotile don
- 1 ungu, 2 putih.
No Klon
Buah
In ten
si tas
B u
ah B
e n
tu k
B e
n tuk
P ang
ka l
B e
nt u
k U ju
ng U
k u
ran K
e teb
a lan
K u
lit
P e
rm u
k a
an
K ed
a lam
a n
A lu
r
W a
rna K
u li
t B ua
h
M u
da
W a
rna K
u li
t B ua
h
M a
sak
P ew
ar n
a A n
th o
cy an
in
P a
da A
lur
1 SCA 12 9
2 1
2 5
3 7
5 1
1 9
2 SCA 6 9
2 1
2 5
3 7
5 1
1 1
3 GC7 9
4 4
3 5
3 3
2 3
2 9
4 ICS 60 9
2 2
1 5
3 7
5 1
1 9
5 DR 2 9
2 1
1 5
3 7
5 4
2 1
6 DR 38 9
4 4
1 5
3 7
3 3
2 9
7 DRC 16 9
2 2
2 5
3 5
3 2
1 9
8 ICS13 9
1 1
3 5
3 7
3 5
2 9
9 ICCRI 3 9
2 1
2 5
3 7
7 5
2 1
10 ICCRI 4 9
2 1
1 5
3 7
5 1
1 9
11 RCC 70 9
2 2
3 7
3 7
5 5
2 9
12 RCC 71 9
2 1
3 7
3 7
5 5
2 9
13 RCC 72 9
1 3
3 5
3 7
3 2
1 1
14 ICCRI 1 9
2 3
2 5
5 5
3 3
2 9
15 ICCRI 2 9
2 3
2 5
5 5
3 3
2 9
16 PA 300 9
2 3
2 7
7 7
5 3
2 1
17 PA 303 9
1 3
3 7
7 7
3 1
1 1
18 TSH 858 9
2 3
2 7
7 7
5 3
2 9
19 DR 1 1
1 2
2 5
7 7
5 4
2 9
20 NIC 4 9
3 4
4 7
7 7
3 3
2 1
21 UF 667 9
1 3
1 7
7 7
5 1
1 1
22 NIC 7 9
2 4
3 7
5 7
5 5
2 1
Keterangan: Intensitas buah- 1 tegas, 9 kontinyu; Bentuk buah- 1 oblong, 2 ellips, 3 obovate, 4 orbicularis, 5 oblet; Bentuk pangkalleher botol- 1 samar; 2, agak jelas, 3 kuat, 4 tidak hadir;
Bentuk ujung - 1meruncing, 2 runcing, 3 tumpul, 4 bulat, 5 puting; Ukuran buah- 3 kecil, 5
sedang, 7 besar; Ukuran 3 tipis, 5 sedang, 7 tebal; Permukaan buah 3 halus, 5 sedang, 7 kasar; Keadaan alur buah- 1 tanpa alur, 3 dangkal, 5 sedang, 7 dalam, 9 sangat dalam; Warna
kulit buah muda - 1 hijau muda, 2 hijau muda, 3 merah, 4 merah muda, 5 merah tua, 6 merah
ungu, 7 coklat; Warna kulit buah masak- 1 kuning, 2 kuning tua-oranye; Pewarnaan anthosianin pada alur
- 1 tidak ada, 9 ada.
Lampiran 3.
Gambar 1. Hasil amplifikasi DNA 29 klon kakao dengan Primer MTcCIR 69, MTcCIR 82,
dan MTcCIR 138 pada gel agarose, M = marka
Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA 29 klon kakao dengan Primer MTcCIR 10, MTcCIR 144,
dan MTcCIR 106 pada gel agarose, M = marka
iii
ABSTRACT
SURTI KURNIASIH. Utilization of Molecular Marker to Support High Yield
Culltivar Construction of Cocoa Theobroma cacao L.. Under supervised by SUDARSONO, ASEP SETIAWAN, AGUS PURWANTARA
Theobroma cacao L. is one of the important cash crop, native to the South American rain forest. The beans are the sole source of cacao, the raw material for
chocolate. Production of cacao beans can be increased by cultivar which has high production and resistant to black pod caused by Phytophthora palmivora.
Identification and characterization of genetic diversity cacao germplasm were needed in constructing supe rior F1 hibrid.
Diversity analyses of cacao germplasm need to be done for finding the clones that potentially as parental in the cacao
hybridization programme for high yield and resistant to P. palmivora. Diversity of 29 clone cacao germplasm based on morphological characters was high. Results
of the experiment indicated that all SSR primer pairs evaluated were able to produce kultivar SSR markers for 29 cacao clones. The total number of observed
alleles among 29 clones were 132. Number of allele per locus ranged from 4 to 8, with an average of 5.5 alele per locus. Results of data analysis indicated the PIC
value was 0.665, the observed heterozigosity Ho was 0.651, the gene diversity He was 0.720. The PIC, Ho, and He values were considered high. Genetic
distances were evaluated using NTSys version 2.1 and de ndrogram was constructed. Based on those finding, all SSR primer pairs evaluated could be used
to analyze cacao genome and be useful for genetic diversity analysis of cacao germplasm. The SSR marke r analysis in ICCRI cacao collections resulted in high
PIC, high observed heterozygosity, and high genetic diversity. Genetic distance among the parents and genetic distance between the F1 hybrid individuals with
the nature of resistance to black pod disease caused by infection with P. palmivora were evaluated. The genetic distance between the parents used to
produce F1 hybrid strains of cocoa has a relatively high value, which ranges from 0.52 - 0.85. The farther the distance of genetic between the parents the higher
genetic diversity of hybrid individuals is expected. SSR analysis results of ten individual crossed hybrids, suggest that individual genetic hybrid has a
relatively high genetic diversity. Parents which have a further genetic distance were also produced hybrids with a relatively high diversity. To study the analog
genes thought related to the nature of plant resistance to P. palmivora, a PCR strategy was used to clone resistance genes analogs RGAs and defense gene
analogs DGAs using specific and non-specific primers. Of the eight cloned sequences, only three sequences were successfully isolated, they are one RGA
sequence of Pto and two sequences of DGA of
Cat1 and Cat2.
Key words: Genetic diversity, Theobroma cacao L., moleculer marker.
iv
RINGKASAN
SURTI KURNIASIH. Pemanfaatan Marka Molekuler untuk Mendukung
Perkaitan Kultivar Unggul Kakao Theobroma cacao L.. Dibimbing oleh SUDARSONO, ASEP SETIAWAN, dan AGUS PURWANTARA
Kakao Theobroma cacao L. merupaka n salah satu tanaman perkebunan penting yang berasal dari wilayah Amerika Selatan. Biji tanaman ini merupakan
bahan dasar untuk pembuatan coklat. Permintaan yang terus meningkat membuka peluang untuk terus meningkatkan produksi tanaman ini. Akan tetapi budi daya
tanaman ini menemui berbagai kendala. Salah satu kendala yang cukup berarti ada lah seranga n pe nyakit busuk buah yang disebabka b oleh Phytophthora
palmivora. Salah satu upaya peningkatan produksi kakao adalah dengan mengembangkan kultivar unggul kakao yang berdaya hasil tinggi dan resisten
terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan oleh P. palmivora. Kultivar tersebut dapat diperoleh dengan cara pengembangan hibrida F1 yang berasal dari
tetua do nor yang mempunyai sifat resisten da n tetua pe nerima yang mempunyai daya hasil tinggi.
Keberhasilan penyilangan kakao ditentukan oleh pemilihan tetua yang tepat sehingga diperoleh hibrida yang sesuai dengan yang diharapkan. Untuk itu
diperlukan informasi yang akurat tentang keragaman genetik plasma nutfah kakao yang aka n dipilih seba gai tetua. Analisis keragaman terhadap plasma nutfah kakao
perlu dilakuka n untuk mencari klon-klon yang memiliki potensi sebagai tetua da lam upa ya perakitan klon-klon kakao yang berdaya hasil tinggi sekaligus tahan
terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan P. palmivora.
Pada kegiatan pertama dilakukan analisis keragaman plasma nutfah kakao berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Hasil analisis keragaman
morfologi dengan menggunakan descriptor list terhadap 22 klon kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia, menunjukkan terdapat keragaman yang cukup
tinggi. Dua puluh empat lok us SSR yang digunaka n mampu mengamplifika si DNA genom 29 klon kakao dan menghasilkan pita polimorfik. Hasil analisis
menunjukkan
r
ataan jumlah alel per lokus sebanyak 5.50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar
0.665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigos itas pengamatan Ho sebesar 0.651, dan rataan diversitas gen He
sebesar 0.720. Nilai PIC, Ho dan He yang didapat tergolong tinggi.
Pada penelitian sebelumnya telah dipilih lima tetua dengan ketahanan terhadap infeksi busuk buah dan daya hasil yang tinggi dan digunakan untuk
memproduksi satu rangkaian populasi hibrida F1 dengan metode semi-dialel. Tetua terpilih yang digunakan dalam persilangan tersebut adalah klon kakao
ICCRI 3, TSH 858, ICS 13, DR1 dan Sca 6. Untuk menguji apakah pilihan ke- lima tetua tersebut telah dilakukan dengan benar atau belum, DNA dari lima klon
kakao yang digunakan untuk menghasilkan hibrida F1 telah diisolasi dan dianalisis menggunakan marker SSR pada lokus- lokus yang telah digunakan
sebelumnya. Data yang dihasilkan selanjutnya dianalisis untuk mendapatkan informasi tingkat kesamaan antar klon dan digunakan untuk mengelompokkan
masing- masing klon dengan analisis klaster. Hasil analisis tingkat kesamaan genetik antar lima klon tetua yang digunakan dapat diketahui bahwa tingkat
v kesamaan diantara lima klon kakao yang dijadikan sebagai tetua bervariasi antara
0.15 – 0.48. Hal ini berarti jarak genetik antar tetua yang digunakan untuk menghasilkan galur kakao hibrida F1 berkisar antara 0.52 – 0.85 yang nilainya
relatif tinggi. Dari informasi jarak genetik antar tetua tersebut mengindikasikan bahwa populasi F1 yang dihasilkan akan mempunyai tingkat keragaman genetik
yang tinggi. Keragaman genetik antar individu dalam populasi F1 yang dihasilkan diduga akan terlihat mempunyai nilai yag tinggi, terutama dari hasil kombinasi
persilangan antara: klon kakao DR1 x Sca 6, ICS 13 x Sca 6, dan ICCRI 3 x Sca 6.
Bagian ketiga dari penelitian dilakukan bertujuan untuk: 1 mengisolasi gen-gen analog yang diduga terkait dengan sifat resistensi kakao terhadap P.
palmivora; 2 mengidentifikasi fragmen DNA gen-gen DGARGA pada tanaman kakao; 3 menentukan runutan fragmen DNA gen-gen DGARGA pada kakao.
Selanjutnya dari hasil penelitian ini akan dikembangkan penanda molekuler spesifik untuk gen-gen DGARGA yang dapat digunakan untuk analisis
keragaman kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia. Dari penelitian ini dapat diisolasi tiga fragmen DNA yang terdiri atas dua gen yang menyandi
catalase dan satu Pto. Setelah dilakukan pensejajaran dengan sekuens dari berbagai tanaman menggunakan Blast P, ditemukan bahwa sekuens yang
ditemukan pada kakao ini memiliki homologi yang cukup tinggi dengan berbagai tanaman lain, ba ik untuk Cat maupun Pto.