Ragam Heterosigositas Harapan Identifikasi keragaman gen FSH sub-unit beta, gen FSH Reseptor dan gen GH pada sapi bali jantan sebagai penanda kualitas sperma

HASIL DAN PEMBAHASAN A. Keragaman Gen FSH Sub-unit Beta Sapi Bali Metode PCR-RFLP Amplifikasi Ruas Gen FSH sub-unit beta Pada penelitian ini kondisi PCR yang digunakan adalah denaturasi awal 94 o C selama 5 menit, denaturasi 94 o C selama 45 detik, penempelan primer annealing 63 o C selama 45 detik, suhu pemanjangan DNA baru 72 o C selama 5 menit dan suhu pemanjangan akhir 72 o C selama 5 menit, namun pada penelitian ini untuk sapi Bali Bos javanicus annealing 55 o C selama 45 detik. Perbedaan suhu annealing bisa disebabkan oleh bangsa sapi yang, ruas gen yang diamplifikasi, pereaksi PCR dan taq DNA polymerase yang digunakan. Panjang produk PCR ruas gen FSH sub-unit beta sebagian intron 2 dan bagian penuh ekson 3 adalah 313 bp disajikan pada Gambar 17. Ket : M = Marker : ladder 100 bp, 1 – 16 sampel Gambar 17 Produk PCR gen FSH sub-unit beta dengan panjang fragmen 313 bp. Penentuan genotipe g en FSH sub-unit beta dilakukan dengan metode RFLP menggunakan enzim PstI. Hasil RFLP tervisualisasi menjadi 3 macam fragmen, yaitu fragmen yang tidak terpotong tervisualisasi satu pita genotipe BB 313 bp, dua pita genotipe AA terdapat pita di 202 bp dan 111 bp dan tiga pita genotipe AB atau heterozigot 327 bp, 202 bp dan 111 bp Gambar 18. Bangsa sapi yang dianalisis yaitu sapi Bali, Brahman, FH, Limousin dan Simmental. Dari 225 sampel sapi Bali yang dianalisis menunjukkan hanya genotipe BB yang 313 bp 300 bp 500 bp 200 bp M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 ditemukan, berbeda pada sapi Brahman, FH, limosin dan Simmental ditemukan 3 macam genotipe BB, AB dan AA. Gambar 18 Visualisasi hasil RFLP ruas gen FSH sub-unit beta menggunakan enzim restriksi Pst1. Frekuensi Alel dan Genotipe Gen FSH sub-unit beta Frekuensi alel A tertinggi berturut-turut pada sapi FH, Limousin, Simmental, Brahman. Amplifikasi fragmen gen FSH sub-unit beta pada ekson 3 313 bp pada sapi Bali tidak ditemukan adanya alel A, selanjutnya alel B tertinggi berturut-turut pada sapi Bali, Brahman, Simmental Limousin dan FH. Dari penelitian ini menunjukkan bahwa pada sapi Bali, gen FSH sub-unit beta bersifat monomorfik. Schlee et al. 1994 meneliti gen FSH sub-unit beta pada bagian ekson 3 menemukan kondisi yang sama yaitu monomorfik pada sapi Gelbvieh, kerbau Murrah dan sapi FH German. Hoffmann 2011 melaporkan bahwa pada ternak lokal dan populasi yang tertutup cenderung monomorfik seperti sapi Bali. Dai et al. 2009 telah meneliti ruas g en FSH sub-unit beta pada sapi jantan di berbagai pusat inseminasi buatan di Amerika menemukan variasi gen pada sebagian intron 2 dan bagian penuh ekson 3 yang diasosiasikan dengan kualitas sperma cair dan sperma beku, ditemukan 3 alel yaitu alel A, B dan C, 3 genotipe ditemukan AB, BB dan BC. Genotipe AA dan BB berasosiasi dengan kualitas sperma cair dan sperma beku lebih baik dibandingkan dengan genotipe BC. Pada 300 bp 100 bp 500 bp BB M AB AA BB BB AB AB AA AA BB AB BB AB AA BB AA Ket : M = Marker : ladder 100 bp, AA, AB, dan BB = genotipe sampel 313 bp 202 bp 111 bp