Berdasarkan penelitian Arnaya 2005 di Samudra Hindia khususnya di perairan Jawa, Bali dan Lombok, nilai target strength ikan pelagis berkisar antara
-57 dB sampai -34 dB. Nilai target strength ikan pelagis di perairan Selat Sunda berkisar antara -50 dB sampai -32 dB Moniharapon 2009.
2.6. Zooplankton
Zooplankton merupakan konsumen pertama yang memanfaatkan produksi primer yang dihasilkan fitoplankton. Peranan zooplankton sebagai mata rantai
antara produsen primer dengan karnivora besar dan kecil dapat mempengaruhi kompleksitas rantai makanan dalam ekosistem perairan. Zooplankton seperti
halnya organisme lain hanya dapat hidup dan berkembang dengan baik pada kondisi perairan yang sesuai seperti perairan laut.
Dominansi zooplankton digolongkan menjadi 2, yaitu mikro zooplankton 40 – 200 µm dan makro zooplankton lebih dari 200 µm. Contoh mikro
zooplankton adalah naupalus dan rotifer sedangkan contoh makro zooplankton adalah cladocera dan copepod. Cladocera mendominasi hampir 60 dari total
zooplankton Hwang dan Health 1999. Caleonoid copepod dan euphausid krill secara umum mendominasi
produksi sekunder perairan laut di dunia Martin 1998. Menurut Steel 1976 in Lytle dan Maxwell 1983 densitas numerik zooplankton umumnya terdistribusi
tidak homogen dalam mediumnya, baik secara horizontal maupun vertikal. Akibat tidak homogennya distribusi zooplankton inilah secara umum dikatakan
sebagai bagian-bagian yang terpisah. Biomassa krill sebagian besar terkonsentrasi di atas 150 m. Miller dan
Hampton 1989 in Hewitt dan Demer 1996 memperkirakan bahwa 40
mungkin terkonsentrasi di 5 m teratas di malam hari.
2.7. Ikan Pelagis
Ikan pelagis adalah organisme yang mampu berenang melawan arus di perairan terbuka. Pada umumnya ikan ini hidup bergerombol. Densitas ikan
pelagis dekat permukaan lebih besar daripada di perairan yang lebih dalam, kecuali pada daerah yang kaya zat hara akibat upwelling Amin at al 1989
. Sebaran ikan pelagis dipengaruhi oleh lingkungan, ikan ini suka hidup di
daerah yang masih mendapat sinar matahari daerah eufotik dengan kisaran suhu antara 28
o
C – 30
o
C. Jika intensitas cahaya tinggi siang hari, ikan turun sampai
kedalaman 12 – 22 m. Namun pada malam hari ikan menyebar merata di kolom air Laevastu dan Hayes 1981.
Ikan pelagis dibagi dalam dua kelompok, yaitu ikan pelagis besar dan pelagis kecil. Jenis ikan pelagis besar yang terdapat di perairan Indonesia antara
lain: mandidihang Thunnus albacares, tuna mata besar Thunnus obesus, ikan pedang Xipias gladius, ikan layaran Istiophorus platyterus, ikan cakalang
Katsuwonus pelamis, dan lain-lain. Sumberdaya ikan pelagis kecil merupakan sumberdaya neritik yang penyebarannya terutama di perairan dekat pantai,
didaerah terjadinya proses upwelling dan poorly behaved karena makanan utamanya adalah plankton sehingga kelimpahannya sangat tergantung pada
faktor-faktor lingkungan. Sumberdaya ini dapat membentuk biomassa yang sangat besar sehingga merupakan salah satu sumberdaya perikanan yang paling
melimpa di perairan Indonesia. Penyebaran ikan pelagis kecil meliputi seluruh wilayah perairan Indonesia, namun dominasi ikan pelagis tertentu pada perairan
tertentu
dapat terjadi Mallawa 2006.
2.8. Kondisi Umum Laut Flores
