Tersedia online di: http:ejournal-balitbang.kkp.go.idindex.phpjra STUDI KASUS INFEKSI TILAPIA LAKE VIRUS (TiLV) PADA IKAN NILA (Oreochromis niloticus)

  Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (1), 2018, 85-92

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

  

STUDI KASUS INFEKSI (TiLV) PADA IKAN NILA ( )

_{*)# **) ***) ***) ***)} TILAPIA LAKE VIRUS Oreochromis niloticus

Ist i Koesharyani , Lila Gardenia , Zakiyah W idowati , Khumaira , dan Dita Rustianti

_{*) **)}

Pu sat Rise t Pe rikanan

  

Balai Rise t Pe rikanan Budidaya Air Tawar d an Penyu luhan Pe rikanan

_***)

Balai Uji Stan dar Karantin a Ikan

(Naskah dit erima: 11 Desember 2017; Revisi final: 29 Januari 2018; Diset ujui publikasi: 29 Januar i 2018)

  ABSTRAK

Ikan nila atau Oreochromis nilot icus merupakan ikan konsumsi masyarakat di Indonesia. Kasus kematian

massal ikan nila terjadi di beberapa lokasi budaya di Jawa, Lombok, dan Sumatera yang disebabkan oleh

infeksi Ort homyxovirus , dan disebu t sebagai Tilapia Lake Virus (TiLV). Tujuan penelitian ini adalah untuk

mendeteksi adanya infeksi TiLV dengan metode semi-nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion

(RT-PCR) pada kasus kematian massal ikan nila. Lokasi pengambilan sampel di Desa Sigerongan Kecamatan

Lingsar, Lombok, Nusa Tenggara Barat. Analisis deteksi RT-PCR menggunakan sampel organ otak, ginjal,

limpa, dan hati, selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil pengamatan terhadap gejala klinis terhadap ikan

nila moribund terlihat kondisi mata yang buram/katarak, serta cekung, abrasi kulit, serta perubahan warna

tubuh menjadi lebih gelap. Hasil analisis RT-PCR menunjukkan bahwa kejadian kematian massal pada ikan

nila suspektif diakibatkan oleh infeksi RNA virus TiLV. Analisis sekuensing menunjukkan bahwa TiLV dari

sampel ikan nila di Lombok mempunyai kesamaan identitas genetik 97% dengan TiLV asal Israel ( Genebank

KU 751816.1).

  Accession Number seminested

  KATA KUNCI: nila; TiLV; RT-PCR ABSTRACT: Case study of tilapia lake virus (TiLV) infection on nila (

  Oreochromis nilot icus). By: Isti Koesharyani, Lila Gardenia, Zakiyah W idowati, Khumaira, and Dita Rustianti Oreochromis niloticus is t he main consumpt ion fish commodit y in Indonesia. The mort alit y cases of Nile t ilapia have

occurred in several cult ure sit es in Java, Lombok, and Sumat ra due t o t he infect ion of Ort homyxovirus, Tilapia Lake

  

Virus (TiLV). The purpose of t his st udy was t o detect t he presence of TiLV infection in mass mort alit y case of Nile t ilapia

cult ure using t he semi-nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion (RT-PCR). Fish samples were sourced

from Segerongan Village Lingsar Dist rict, Lombok, West Nusa Tenggara. For RT-PCR analysis, samples from fish brain,

kidney, spleen, and liver were collect ed and t reat ed for sequencing analysis. The visual obser vat ion on t he moribund

t ilapia had found several specific clinical sympt oms such as eye cataract wit h sunken eyes, skin abrasion, and darkened

body colorat ion. The result of RT-PCR analysis showed t hat mass mort alities of t ilapia fish had been suspect ive caused

by t he infect ion TiLV RNA virus. The sequencing analysis showed t hat TiLV samples from Lombok have a genet ic

similarit y of 97% wit h TiLV from Israeli (Genebank Accession Number KU 751816.1).

  KEYW ORDS: nile tilapia; TiLV; seminested RT-PCR

PENDAHULUAN Jansen & Mo han (2017), pro duksi glo bal dari ikan nila

  diperkirakan mencapai 6,4 jut a met rik t o n (MMT) dan

  Oreochromis nilot icus

  Ikan nila merupakan jenis ikan pada tahun 2015. Ada t iga produsen nila t erbesar yait u air t awar yang diint ro duksi dari Afrika bagian t imur

  Republik Rakyat Cina dari Cina (1,78 MMT), Indo ne- pada t ahun 1969. Ikan ini menjadi ikan budidaya yang sia (1,12 MMT), dan Mesir (0,88 MMT) (FAO, 2017a). p o p u le r d i k o la m -k o la m air t a wa r d i In d o n e s ia .

  Bangladesh, Viet nam, dan Filipina adalah pro dusen Pro duksi ikan nila di Indo nesia t erus meningkat sejak t e r k e m u k a la in n ya . Me n u r u t d a t a p r o d u k s i d i t ah u n 2 00 9, yait u me n capai 9 9 .9 6 9 t o n . Men u ru t _#

  Direkt o rat Je nderal Perikan an Bu didaya (DJPB) KKP,

  Ko r e sp o nd e n si: Pu sat Rise t Pe r ikanan . Ged u ng BRSDMKP 2 ,

  p ro du ksi ikan n ila d i Ind o n e sia sejak t ahu n 2 01 3

  Jl. Pasir Pu t ih II No . 2 , An co l Tim ur, Jakart a Ut ar a 1 4 43 0 ,

  meningkat dari 914,78 ribu t o n menjadi 999,64 ribu In d o n e s ia. t o n pad a t ahun 2014 , ke mudian p ada t ahu n 20 15

  Te l. + 6 2 2 1 6 4 7 0 0 9 2 8 i st i sugama@ yahoo.com pro duksi nila mencapai 1,084 jut a t o n dengan nilai

  E-m ail: Co p yright @ 201 8, Jurn al Rise t Akuakult ur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6534

  Studi kasus infeksi t ilapia lake virus (TiLV) pada ikan nila ..... (Isti Koesharyani)

  sebanyak 1 µL, template RNA (100 ng) sebanyak 2 µL ,

  . (2016), am p lifikasi d ilaku kan se cara se m i-n e st e d RT-PCR (Do ng et al ., 2017a). Pada pro ses semi-nest ed RT-PCR dilakukan dengan menggunakan

  primers forward

  pada amplifikasi pert ama. Adapun susunan sekuen primer yang dipakai dapat dilihat pada Tabel 1.

  Amplifikasi pert ama (

  first round

  ) RT-PCR dilakukan

  dalam total volume 25 µL, masing-masing sampel menggunakan AMV reverse enzyme 0,5 µL; Go Tag Green 12,5 µL; primers reverse

  Nest ed ext -1; dan

  for- ward

  ME1 dengan ko nsent rasi 10 pMo l masing-masing

  dan ddH ₂ O sebanyak 8 µL. Kemudian untuk analisis

  . (2014) dan Tso fack

  semi -nest ed

  , k o m p o s is i u n t u k b a h an a m p lifik a s i

  menggunakan Go Tag Green 12,5 µL dengan total volume 25 µL, masing-masing sebanyak 1 µL primer 7450/150R/ME2 dan ME1, 2 µL template c-DNA

  menggunakan hasil amplifikasi pert ama. Amplifikasi dilakukan pada mesin thermalcycler T100 Biorad. Pada siklus am plifikasi RT-PCR p e rt ama d an

  semi-nest ed

  adalah sebagai berikut : unt uk pro ses sint esis c-DNA menggunakan reverse enzyme dilakukan pada suhu 50°C selama 30 menit , dilanjut kan dengan pre-denat urasi 94°C selama dua menit . Kemudian pro ses amplifikasi d ilaku kan se ban yak 3 0 kali siklus, d e ngan pro se s denaturasi, anaeling, dan elongasi: masing-masing pada suhu 94°C selama 30 det ik, 60°C (30 det ik), dan72°C (30 det ik). Pada pro ses terminasi digunakan suhu 72°C selama t ujuh menit . Langkah berikut nya unt uk siklus amplifikasi

  semi-nested

  menggunakan pro ses yang sama sepert i amplifikasi pert ama t et api t anpa melakukan pro ses in-akt ivasi reverse enzyme . Adapun t arget berat mo lekul unt uk amplifikasi pert ama adalah di 415 bp ya n g m e n g in d ik a s ik a n b a h w a s a m p e l t e r s e b u t t e r in fe k s i b e r at d a n sem i -nest ed d i 2 5 0 b p yan g merupakan indikat o r infeksi ringan. Hasil amplifikasi selanjut nya dielekt ro fo resis pada 1,5%

  agarose

  dalam

  b uf f er

  et al

  et al

  ekspor sebesar 14,681 to n tetapi nilai ekspo r menurun m e n ja d i 1 1 ,8 7 9 t o n p a d a t a h u n 2 0 1 6 . Ko n d is i penurunan ini kemungkinan ada hubungannya dengan kasus kemat ian massal akibat penyakit . Pada t ahun 2 0 1 6 kasu s ke mat ian m assal t e rp ant au t e rjad i d i p e m b u d id a ya ik a n d i Lo m b o k , d e n g a n g e ja la m e n ye ru p ai kasu s in fe ksi viru s TiLV yan g p e rn ah t erjadi di Israel. Ko ndisi ini perlu diwaspadai karena saat ini b ibit at au b enih nila selain dari lo kal ju ga diimpo r dari beberapa negara lain sepert i dari Thai- lan d, Filipina, d an Ame rika. Kegiat an imp o r be nih sering menimbulkan masalah karena akan disert ai pula impo r penyakit . Kasus ini sama sepert i kasus impo r ikan hias yang juga disert ai masuknya penyakit baru yang pada awalnya belum ada di Indo ne sia sep ert i Ko iherp es virus (KHV) (Sunart o & Came ro n, 200 6). Hal yang sama juga t erjadi kasus penyakit udang in- fe ct io us m yo n e cro sis viru s (IMNV) p ad a bu d idaya udang di Sit ubo ndo , Jawa Timur t ahun 2006 (Senapin

  et al

  et al

  ., 2007). Kondisi ini diduga karena adanya kegiatan impo r baik benih maupun calo n induk yang kurang t erawasi. Akh ir-akhir ini di beberapa d aerah t erjadi kasus kemat ian pada budidaya ikan nila secara massal yan g ke m un gkinan in feksi pe nyakit TiLV. Viru s in i merupakan genus dari famili Ort ho myxo viridae, yang mereplikasi di int i sel pada jaringan ikan. TiLV yang pert ama kali dilapo rkan t erjadi di Israel menyebar ke Ekuado r dan Ko lo mbia (Eyngo r

  et al

  ., 2014; Bacharach

  et al

  ., 201 6) dan ke b eberapa negara sepert i Mesir (Fat hi

  et al

  ., 2017 dan Nicho lso n

  et al

  ., 2017), Thai- land (Do ng et al ., 2017a; 2017b; Surachet po ng et al ., 2017), sert a India (Behera

  ., 2017), sert a Malaysia (Amal

  dari IQ 20 00 Syst em , se lanjut nya konsent rasi RNA diukur menggunakan Nano drop. RNA kemudian diamplifikasi menggunakan spesifik primer unt uk TiLV. Pasangan primer yang digunakan didesain o leh Eygno r

  et al

  ., 2017). Di Indo nesia sejak beberapa t ahun belakangan ini sering t erjadi adanya kasus kemat ian massal budidaya ikan nila t erut ama di Sumatera, Jawa, Ba li, d a n Lo m b o k . Wa la u p u n b e lu m d ike t a h u i penyebab kemat iannya, namun bila dilihat dari gejala klinis yang t erlihat ke mu ngkinan dise babkan o le h ad an ya in fe ksi viru s. Tu ju an p e n e lit ian in i ad alah mendet eksi adanya infeksi TiLV dengan met o de

  Semi- Nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion

  (RT-PCR) pada kasus kemat ian massal ikan nila. Dengan demikian, kasus kemat ian ikan nila yang sering t erjadi disent ra budidaya dapat did et e ksi secara din i agar mempermudah t indakan pencegahan.

  BAHAN DAN M ETODE Ikan Nila (Oreochromis niloticus) Uji

  Samp e l d id ap at p ad a bu lan Me i 2 0 16 , d e ngan t erjadinya kasus kemat ian massal ikan nila jenis Anjani di Desa Sigero ngan Kecamat an Lingsar, Lo mbok, Nusa Tenggara Barat . Sampel ikan

  moribund

  /mat i diam bil beberapa o rgan berupa o t ak, hat i, ginjal, dan limpa, kemudian disimpan dalam alko hol 90% untuk dilakukan pengujian di labo rat o rium.

  Det eksi TiLV dengan M etode Semi-nested Reverse Transcriptase-Polymease Chain Reaction (RT-PCR)

  Pad a m asin g-m a sin g o rgan se p e r t i o t ak, h a t i, ginjal, dan limpa yang didapat, diekst rak menggunakan Kit RNA

  solut ion

  1 x Tr is -a c e t a t e -EDTA (TAE) d a n dido kument asikan dengan gel do kument asi. Co p yright @ 201 8, Jurn al Rise t Akuakult ur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (1), 2018, 85-92

  Filogenet ik dan Similarity Indeks DNA Sekuens TiLV

  Time Suhu

  Reference Nested ext-1 TATGCAGTACTTTCCCTGCC ME1 GTTGGGCACAAGGCATCCTA

7 4 5 0 /1 5 0 R/ME2 TATCACGTGCGTACTCGTTCAGT 2 50 Tso fack et al . (2 0 16 )

Eyn go et al . (2 0 1 4 ) 4 15

  Tabel 2. Siklus suhu amplifikasi unt uk

  DNA sequencing

  TiLV ikan nila Table2.

  Thermal cycle amplificat ion for DNA sequencing of TiLV of t ilapia fish Suhu

  Temperature W aktu

  Time Suhu

  Temperature W aktu

  Time Suhu

  Temperature W aktu

  Temperature W aktu

  

Table1. The sequence of primer pairs for TiLV det ect ion using t he semi-nest ed RT-PCR on

t ilapia fish Pri m e nam e Sekuensi (5'-3')

  Time Suhu

  Temperature W aktu

  Time 96°C 10 de t ik

  10 second 50°C 5 de t ik

  5 second 60°C 4 me nit

  4 minut e ̴

  Hold 25 siklus (

  25 cycles ) 96°C

  1 me nit 1 minut e

  4°C Denaturasi awal

  Early denaturation

Kecepatan perubahan suhu

  Sequence (5 '-3 ') Pr oduct size (bp) Referensi

  Tabel 1. Sekue n p asan gan p rim er yang d igu nakan u nt u k me nd e t e ksi TiLV d en gan met o de semi-nest ed RT PCR pada ikan nila

  Analisis DNA sekuens TiLV dilakukan di Balai Uji St andar Karant ina, Badan Karant ina Ikan Cilangkap, Jakart a. Sekuensing dilakukan pada bagian segmen 3 d a r i 1 0 s e g m e n g e n o m RNA TiLV d e n g a n menggunakan primer ME1 dan Ext 1 pada ampliko n de ngan t arget pan jang segmen 415 bp. Ko m po sisi

  at au

  reaksi sekuensing adalah BDT (2.5X) 2 µL, Seq Buffer (5X) 3 µL, Seq primer tunggal (10 µM) 3.2 pmol (

  1

  µL), DNA template 10 ng/100 bp ( 1-2 µL), nuclease free wat er hingga volume akhir reaksi sebesar 20 µL,

  Thermal cycle

  amplifikasi yang digunakan sesuai dengan Tab el 2. Hasil amplifikasi kemu dian d ianalisis p ada

  sequencer ABI 3130 CE.

  Similarit y

  sekuen nu kleo t ida TiLV atau

  Nucleot ide Sequence similarity

  dilakukan dengan mensejajarkan DNA sekuens pada GenBank dengan pro gram BLASTN

  dat abase

  nucleot ide blast

  red tilapia. Selain it u, infeksi TiLV ini juga menginfeksi ikan nila pada st adia fingerling (Do ng et al ., 2017b). Kasus infeksi di

  pada (h t t ps://b last .ncbi.n lm.nih.go v). Analisis filo gen et ik sekuen DNA TiLV dari ikan nila di Lo mbo k dilakukan d e n gan m e m b an d in gkan DNA s e ku e n s TiLV yan g sudah t erdaft ar di Genbank, menggunakan

  soft ware Neighbor-j oining BIOEDIT M EGA Vesion 7

  .

  HASIL DAN BAHASAN

  Ke mat ian m assal ikan n ila st rain “Anjan i” t elah terjadi pada bulan Mei 2016 di kelo mpok pembudidaya Emb u ng Biru Desa Sige ro n gan Ke cam at an Lin gsar Kabupat en Lo mbo k Barat , Nusa Tenggara Barat . Bila dilihat d ari gejala klinis ikan yang t erinfeksi, sert a t ingkat kemat ian ikan yang sangat t inggi (70%-100%) me ngin dikasikan b ahwa ke mat ian massal t e rseb ut t erjadi akibat infeksi virus. Adapun secara fisik gejala yang t erlihat adalah warna kulit bagian tubuh merubah menjadi lebih gelap at au menghit am, adanya luka pada kulit , pembengkakan ro ngga perut , sedangkan pada bagian mat a mengalami

  exophtalmia

  dan buram/katarak (Gambar 1.)

  Ge jala klin is p ad a kasus ke mat ian ikan n ila d i Lo mbo k ini hampir sama sepert i pada kasus kemat ian ikan nila yang t erjadi di Israel dan Mesir, yait u adanya kelainan pada mat a, let argi at au lemas, sert a gejala fisik lain sepert i ero si kulit dan kemat ian massal lebih dari 80% (Eygno r et al ., 2014). Gejala adanya infeksi TiLV di Thailand dilapo rkan bahwa ikan nila kehilangan kem auan me m an gsa pakan , warna t u b uh m en jad i pucat, berkelo mpo k di dasar bak, pergerakan lamban, t idak akt if, dan pada akhirnya mengalami mo rt alit as (Do n g

  et al

  ., 2 0 1 7 a). Ka su s in fe k si TiLV d i Asia t erut ama di Thailand t ernyat a sudah ada sejak t ahun 2012 dit unjukkan dari hasil analisis secara semi-nest ed RT-PCR, terdapat pada

  yolk-sac larvae

  

Rapid thermal ramp

  Studi kasus infeksi t ilapia lake virus (TiLV) pada ikan nila ..... (Isti Koesharyani)

  2

  1 Gambar 1. Gejala klinis infeksi TiLV ikan nila Anjani di Desa Sigero ngan Kecamat an Lingsar, Lo m bo k (1 . peru bahan warna t ubuh; 2.

  kerusakan pada mat a).

  

Figure 1. Clinical symptoms of TiLV infect ion on nile Anjani strain in Sigerongan

Village Lingsar Dist rick, Lombok (1. changes body colorat ion; 2. eyes damages) .

  Lo mbo k t erjadi pada ikan nila ukuran 8-12 cm dan E-11 dan cyt opat hic effect dapat t erlihat pada hari ke-5

post infect ion

  gejala klinis t erindikasi infeksi virus dengan adanya sampai hari ke-10 . Gam baran sel TiLV

  elect ron microscopy enveloped icosahe-

  kemat ian massal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada berbent uk dari ke-4 jenis o rgan yang digunakan sebagai bahan dr al d e n gan d ia m e t e r p art ike l 5 5 -7 5 n m (Eyn go r

  et al uji t ernyat a o rgan o t ak adalah t arget infeksi TiLV. Hal ., 2014).

  ini terbukt i dari hasil analisis RT-PCR dengan t ampilan

  semi-nest ed

  Analisis se lanjut nya d ilaku kan un t uk elekt ro fo resis menunjukkan bahwa o rgan o t ak sudah m e n e n t u kan le b ih p ast i ad a t id akn ya o rgan yan g

  first round

  t erdet eksi pada t ahap amplifikasi pert ama ( ) t erpapar o leh TiLV, mengingat met o de t ersebut dapat yait u t erlih at adan ya pit a DNA yan g sesu ai t arge t m e n in g kat k an se n s it ivit as d e t e ks i. Hasil an alis is sebesar 415 bp. Dengan demikian infeksi virus TiLV menunjukkan bahwa pada o rgan hat i, ginjal, dan limpa lebih banyak t erakumulasi dan berkembang di o rgan t erlihat t erjadi infeksi virus TiLV dengan adanya pit a o t ak (Gam b ar 2 ). Pe n e lit ian yan g t e lah d ilaku kan

  DNA dengan berat mo lekul 250 bp. Hal ini merupakan

  cell line culture

  menggunakan , TiLV ini hanya dapat hidup indikasi bahwa TiLV belum banyak berkembang pada pada pr imary t ilapia brain cells at au pada kult ur sel

  4 1 5 b p 415 bp

  O. nilot icus st rain

  Gambar 2. Hasil amplifikasi pert ama RT-PCR nila Anjani dari o rgan uji yang berbeda (1 & 2: o t ak; 3 & 4: hat i; 5 & 6: ginjal; 7 & 8: limpa; 9:

  ladder negat if ko nt ro l; M: marker 100 bp DNA ).

Figure 2. Amplificat ion result on t he first round RT-PCR on nile O. niloticus st rain Anj ani

from different organs (1 & 2: brain; 3 & 4: heart ; 5 & 6: kidney; 7 & 8: spleen;

  9: negat ive cont rols; M : 100 bp marker of DNA ladder) . Co p yright @ 201 8, Jurn al Rise t Akuakult ur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (1), 2018, 85-92

  o rgan-organ t ersebut dibandingkan pada o tak. Ko ndisi t ersebut dap at memb erikan gambaran bahwa pada o rgan hat i, limpa, dan ginjal baru t erjadi infeksi awal TiLV. Dengan hasil analisis mo lekuler menggunakan

  Indo nesia yang selama ini masih bergant ung pada benih impor t erut ama dari beberapa Negara Asia untuk me men uh i e ksp o r

  ladder ).

Figure 3. The result of semi-nest ed RT-PCR amplificat ion on t ilapia fish O. niloticus Anj ani

st rain on different organs t est ed (N: negat ive cont rol; 1 & 2: brain; 3 & 4: heart ; 5 & 6: kidney; 7 & 8: spleen; M : 100 bp marker of DNA ladder) .

  RT-PCR pada o r- gan uji yang berbeda (N: negat if ko nt ro l; 1 & 2: o t ak; 3 & 4: hat i; 5 & 6: ginjal; 7 & 8: limpa; M: marker 100 bp DNA

  semi-nest ed

  Anjani

   O. nilot icus st rain

  k o m u n ik a s i). Pe n ya k it la in ya n g d a p a t Gambar 3. Hasil amplifikasi nila

  per sonal

  ., 2017b) dan Selango r, Malaysia pun sudah diketahui adanya kasus infeksi TiLV (Am a l et al ., 2 0 1 7 ). Na m p a k n ya , b e s a r d u g a a n ke m u n gkin an t e rja d in ya kas u s in fe ks i TiLV p a d a budidaya ikan nila yang ada di Lo mbok, adalah melalui im p o r b e n ih . Ole h k a r e n a it u , p e rs ya r a t a n d a n perat uran yang t egas unt uk impo r ikan at au udang budidaya harus bebas penyakit . Pada saat ini kasus infeksi TiLV pada ikan nila t enyat a suspekt if sudah m e n ye b a r ke b e b e rap a lo ka si b u d id a ya se lain d i Lo m bo k, TiLV juga m engin feksi di sent ra budid aya ikan nila di Medan , Jam bi, Bali, Brebes, Jo gjakart a, Cirebo n, dan beberapa daerah di Jawa Barat (ano nim/

  et al

  n ila ke USA d an Ero p a in i, sangat me merlukan pe rhat ian t erut ama d alam lalu lint as pemasukan ikan nila dari negara asing. Beberapa negara seperti Thailand sudah mendeteksi adanya TiLV sejak t ahun 2012 (Do ng

  fillet

  TiLV yang berasal dari India (Gambar 4), sehingga dapat dikat akan bahwa TiLV dari ikan nila India dan Lo mbo k m em p u nyai ke kerab at an yan g d e kat . Be rdasarkan analisis similarit y ant ara sekuens DNA dari TiLV ikan nila Lo mbo k yang disejajarkan dengan sekuen DNA pada Gen Bank menunjukkan adanya kesamaan sebesar 97% dengan TiLV dari Israel (KU 751816 & KJ 605629), Thailand (KY 381578), dan India (MF 502419 dan MF 582636). Hal ini sesuai dengan po la sebaran TiLV yang be rasal d ari Israel, ke Asia Tim ur (India), d an Asia Tenggara (Thailand).

  semi-nest ed

  dari virus Influenza C PB1 yang hanya t erdapat pada segme n-1 . De n gan de m ikian, bagian se gm e n-3 in i d igu n akan u n t u k m e n ge t ah u i sifat a t au kara kt e r gen e t ik TiLV ikan n ila asal Lo m bo k. Hasil an alisis sekuensing dan filo genet ik menggunakan primer ME1 dan Ext 1 pada ampliko n 415 bp yang dianalisis dengan BIOEDIT MEGA Versi 7, menunjukkan bahwa TiLV yang berasal dari Lombo k berada dalam sat u kluster dengan

  Ort homyxovirus

  ) dengan genus

  encode region

  TiLV dilakukan pada bagian segmen-3 dari 10 segmen gen o m RNA TiLV, kare na se gm e n-3 in i m eru pakan pembeda (

  RT-PCR mempunyai sensit ivit as yang lebih baik, sepert i dilihat pada Tabel 3. Analisis sekuensing dan pilo genet ik kekerabat an

  semi-nest ed

  Pa d a d e t e k s i in i t id a k m e n g g u n a k a n p o s it if ko nt ro l, t et api dari hasil analisis menunjukkan bahwa fragmen DNA berada pada t arget berat mo lekul 450 bp, sesuai dengan t arget region primer spesifik yang d ig u n a k a n . Pa d a t a r g e t b e r a t m o le k u l 4 1 5 b p menunjukkan bahwa ikan nila po sitif terinfeksi dengan t ingkat an berat , sedangkan pada infeksi ringan DNA hasil amplifikasi t erlihat pada berat mo lekul 250 bp. Pengujian

  Anjani yang t erjadi di Lo mbo k secara suspekt if disebabkan o leh adanya infeksi TiLV dengan st adium infeksi yang berbeda pada set iap o r- gan (Gambar 3).

  O. nilot icus st rain

  RT PCR menunjukkan bahwa kemat ian ikan nila

  250 bp 2 5 0 b p

  Studi kasus infeksi t ilapia lake virus (TiLV) pada ikan nila ..... (Isti Koesharyani)

  85

  

Table 4. Comparison of nucleot ide and amino acid sequences of TiLV Indonesia, Israel, Thailand,

India, and Egypt Nukleot i da yang diperi ksa

  Exam ined nucleotides (%) Ni lai er ror Er ror value

  Kem i ri pan i dent it as Sim ilar ity identity (%)

  Negara Countr y

  I nang Host

  1 0 0 9 7 Isr ael: Sea o f Galilee KU7 5 1 8 1 6 1 0 0 9 7 Isr ael: Sea o f Galilee KJ6 0 5 6 29 1 0 0 9 7 Thailand KY3 8 1 5 7 8 1 0 0 9 7 In d ia MF5 0 2 4 1 9 1 0 0 9 6 In d ia MF5 7 4 2 0 5 97 9 7 In d ia MF5 8 2 6 3 6 1 0 0

  8 E-1 7 7 9 5 Thailand KX6 3 1 9 2 3

  2 E-1 6 8 9 8 Israel KU5 5 2 1 3 5

  m e nin gkat kan p ro d u ksi ikan n ila se b agai su mb e r devisa negara di Indo nesia.

  58

  3 E-1 0 1 9 5 In d ia MF5 7 4 2 0 6

  59

  8 E-9 2 9 3 Eg ypt; farm -3 KY8 1 7 3 8 5

  59

  4 E-9 0 9 3 Eg ypt; farm -8 KY8 1 7 3 8 4

  48

  Tabel 4. Perbandingan nukleo t ida dan sekuen asam amino TiLV Indo nesia dengan Israel, Thailand, India, dan Mesir

  cell l i n e cu l t u r e m e n ja d i p ilih a n , s e h in g g a d a p a t

  menyerang budidaya ikan nila walaupun kasus ini belum pernah ditemukan di Indonesia adalah infeksi bet ano da virus (RNA virus) yang biasa dit emukan pada ikan kakap/ kerapu. Bet ano da virus ini menyerang lar va ikan nila u ku ran 0 -7 se t e lah m e n e t as (

  Liver-2 ) Neg atif (

  post -hat ching lar vae

  ) dengan gejala adanya kerusakan jaringan pada bagian o t ak berupa vakuo lasi (Bigarre

  et al

  ., 2009). Secara um um kerugian akibat adan ya p enyakit khu susn ya infeksi TiLV mengakibat kan kerugian so sial eko no mi dan dampaknya t erhadap ket ahanan pangan, t et api

  Tabel 3. Hasil analisis semi-nest ed RT-PCR pada ikan nila O. nilot icus st rain Anjani dengan o rgan uji yang berbeda Table 3.

  Result of semi-nest ed RT-PCR analysis on t ilapia fish O. niloticus Anj ani st rain wit h different organs t est ed

EXT-1 & ME-1

415 bp

  ME-1 & ME-2 250 bp

Otak-1 ( Brain-1 ) Po sitif ( Posit ive ) Po sitif ( Posit ive )

Otak-2 ( Brain-2 ) Po sitif ( Posit ive ) Po sitif ( Posit ive )

Hati-2 ( Liver-1 ) Neg atif ( Negative ) Po sitif ( Posit ive )

Hati-2 (

  Negative ) Neg atif (

  t idak berdampak t erhadap kesehat an manusia (Jansen & Mo h a n , 2 0 1 7 ). An t is ip a s i u n t u k m e n e k a n penyebaran infeksi TiLV ini adalah dengan melakukan eradikasi, sert a sert ifikasi kesehat an ikan. Ke depan p e n c e g a h a n in fe k s i TiLV p a d a ika n n ila p e r lu d ik e m b an gkan m e la lu i vaksin asi u n t u k m e n e kan penyebaran penyakit . Pembuat an vaksin dengan

  Negat ive )

Ginjal-1 ( Kidney-1 ) Neg atif ( Negative ) Po sitif ( Posit ive )

  Ginjal-2 ( Kidney-2

  ) Neg atif ( Negative

  ) Po sitif ( Posit ive

  )

Lim pa-1 ( Spleen-1 ) Neg atif ( Negative ) Po sitif ( Posit ive )

Lim pa-2 ( Spleen-2 ) Neg atif ( Negative ) Po sitif ( Posit ive )

  Hasi l PCR ( PCR r esult

  ) Primers Or gan

  2 E-8 3 9 6 Israel KU5 5 2 1 3 9 asso - cia t e d wit h m o r t alit ie s o f farm e d n ile t ila p ia

  Oreochromis niloticus (Linnaeus 1758) in India.

  

Figure 4. Phylogenet ic t ree showing t he relat ionship based on segmen-3 nucleot ide sequence of TiLV using

BIOEDIT-M EGA Versi 7 sof ware, bet ween st rain from Lombok (KP TLV Lombok) (red arrow) t o Israel (KU751816, KJ605629, and KU552139), Thailand (KY381578 and KX631923), India (M F502419, M F574205, and M F582636), Egypt (KY817385 and KY817384).

  Aquac- ult ur e

  , 4 8 4 , 1 6 8 -1 7 4 ; h t t p s://d o i.o rg/1 0 .1 0 1 6 / j.aquacult ure. 2017.11.025. Gambar 4. Gambaran filo genet ik berdasarkan urut an nukleo t ida pada segmen-3 menggunakan

  soft - ware

  BIOEDIT-MEGA Versi 7,

  st rain

  ant ara TiLV asal Lo mbo k (KP TiLV Lo mbo k) (t anda panah) dengan, Israel (KU751816, KJ605629, dan KU552139), Thailand (KY381578 dan KX631923), India (MF502419, MF574205, dan MF582636), Mesir (KY817385 dan KY817384).

  KU751816 (Israel) MF502419 (India) MF582636 (India)

  Tilapia Lake Virus

  MF574205 (India) KP_TiLV_Lo mbok

  KU552139 (Israel) KY381578 (Thailand)

  KX631929 (Thailand ) KY817384 (Me sir/

  Egypt

  ) KY817385 (Mesir/ Egypt )

  KJ605629 (Israel)

  0.01

KESIM PULAN

  Co p yright @ 201 8, Jurn al Rise t Akuakult ur, p -ISSN 19 07-6754 ; e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 13 (1), 2018, 85-92

  Ka su s ke m at ia n m as sa l b u d id aya ika n n ila d i Lo mbo k yang t elah didet eksi dengan me t o de

  Tilapia Lake Virus

  semi- nest ed

  RT PCR dan sekuensing menggunakan spesifik primer, secara suspekt if disebabkan o leh infeksi TiLV. Sekuen DNA dari TiLV ikan nila Lo mbo k mempunyai kesamaan sebesar 97% dengan TiLV dari Israel, Thai- land, dan India.

  UCAPAN TERIM A KASIH

  Terima kasih disampaikan Kepada Balai Karant ina Ikan Pengendalian Mut u dan Keamanan Hasil Perikanan Ke las II Mat aram yang t elah me mb eri kese mp at an unt uk mendapat kan sampel uji dan Balai Uji St andar Karant ina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan yang t elah memberikan fasilit as pengujian dan analisis sehingga tersusunnya naskah publikasi ini.

  DAFTAR ACUAN

  Amal, M.N.A., Ko h, C.B, Nurliyana, M., Suhaiba, M., No r-Amalina, Z., Sant h, S., Diyana-Nadhirah, K.P., Yuso f, M.T., Ina-Salwany, M.Y., & Zamri-Saad, M.

  (2017). A case o f nat ural co -infect io n o f

  and

  M Bio , 7, 1-7.

  Aeromonas veronii

  in a Malaysian red h yb r id t ila p ia (

  Or eochr om i s ni l ot i cus

  x O.

  mossambicus ) farm e xp erie ncing h igh mo rt alit y. Aquacult ure

  , 485, 12-16; ht t ps://do i.o rg/10.1016/ j.aquacult ure.2017.11.019. Bach arach , E., Mis h ra, N., Brie s e , T., Zo d y, M.C.,

  Kembo u Tso fack, J.E., Zamo st iano , R., & Lipkin, W.I. (2 0 1 6 ). Ch a r a c t e r iz a t io n o f a No ve l Ort ho myxo -like Virus Causing Mass Die-Offs o f Tilapia.

  Beh e raa, B.K., Pradh anb , P.K., Swam inat h anc, T.R., So o d b , N., Pr a s e n jit Pa r ia a , Ab h is h e k Da s a , Verm ab, D.K., Ku m arc, R., Yad avb , M.K., Devb , A.K., Paridaa, P.K., Dasa, B.K., Lalb, K.K., & Jenad, J.K. (2017). Emergence o f

  Studi kasus infeksi t ilapia lake virus (TiLV) pada ikan nila ..... (Isti Koesharyani)

  (TiLV): Lit erat ure review. Penang, Malaysia: CGIAR Rese arch Pro gram o n Fish Agri-Fo o d Syst e ms. Wo rking Paper: FISH-2017-04. Nicho lso n , P., Fat h i, M.A., Fische r, A., Mo h an , C.,

  (2016). Det ect io n o f Tilapia Lake Virus (TiLV) in clinical samples by cult uring and nest ed RT-PCR.

  , 23 (6), 103 1-103 3; do i: ht t ps://dx.d o i.o rg/ 10.3201/eid2306.161278; www.cdc.go v/eid. Tso fack, J.E.K., Zamo st iano , R., Wat t ed, S., Berko wit z, A., Ro sen blut h , E., Mish ra, N., & Bach arach , E.

  Emerging Infect ious Dis- eases

  A. (2017). Out breaks o f Tilapia Lake Virus Infec- t io n, Thailand, 2015-2016.

  Surachet po ng, W., Janet anakit , T., No nt habenjawan, N., Tat t iyapo ng, P., Sirikanchana, K., & Amo nsin,

  Proceed- ings of t he 11 ^{t h} Int ernat ional Symp. on Vet . Epi and Eco . www.sciqu est .o rg.nz

  Sunart o , A., & Camero n, A. (2006). Epidemio lo gy and co nt ro l o f Ko i herpes virus in Indo nesia.

  Aquacult ure , 266, 32-38.

  (2007). Out breaks o f infect io us myo necro sis vi- rus (IMNV) in Ind o n esia co nfirme d by gen o m e sequencing and use o f an alt ernat ive RT-PCR de- t ect io n met ho d.

  , p. 1925-1928; do i: 10.1111/jfd.12650. Senapin, S., Phewsaiya, K., Briggs, M., & Flegel, T.W.

  Journal of Fish Disease

  Schieck, E., Mishra, N., & Jo res, J. (2017). Det ec- t io n o f Tilapia Lake Virus in Egypt ian fish farms e xp e r ie n cin g h igh m o rt alit ie s in 2 0 1 5 . Sh o rt Co munication.

  Ro me: FAO. ht t p ://www.fao .o rg/fish er y/st at ist ics/ global-pro duct io n/en. Jansen, M.D., & Mo han, C.V. (2017). Tilapia lake virus

  Bigarre. L., Cabo n, J., Baud, M., Heimann, M., Bo dy,

  , 473, 430-432; h t t p : / / d x . d o i . o r g / 1 0 . 1 0 1 6 / j.aquacult ure.2017.03.014. Foo d and Agricult ure Organizat io n [FAO] of the United Nat io ns. (2017a). Glo bal aquacult ure pro duct io n.

  Aquacult ure

  Ident ificat io n o f Tilapia Lake Virus in Egypt in nile t ilapia affect ed by ‘summer mo rt alit y’ syndro me. Sho rt co mmunicat io n.

  A. (2014). Ident ificat io n o f a No vel RNA Virus Le- t hal t o Tilapia. Journal of Clinical M icrobiology , 52, 4137-4146. Fat hi, M., Dickso n, C., Dickso n, M., Leschen, W., Baily, J., Muir, F., Ulrich, K., & Weidm an n, M. (20 17 ).

  Berko wit z, A., Berco vier, H., Tinman, S., & Eldar,

  Rat t anaro jpo nga, T., & Senapin, S. (2017b). Evi- de nce o f TiLV infect io n in t ilapia h at che rie s in Thailand fro m 2012 t o 2017 reveals pro bable glo - b a l s p r e a d o f t h e d is e a s e ; d o i: 1 0 . 1 0 1 6 / j.aquacult ure.2017.06.035. Eyn g o r, M., Za m o s t ia n o , R., Ts o fa ck , J. E. K. ,

  , 476, 111-118. Do n g , H. T., At a g u b a c , G. A., Kh u n r a e a , P. ,

  Aquacult ure

  H. T. , Sir ir o o , S., Me e m e t t a , W. , Sant imanawo ng, W., Gangno nngiw, W., Pirarat , N., Khunrae, K., & Senapin, S. (2017a). Emergence o f t ilapia lake virus in Thailand and an alt ernat ive se mi-n est ed RT-PCR fo r d et e ct io n.

  3 2 , 6 6 7 -6 7 3 ; d o i: 1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 3 6 5 - 2761.2009.01037.x. Do n g ,

  Or eochr omis nilot icus (L.), in fresh wat er. Journal of Fish Diseases ,

  A., Lieffrig, F., & Cast ric, J. (2009). Out break o f b et an o d aviru s in fect io n in t ilap ia,

  J. Clin. M icrobiol .; do i: 10.1128/JCM.01808-16.