Filogenetik Ikan Tuna Sirip Kuning Thunnus albacares
subtitusi nukleotida secara umum dapat di lihat pada Tabel 9. Hasil ini berbeda dengan yang diperoleh Chow dan Kishino 1995 yakni sebanyak 51 tipe
nukeotida dengan 292 panjang basa bp yang ditemukan, namun terdapat subtitusi didalam individu pada spesies yang sama. Perbedaan ini disebabkan oleh
total sampel yang digunakan tidak sama, dimana Chow dan Kishino 1995 hanya menggunakan tiga individu pada setiap spesies tuna yang terbagi atas satu
individu yang sampel yang dikoleksi dan dua sampel dari data DDJB DNA Data Bank of Japan
. Analisis filogenetik untuk melihat kekerabatan populasi ikan tuna sirip
kuning Maluku Utara dan Ambon menggunakan metode neighbor-joining dengan Kimura 2-parameter model
menemukan terjadinya pencampuran individu antar populasi yang berbeda Gambar 8. Hasil yang diperoleh mengindikasikan bahwa
kedua populasi ikan ini adalah satu keturunan dan bermigrasi dengan pola migrasi pada lokasi yang sama sehingga mengakibatkan kedua populasi ini menjadi mirip
secara genetik. Selain itu juga menjelaskan bahwa meskipun setiap kelompok populasi terpisah antara satu dengan yang lain akan tetapi dua populasi ini
memiliki kedekatan secara genetik dan satu nenek moyang asal yang sama. Hasil ini serupa dengan penelitian Kunal et al 2013 yang tidak menunjukan adanya
perbedaan secara genetik di perairan India berdasarkan pohon filogenetik ikan tuna sirip kuning. Wijana dan Mahardika 2010 menunjukan pohon filogenetik
yang bercampur pada populasi tuna sirip kuning Philipina dan Spanyol. Chow dan Kishino 1995 melakukan penelitian hubungan filogenetik diantara spesies tuna
menemukan bahwa terdapat tiga clade yang berbeda namun setiap clade terdapat dua individu yang sama tapi berbeda lokasi. Beberapa penelitian lain di beberapa
lokasi memperlihatkan hasil yang sama seperti di perairan Samudera Pasifik Grewe dan Hampton 1998, perairan Samudera Atlantik Martinez dan Zardoya,
2005; Martinez et al 2006, Laut Cina, Philipina dan Samudera Pasifik bagian barat Chiang et al 2006 dan diperairan Samudera Hindia Chiang et al 2008
pada spesies ikan tuna mata besar T.obesus.
Pohon filogeni yang dibangun didukung oleh nilai bootstraps yang tinggi pada setiap cabang pada kelompok populasi. Hal ini menunjukan bahwa
konstruksi pohon kekerabatan yang dibangun memiliki tingkat keakuratan yang tinggi. Sehingga dapat menjelaskan bahwa meskipun setiap kelompok populasi
terpisah antara satu dengan yang lain tetapi kedua populasi ini berasal dari satu nenek moyang asal. Rekonstruksi pohon filogenetik, didukung hasil analisis nilai
jarak genetik antara kedua populasi Tabel 6. Kekerabatan antar kedua populasi ikan tuna sirip kuning di Perairan Maluku Utara dan Ambon selain dipegaruhi
oleh kemampuan migrasi, kemungkinan juga diakibatkan kondisi oleh kondisi oseanografi khususnya arus. Oseanografi merupakan salah satu faktor yang
membantu dalam proses penyebaran, distribusi populasi dan pertukaran gen antar populasi ikan. Rizal et al 2009 melakukan penelitian oseanografie dan
menjelaskan bahwa simulasi sirkulasi arus dasar laut di perairan Indonesia timur bergerak dari Laut Banda bergerak ke barat dan arus dari Samudera Pasifik
menuju Selat Makassar.
Arus yang terbentuk akibat tiupan angin secara global membantu dalam membawa organism kecil yang belum memiliki kemampuan berenang.
Sebagaimana yang dijelaskan Laevastu dan Hayes 1981 bahwa arus dapat memberikan pengaruh yang besar terhadap keberadaan ikan diperairan karena
dapat mempengaruhi rute migrasi, tingkah laku, distribusi makan, penyebaran, kelimpahan, penyebaran telur dan larva ikan dari tempat pemijahan ke tempat
asuhan. Larva ikan tuna beruaya masuk mengikuti anakan ikan tuna lainnya, sebagaimana Chow et al 2003 menjelasakan bahwa larva dan juvenile besar dari
spesies ikan tuna alalunga T.albacore, tuna mata besar T.obesus, cakalang skipjack dan tuna sirip kuning Thunnus albacares tersebar luas disemua
perairan sementara spesies tuna sirip biru Pasifik Utara T.orientalis dan spesies Thunnini lainnya yang cenderung lebih dekat dengan pulau atau daerah pesisir.
Gambar 8. Pohon filogenetik ikan tuna sirip kuning Thunnus albacares menggunakan metode neighbor-joining dengan Kimura 2-parameter dari dua
populasi di perairan Maluku, Indonesia Maluku Utara = Malut, dan Ambon = Ambon.
Ukuran kecil ikan tuna saat larva memberikan peluang akan terbawa arus saat berada di perairan terbuka dengan kekuatan arus yang besar, hal ini tidak
lepas dari kemampuan renang larva yang belum optimal. Sebagaimana yang dikatakan. Weersing dan Toonen 2009 mengatakan bahwa konektivitas populasi
memainkan peran signifikan pada evolusi dan ekologi skala waktu, namun untuk mengukur besaran dan pola pertukaran antara populasi organisme laut terhalang
oleh kesulitan melacak lintasannya dan penyebaran benih. Aguilar dan Lastra 2009 menyebutkan bahwa setelah bertelur tipikal larva ikan tuna sirip biru
berukuran 3-4 mm dan dapat ditemukan pada permukaan Laut Mediterranean. Stequert dan Conand 2004 mengatakan bahwa pertumbuhan ikan tuna dalam
M a
lu t
1 1
M al
ut 32
96
M al
ut 18
M al
ut 19
98 25
M al
ut 26
M al
ut 23
M al
ut 24
78 33
14
M al
ut 1
Mal ut
27
100 3
ambo n 2
Malut 10 Malut 33
95 31
1
Malut 17 Mal
ut 13 M
alut 28
87 86
1
am bo
n 8
M al
ut 21
M al
ut 22
90 26
M al
ut 25
am bo
n 5
am bo
n 1
M al
ut 14
40 36
6
M al
ut 7
M al
ut 31
97
am bo
n 7
43
M al
ut 2
M al
ut 15
47 43
am bo
n 6
M al
ut 5
38 53
am bo
n 4 Mal
ut 6 Malut 20
38
ambon 3 Malut 4
93
Mal ut 30
61
Mal ut 12
35
M al
ut 8
M al
ut 9
99
M al
ut 16
M al
ut 3
M al
ut 29
95 24
1 3
1 0.002
satu tahun mencapai panjang 54 cm dan dalam kurun waktu enam tahun bisa mencapai 147 cm dan Chow et al 2003 menemukan ukuran tuna mata besar
pada saat larva sekitar 3 sampai 12 mm sedangkan Matsumoto l96l dalam FAO 1963 memperlihatkan ukuran larva tuna sebesar 6 cm serta Miyabe 1995
menyebutkan bahwa total panjang FL larva tuna mata besar adalah 2,5 mm dan akan menjadi 3 mm setelah dua puluh empat jam menetas dan Yuen 1955 dalam
FAO 1963 menjelaskan telur ikan tuna mata besar ditemukan di perairan Samudera Pasifik dan tercampur dengan telur ikan tuna lainya.
Ikan tuna merupakan pelagis besar yang memiliki kemampuan dalam menyebar secara luas hal ini dibuktikan dengan hampir semua hasil tangkapan
ikan pelagis di wilayah Indonesia adalah ikan tuna, berbagai kondisi unsur perairan Indonesia seperti salinitas dan suhu optimum yang mendukung
kehidupan ikan tuna juga merupakan salah satu faktor ikan tuna memilih wilayah perairan Indonesia sebagai wilayah migrasi.
Tabel 9. Subtitusi nukleotida pada spesies ikan tuna sirip kuning
Ambon1 T A A G A C C T A C C A T A A T A A C T A A A T C G T C T A A G C C A T A C C A A G T A T C C T C A T T C C T A A A A T C G G G T A A A T T T A A G Ambon2 - - - - -
- - - - -
- - - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Ambon3 - - - - -
- - - - - C - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Ambon4 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Ambon5 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - - C - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - - - A A - C - - - -
- - - - Ambon6 - - - - -
- - - T - - - -
- - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A A - C - - - - - - - -
Ambon7 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A A - - - - -
- - - - Ambon8 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut1
- - - - - - - -
- - - - G - - - - - - - - -
- - - - - T - - - - - - - - - -
- - C - - - - - - - - - G - - A A - C - - - -
- - - - Malut2
- - - - - T - - - - - C - - C - - - - - - - - -
- - - - - - - C - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A A - - - - -
- - - - Malut3
- - - - - - - -
- - - -
- - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - C - - - - - - - - - G - - A A -
- - - - T - - - - Malut4
- - - - - - - -
- - C - - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut5
- - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - -
- - A - - - - -
- - - - Malut6
- - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - - C - - - - - - - -
- - C - - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut7 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A A - C - - - - - - - -
Malut8 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - C - - - C - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut9 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - C - - - C - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut10 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - G - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut11 - - - - -
- - - - -
- - - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut12 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A A - - - - -
- - - - Malut13 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut14 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - -
- - - - - - - -
Malut15 - - - - - - - -
- - - - C G - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A A -
- - - - - - - -
Malut16 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - - C - - - - - - G - - A A - C - - - - C - - - -
Malut17 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut18 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A A - - - - -
- - - - Malut19 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - C - - - - - - - - - G - - A A -
- - - - - - - -
Malut20 - - - - - - - -
- - - -
- - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - C - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut21 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut22 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut23 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut24 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut25 - - - - - - - -
- - - - C - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut26 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - C - - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -
Malut27 - - - - - - - -
- - - - G - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A A - - - - -
- - - - Malut28 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut29 - - - - -
- - - - -
- - - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - - C - - -
- - - - - - G - - A A - - - - - C - - - -
Malut30 - - - - - - - -
- - C - - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut31 - - - - -
- - - - -
- - C - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A A - C - - - - - - - -
Malut32 - - - - - - - -
- - - -
- - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - -
- - - - - - G - - A - - - - -
- - - - Malut33 - - - - -
- - - - -
- - - - - - - - - - -
- - - - - - -
- - - - - - - - - -
- - - - - - - - - G - - A -
- - - - - - - -