39
III. KEANEKARAGAMAN GENETIK BEGOMOVIRUS YANG MENGINFEKSI TANAMAN TOMAT
1
ABSTRAK NOOR AIDAWATI. Keanekaragaman Begomovirus yang Menginfeksi
Tanaman Tomat. Dibimbing oleh SRI HENDRASTUTI HIDAYAT,
RUSMILAH SUSENO, PURNAMA HIDAYAT, dan SRIANI SUJIPRIHATI Begomovirus merupakan salah satu kelompok geminivirus yang banyak
menimbulkan kerusakan pada berbagai tanaman yang dibudidayakan, termasuk tomat. Di beberapa tempat, serangan begomovirus yang ditularkan oleh serangga
vektor Bemisia tabaci ini mengakibatkan hancurnya industri tomat. Dalam usaha untuk mencega h terjadinya epidemi begomovirus , maka diperlukan suatu metode
deteksi dan identifikasi yang cepat, akurat dan memiliki kepekaan yang tinggi untuk mendeteksi penyebaran begomovirus tersebut.
Penelitian dilakukan untuk menganalisis keanekaragaman genetik berbagai isolat begomovirus yang menginfeksi tanaman tomat menggunakan teknik PCR-
RFLP . Sampel tanaman tomat yang diduga terinfeksi begomovirus berasal dari D.I. Yogyakarta, Jawa Tengah dan Jawa Barat. Deteksi dan identifikasi dilakukan
dengan teknik PCR menggunakan primer universal begomovirus yaitu PAL 1v 1978 dan PAR 1c 715 dan selanjutnya fragmen DNA dipotong dengan enzim
restriksi BamHI, Eco RI, HindIII dan PstI. Analisis pengelompokan isolat dilakukan dengan menggunakan metode Unweight Pair Group Method Average
UPGMA.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik PCR dengan menggunakan sepasang primer universal begomovirus , PAL 1v 1978 dan PAR 1c 715, berhasil
mengamplifikasi DNA begomovirus yang berasal dari Jawa Barat Bogor, Jawa Tengah Magelang dan Boyolali dan D.I. Yogyakarta Kaliurang, Kulonprogo.
Fragmen DNA yang teramplifikasi berukuran ≈
1600 bp dan selanjutnya dipotong dengan menggunakan enzim restriksi BamHI, Eco RI, HindIII dan PstI. Pola pita
DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi tersebut menunjukkan adanya perbedaan strain begomovirus. Strain begomovirus Magelang sama dengan
Kaliurang. Kedua strain tersebut berbeda dengan strain begomovirus Boyolali, Kulonprogo dan Barusireum, sedangkan masing-masin g ketiga strain tersebut
berbeda. Berdasarkan dendogram hasil analisis pemotongan fragmen DNA menggunakan program NTSYS PC 2.02 diketahui bahwa strain begomovirus
yang menginfeksi tanaman tomat di daerah Jawa terbagi menjadi dua kelompok. Kelompok pertama terdiri dari 4 strain yang berbeda dan kelompok kedua terdiri
dari 2 strain yang berbeda.
1
Bagian dar i disertasi ini telah dipublikasikan di Jurnal Mikrobiologi Indonesia, Vol. 10, No. 1, Februari 2005, dengan judul Identifikasi Geminivirus yang Menginfeksi Tomat Berdasarkan pada
Teknik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism.
40
III. GENETIC DIVERSITY OF BEGOMOVIRUS INFECTING TOMATO
Kategori