D. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan yang digunakan dalam penelitian
a. Protokol penelitian.
b. Protokol post docking analysis.
c. Struktur tiga dimensi genistein didapat dari zinc.docking.org, kode:
ZINC188253300. d.
Perangkat lunak penambatan PLANTS1.2 Korb et al., 2006 untuk melakukan simulasi penambatan molekuler sehingga didapat skor
ChemPLP, SPORES Brink dan Exner, 2010 untuk memastikan format .mol2 dapat digunakan oleh perangkat lunak PLANTS1.2,
PyPLIF Radifar et al., 2013 untuk mengidentifikasi protein-ligan interaction fingerprint, PyMol 1.2r1 Lill dan Danielson, 2011 untuk
menghasilkan gambar molekuler, serta R versi 3.0.2 R Development Core Team, 2013 untuk analisis statistik.
2. Alat atau Instrumen Penelitian
Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan nomor alamat IP 103.247.10.66 pharcomp.usd, laptop HP 430 dengan spesifikasi: prosesor
Intel Core i3-2330 2,2 Ghz, RAM 2GB 1067 MHz DDR3, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.
E. Tata Cara Penelitian
1. Preparasi genistein
Struktur genistein
dalam format
.mol2 diunduh
dari ZINC
zinc.docking.org dengan kode ZINC188253300. Struktur .mol2 dipreparasi PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
menggunakan aplikasi SPORES agar dapat ditambatkan pada penambatan molekuler menggunakan PLANTS1.2.
2. Penambatan genistein
Luaran dari SPORES ditambatkan menggunakan PLANTS1.2 dengan konfigurasi mengacu pada Setiawati et al. 2014 dan dianalisis IFP menggunakan
PyPLIF. Setiap kali penambatan 1 run dilakukan tiga kali iterasi penambatan molekuler, masing-masing menghasilkan 50 pose. Diperoleh 3 x 50 pose lalu
diambil satu pose yang terbaik dengan ChemPLP. Dilakukan 1000 kali run hingga didapat 1000 pose terbaik beserta data PLIF bitstring.
F. Tata Cara Analisis Hasil
Analisis hasil dilakukan dengan menguji 1000 pose hasil penambatan menggunakan aplikasi statistik R versi 3.0.2 dengan protokol post docking
analysis yang dikembangkan Istyastono 2015. Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIF bitstring yang dimasukkan pada decision tree melalui metode
RPART dengan aplikasi statistik R versi 3.0.2 R Development Core Team, 2015. Data hasil analisis dari decision tree akan memperlihatkan senyawa genistein aktif
sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka 1 atau tidak aktif dalam ligan yang ditunjukkan dengan angka 0.
Pose dari senyawa genistein dilihat interaksinya dengan REα menggunakan PyMol. Visualisasi pose dengan PyMol1.2r1 dilakukan dengan
memilih pose dengan kriteria: PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
1. Pose dengan bitstring 320 aktif dan skor ChemPLP terkecil.
2. Pose dengan skor ChemPLP terkecil.
3. Jika skor ChemPLP poin 2 lebih rendah dari poin 1, maka kedua pose
divisualisasikan. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Penelitian mengenai uji in silico genistein terhadap REα bertujuan untuk
mengetahui kemampuan senyawa genistein sebagai ligan pada REα melalui protokol penambatan virtual yang dikembangkan dan divalidasi oleh Setiawati et
al. 2014 dan protokol post docking analysis oleh Istyastono 2015. Tujuan lainnya adalah untuk mengetahui dan menguji kemampuan protokol penambatan
virtual in silico yang telah dikembangkan oleh Setiawati et al 2014 dan protokol post docking analysis oleh Istyastono 2015 dalam mengenali genistein sebagai
ligan pada REα, serta untuk mengetahui tingkat molekuler pose genistein dalam
kantung ikatan REα. Hasil luaran dari PyPLIF menunjukkan pose aktif pada bitstring 320
GLY 420, 242 ARG394, 117 GLU 353, 411 GLY 521, 473 CYS 530, 105 ASP 351, 201 LEU 387, 470 CYS 530, 170 TRP 383, dan 323 MET 421.
Pose inaktif ditunjukkan oleh bitstring 171 TRP 383. Tabel II. Data bitstring pose yang divisualisasikan
Nomor Bitstring AktifInaktif
320 Aktif
242 Aktif
117 Aktif
411 Aktif
473 Aktif
105 Aktif
201 Aktif
470 Aktif
170 Aktif
171 Tidak Aktif
323 Aktif
19 PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
Untuk visualisasi pose senyawa genistein, digunakan pose replikasi ke- 950 yang memiliki skor ChemPLP
–84,9031 yang merupakan skor ChemPLP terendah. Hasil visualisasi menunjukkan adanya interaksi antara senyawa
genistein dengan tiga residu yang berperan penting dalam interaksi ligan-protein, yaitu ARG 394 dengan bitstring ke-242 mempunyai jarak 1.8 A dan GLU 353
dengan bitstring ke-117 mempunyai jarak 1.8 A serta GLY 420 dengan bitstring ke-320 mempunyai jarak 2.1 A. Ikatan yang terbentuk dengan ARG 394 adalah
ikatan hidrogen dengan protein sebagai donor, dan ikatan dengan GLU 353 dan GLY 420 adalah ikatan hidrogen dengan protein sebagai akseptor. Senyawa
genistein yang divisualisasikan Gambar 5 terlihat memiliki ikatan dengan residu HIS 520 yang berjarak 2.6 A. Jarak antar ligan dan reseptor untuk dikatakan
punya ikatan yang kuat adalah 4.5 A Clark, 2006. Pada jarak HIS 520 dan ligan dalam hal ini genistein dapat dikatakan sudah cukup memiliki ikatan yang kuat.
Ikatan yang terjadi antar HIS 520 dengan genistein adalah ikatan hidrogen. Pada reseptor estrogen alfa terdapat beberapa residu penting berdasarkan
PLIF bitstring pada decision tree, dan apabila mengacu pada post docking analysis oleh Istyastono 2015, PLIF bitstring dijadikan parameter dalam analisis
RPART karena meningkatkan kualitas dari penapisan virtual berbasis struktur. Hal ini dapat terjadi karena hasil dari analisis RPART adalah decision tree seperti
terlihat pada Gambar 4 dan dengan decision tree terdapat perbedaan signifikan yang lebih baik untuk nilai akurasinya dibandingkan dengan protokol yang diacu
Istyastono 2015, yaitu 0,989. Residu-residu yang sesuai dengan PLIF bitstring PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
membantu agar ligan yang dianalisis menggunakan metode RPART menghasilkan data yang lebih akurat untuk identifikasi terhadap potensi ligan terhadap REα.
Selain hasil dari visualisasi yang telah disebutkan diatas, cincin fenolik pada genistein diasumsikan membantu menguatkan posisi genistein dalam
kantung ika tan REα. Hal ini diperkuat karena adanya residu Triptofan TRP
dalam daftar residu penting yang sesuai dengan PLIF bitstring pada decision tree, yang mempunyai jenis interaksi aromatis yang kemungkinan besar akan
berinteraksi dengan cincin fenolik yang ada pada senyawa genistein.
Gambar 5. Pose visualisasi genistein pada kantung ikatan REα Interaksi polar ditunjukkan dengan garis putus-putus berwarna hitam
Berdasarkan decision tree genistein merupakan ligan dikarenakan memenuhi syarat yang ada pada decision tree, yaitu nilai pada bitstring 320
adalah 1 satu yang bisa diartikan on dan skor ChemPLP yang lebih kecil dari - PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
Kategori