membantu agar ligan yang dianalisis menggunakan metode RPART menghasilkan data yang lebih akurat untuk identifikasi terhadap potensi ligan terhadap REα.
Selain hasil dari visualisasi yang telah disebutkan diatas, cincin fenolik pada genistein diasumsikan membantu menguatkan posisi genistein dalam
kantung ika tan REα. Hal ini diperkuat karena adanya residu Triptofan TRP
dalam daftar residu penting yang sesuai dengan PLIF bitstring pada decision tree, yang mempunyai jenis interaksi aromatis yang kemungkinan besar akan
berinteraksi dengan cincin fenolik yang ada pada senyawa genistein.
Gambar 5. Pose visualisasi genistein pada kantung ikatan REα Interaksi polar ditunjukkan dengan garis putus-putus berwarna hitam
Berdasarkan decision tree genistein merupakan ligan dikarenakan memenuhi syarat yang ada pada decision tree, yaitu nilai pada bitstring 320
adalah 1 satu yang bisa diartikan on dan skor ChemPLP yang lebih kecil dari - PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
84,82, yaitu -84,9031. Hal ini sesuai dengan hipotesis yang mengatakan senyawa genistein secara in silico
dapat bertindak sebagai ligan bagi REα dengan protokol yang digunakan. Alur dari decision tree yang diperoleh berdasarkan data genistein
terlihat pada Gambar 6.
Gambar 6. Alur decision tree yang diperoleh berdasarkan data genistein Panah merah menunjukkan alur pembuatan keputusan apakah senyawa
merupakan ligan atau decoy. Pose yang digunakan adalah pose yang divisualisasikan. Apabila jawaban dari pertanyan di decision tree
“ya” mengikuti garis skema ke kiri, dan sebaliknya
No No
Tabel dibawah ini akan memperlihatkan skor pada PLIF bitstring penting serta presentase skor yang memiliki nilai 1on ataupun 0 off. Terlihat pada tabel
bahwa PLIF bitstring penting yang memiliki 100 nilai 1 ada 4, yaitu 320, 242, 117, dan 323, sedangkan yang memiliki nilai 0 100 ada 7, yaitu 411, 473, 105,
201, 470, 170 dan 171. Tabel III. Skor pada PLIF bitstring penting
320 242
117 411
473 105
201 470
170 171
323 1 100 100 100
0 100 0 100 100 100 100 100 100 100
Senyawa dapat dikatakan sebagai ligan aktif apabila memiliki afinitas IC
50
, EC
50
, Ki, Kd, dan variasi lognya pada konsentrasi di bawah 1 µM. Senyawa dianggap decoy apabila memiliki afinitas 30µM ke atas. Selain itu
terdapat senyawa marginal, yang memiliki afinitas antara 1-30µM Mysinger, et al., 2012. Senyawa genistein memiliki nilai IC
50
1,3 µM dan nilai Ki 0,37µM. Berdasarkan nilai IC
50
, genistein termasuk senyawa marginal, sedangkan berdasarkan nilai Ki, genistein termasuk ligan aktif.
Menurut protokol yang sudah dilakukan, genistein termasuk ligan. Hal ini menunjukkan protokol dapat mendeteksi genistein sebagai ligan pada kantung
ikatan REα.
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
Genistein merupakan ligan Reseptor Estrogen alfa REα menurut protokol Setiawati et al. 2014 dan post docking analysis oleh Istyastono
2015.
B. Saran
Genistein dapat dikembangkan dan diformulasikan menjadi obat baru untuk menghambat pertumbuhan kanker payudara terutama pada
REα.
24 PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
DAFTAR PUSTAKA
Barlow, J, Johnson, J.A., Scofield, L., 2007, Fact Sheet on the Phytoestrogen Genistein,BCERC COTC Fact Sheet, Maryland, pp. 47-48.
Berry, N. B., 2008, Regulation of Estrogen Receptor-alpha Ubiquitination and Proteasomemediated Receptor Degradation, ProQuest, Champaign, pp.3-
5. Brink, Tim ten, Exner, Thomas E., 2009, Influence of Protonation, Tautomeric,
and Tereoisomeric States on Protein-Ligand Docking Results, J. Chem. Inf. Model,49, 1535-1546.
Brunce, C. A., Elisabeth, C., 2008. Development and Spread of Cancer, Merck Manual, United States.
Clark, A. M., 2006, Ligand Interaction Diagrams, Chemical Computing Group Inc., Canada.
Dixon, R., A., Ferreira, D., 2002, Phytochemistry, Elsevier, 60, 205. Hardjono S., 2013, Sintesis dan Uji Aktivitas Antikanker Senyawa 1-2-
Klorobenzoiloksiurea da 1-4-klorobenzoiloksiurea, Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, 2 1, 1.
Hsiesh, C., Santell, R.C., Haslam, S.Z., Helferich, W.G., 1998. Esterogic Effects of Genisteinon the Growth of Estrogen Receptor-positive Human Breast
Cancer MCF-7 Cells inVitro and in Vivo, Cacer Research, 581, 1. Istyastono, E. P., 2015, Employing Recursive Partition and Regression Tree
Method to Increase The Quality of Structure-Based Virtual Screening in The Estrogen Receptor Alpha Ligands Identification, Asian Journal of
Pharmaceutical and Clinical Research, 8, 208.
Jensen F., 2007, Introduction to Computational Chemistry, 2
nd
Ed, Odense, Denmark : 415-416.
Korb, O., Stützle, T., Exner, T. E., 2007, An Ant Colony Optimization Approach to Flexible Protein-Ligand Docking, Swarm Intell, 1, 115-134.
Lil, Markus A, Danielson, Matthew L., 2011, Computer-Aided Drug Design Platform Using PyMOL, J Comput Aided Mol Des, 25, 13-19.
Matsuda, H., Shimoda, H., Morikawa, T., and Yoshikawa M., 2001, Phytoestrogens from the Roots of Polygonum cuspidatum Polygonaceae:
Structure-Requirement of Hydroxyantraquinones for Estrogenic Activity, Bioorgan Medicinal Chemistry Letters 11, 1842.
Marcou, G., Rognan, D., 2006, Optimizing Fragment and Scaffold Docking by
Use of Molecular Interaction Fingerprints, Journal Chemistry, p.195. Mustarichie, R., Levitas, J., Arpina, J., 2014, In silico study of curcumol,
curcumenol, isocurcumenol, and β-sitosterol as potential inhibitors of estrogen receptor alpha of breast cancer, Med J Indones 23 1, 16.
Mysinger, Michael M., Carchia, Michael, Irwin, John J., Shoichet, Brian K., 2012, Directory of Useful Decoys, Enhanced DUD-E: Better Ligands and
Decoys for Better Benchmarking, J. Med. Chen., 55, 6582-6594. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
Pawiroharsono, S., 2001, Prospek dan Manfaat Isoflavin untuk Kesehatan. http:www.tempo.co.idmedikaarsip042001pus-2.htm
, 16 Januari 2016.
Posch, H. A., Hoover, W. G., 2006, Lyapunov Instability of Classical Many-Body Systems, Journal of Physics: Conference Series, 31, 9-17.
Pusat Data dan Informasi Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, 2013, Info Datin : Stop Kanker. Kementerian Kesehatan RI, Jakarta. hal. 4.
Putra, I. G. N. S., Nurcahya, B.M., Rachmattika, B., Wynanda, Sudarmanto, B. S. A., Meiyanto, E., 2008, Kurkumin dan Analognya sebagai Selective
Estrogen Receptor Modulators SERMS: Kajian Berdasarkan Metode Docking pada Reseptor Estrogen Alfa, Pharmacon, 9 1, 7-9.
Radifar, Muhammad, Yuniarti, Nunung, Enade, Istyastono, 2013, PyPLIF: Python-based Protein-Ligand Interaction Fingerprinting, Bioinformation,
96, 325-328. Ramirez, M. C., 2007, Regulation of Estrogen Receptor Alpha Expression in
Breast CancerCells by Sulforaphane, ProQuest, Champaign, pp. 1-2. R Development Core Team, R: A Language and Environment for Statistical
Computing, R Foundation for Statistival Computing, Vienna, Austria, http:www.R-project.org
, 2015. Santi, D. A., 2015, Mencegah dan Mengobati Kanker Payudara, Deuyis,
Yogyakarta, hal.3,4. Setiawati, A., Riswanto, F. D. O., Yuliani, S. H., Istyastono, E. P., 2014,
Retrospective Validation of a Structure-Based Virtual Screening Protocol to Identify Ligands forEstrogen Receptor Alpha and Its Application to
Identify the Alpha-Mangostin BindingPose, Indo. J. Chem, 14 2, 104- 106.
Siswono. 2003,
Kanker Payudara
Bisa Dideteksi
Sendiri, http:www.gizi.netcgi-binberitafullnew.cgi?newsid1010552074,29807,
diaksestanggal 09 Mei 2015. Sperandio, O., Villoutreix, B.O., Miteva, M.A., 2011, In Silico Lead Discovery,
BenthamScience Publishers Ltd., France, pp. 20-21. Wadood, A., Ahmed, N., Shah, L., Ahmad, A., Hassan, H., Shams, S., 2013, In
Silico drug design: An approach whish revolutionarised the drug discovery process, OA Drug Design Delivery, 11, 2.
Whitten, Patricia, L., dan Pattisaul, H. B., 2001, Cross-species dan interassay Comparison of Phytoestrogen Action : Enviromental Helath Prespectives
Supplements Volume 109, Department Anthropology and Center for Behavioural Neuroscience Emory University, Georgia, USA.
WCRF, 2015, Breast Cancer Statistics, WCRF International, London. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
