Uji In Silico PENELAAHAN PUSTAKA
yang berfungsi untuk membantu mengevaluasi kecocokan antara reseptor dan ligan. Protokol post docking analysis yang digunakan adalah protokol yang
dikembangkan oleh Istyastono 2015 dengan metode Recursive Partition and Regression Tree RPART. Analisis statistik digunakan aplikasi R 3.0.2 R
Development Core Team, 2015. Skor ChemPLP yang merupakan hasil pada PLANTS1.2 memberi skor menurut faktor ikatan dan interaksi akseptor metal
antara ligan dengan protein Korb, Stutzle dan Exner, 2007. PyPLIF merupakan program Interaction Fingerprinting IFP yang
bergantung pada Open Babel. Pada protokol ini PyPLIF berfungsi sebagai IFP dengan cara merubah interaksi molekul antara ligan dan protein menjadi data bit
bitstring menurut pilihan residu dan jenis interaksi Radifar, Yuniarti dan Istyastono, 2013. Open Babel merupakan sebuah perpustakaan kimia untuk
memberikan alat IFP gratis yang dapat digunakan dan dimodifikasi sesuai kebutuhan. Hasil yang didapat berupa bitstring dan digunakan untuk post docking
analysis dengan protokol Istyastono 2015. Metode RPART pada protokol post docking analysis Istyastono 2015
menggunakan skor ChemPLP dan PLIF bitstring hasil dari penambatan yang dilakukan untuk membuat sebuah decision tree, sehingga membantu
mengidentifikasi aktifitas dalam ikatan protein dengan ligan. Decision tree ini berfungsi untuk menentukan keaktifan suatu senyawa sebagai ligan pada REα,
sehingga dapat diperoleh hasil berupa decoy atau ligan senyawa yang diujikan. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
Gambar 4. Decision tree yang dikembangkan oleh Istyastono 2015 Berikut ini disertakan tabel yang menjelaskan PLIF bitstring yang penting
menurut decision tree di atas. Tabel I. PLIF bitstring penting dalam decision tree Istyastono, 2015
Bitstring Nomor Residu
Jenis interaksi 320
GLY 420 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
242 ARG 394
Ikatan hidrogen protein sebagai donor 117
GLU 353 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
411 GLY 521
Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor 473
CYS 530 Ikatan hidrogen protein sebagai donor
105 ASP 351
Interaksi elektrostatik protein sebagai anion 201
LEU 387 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
470 CYS 530
Interaksi non-polar 170
TRP 383 Aromatik face-to-face
171 TRP 383
Aromatik edge-to-edge 323
MET 421 Interaksi non polar