Gambar 4. Decision tree yang dikembangkan oleh Istyastono 2015 Berikut ini disertakan tabel yang menjelaskan PLIF bitstring yang penting
menurut decision tree di atas. Tabel I. PLIF bitstring penting dalam decision tree Istyastono, 2015
Bitstring Nomor Residu
Jenis interaksi 320
GLY 420 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
242 ARG 394
Ikatan hidrogen protein sebagai donor 117
GLU 353 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
411 GLY 521
Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor 473
CYS 530 Ikatan hidrogen protein sebagai donor
105 ASP 351
Interaksi elektrostatik protein sebagai anion 201
LEU 387 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
470 CYS 530
Interaksi non-polar 170
TRP 383 Aromatik face-to-face
171 TRP 383
Aromatik edge-to-edge 323
MET 421 Interaksi non polar
F. Landasan Teori
Kanker payudara dapat terjadi akibat adanya perkembangan sel-sel secara abnormal pada payudara. Hal ini dapat disebabkan adanya mutasi gen, sehingga
berdampak pada perubahan bentuk dan ukuran. Estrogen berperan penting dalam perkembangan sistem reproduksi, salah satunya adalah payudara. Estrogen
dikaitkan juga dengan induksi dan pertumbuhan kanker payudara. REα adalah salah satu dari reseptor yang terdapat pada payudara dan dapat berikatan dengan
estrogen, sehingga estrogen dapat berdifusi kedalam jaringan payudara. Genistein yang merupakan senyawa golongan isoflavon telah terbukti
secara in vitro dan in vivo berfungsi sebagai antikanker. Struktur genistein juga menunjukkan adanya cincin fenolik yang merupakan syarat untuk berikatan
dengan REα. Penetuan pose yang berupa skor ChemPLP dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dan dengan protokol yang dibuat oleh
Setiawati et al 2014 dilakukan penambatan molekuler dan dipilih dari skor terbaik terendah serta PLIF bitstring yang akan digunakan dalam penentuan
decoy atau ligan dari senyawa uji genistein menggunakan decision tree pada post docking analysis yang dikembangkan oleh Istyastono 2015.
G. Hipotesis
Genistein bertindak sebagai ligan pada REα secara in silico menurut protokol penambatan yang dikembangkan oleh Setiawati et al 2014 dan post
docking analysis yang dikembangkan oleh Istyastono 2015. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
BAB III METODE PENELITIAN
A. Jenis dan Rancangan Penelitian
Penelitian dengan judul “Uji In Silico Senyawa Genistein sebagai Ligan pada Reseptor Estrogen Alfa” termasuk penelitian eksperimental berbantukan
komputer.
B. Variabel Penelitian
1. Variabel Penelitian
a. Variabel utama
1 Variabel bebas
: Pose senyawa genistein dalam kantung ikatan REα
2 Variabel tergantung
: Skor ChemPLP dan PLIF bitstring b.
Variabel pengacau 1
Variabel pengacau terkendali : spesifikasi perangkat keras dan
versi perangkat lunak yang digunakan peneliti.
2 Variabel pengacau tidak terkendali : ketidakstabilan yang disebabkan
oleh bentuk cembung permukaan partikel Lyapunov instability
Posch, Hoover, 2006.
14 PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
C. Definisi Operasional
1. Ligan
: Ligan aktif.
2. PLIF bitstring
: luaran dari post docking analysis menggunakan PyPLIF.
3. Pose genistein
: Pose senyawa di dalam kantung ikatan REα yang dipilih secara obyektif
kuantitatif berdasarkan nilai ChemPLP dan PLIF bitsring.
4. Protokol penelitian
: Protokol penambatan virtual yang dikembangkan dan divalidasi oleh
Setiawati et al. 2014.
5. Protokol post docking analysis
: Protokol analisis yang mengacu pada protokol post docking oleh Istyastono
2015.
6. PVBS
: Penapisan Virtual Berbasis Struktur
7. Senyawa Marginal
: Senyawa yang berada pada perbatasan sebagai ligan aktif atau tidak aktif.
8. Senyawa yang diuji
: Senyawa genistein dalam bentuk berkas digital.
9. Skor ChemPLP
: Skor yang dihasilkan oleh perangkat lunak PLANTS1.2 Korb et al., 2006
yang menunjukkan ikatan antara senyawa yang diuji dan
REα. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
