1. Home
  2. Lainnya

Landasan Teori Hipotesis PENELAAHAN PUSTAKA

C. Definisi Operasional

1. Ligan

: Ligan aktif.

2. PLIF bitstring

: luaran dari post docking analysis menggunakan PyPLIF.

3. Pose genistein

: Pose senyawa di dalam kantung ikatan REα yang dipilih secara obyektif kuantitatif berdasarkan nilai ChemPLP dan PLIF bitsring.

4. Protokol penelitian

: Protokol penambatan virtual yang dikembangkan dan divalidasi oleh Setiawati et al. 2014.

5. Protokol post docking analysis

: Protokol analisis yang mengacu pada protokol post docking oleh Istyastono 2015.

6. PVBS

: Penapisan Virtual Berbasis Struktur

7. Senyawa Marginal

: Senyawa yang berada pada perbatasan sebagai ligan aktif atau tidak aktif.

8. Senyawa yang diuji

: Senyawa genistein dalam bentuk berkas digital.

9. Skor ChemPLP

: Skor yang dihasilkan oleh perangkat lunak PLANTS1.2 Korb et al., 2006 yang menunjukkan ikatan antara senyawa yang diuji dan REα. PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI

D. Bahan dan Alat Penelitian

1. Bahan yang digunakan dalam penelitian

a. Protokol penelitian. b. Protokol post docking analysis. c. Struktur tiga dimensi genistein didapat dari zinc.docking.org, kode: ZINC188253300. d. Perangkat lunak penambatan PLANTS1.2 Korb et al., 2006 untuk melakukan simulasi penambatan molekuler sehingga didapat skor ChemPLP, SPORES Brink dan Exner, 2010 untuk memastikan format .mol2 dapat digunakan oleh perangkat lunak PLANTS1.2, PyPLIF Radifar et al., 2013 untuk mengidentifikasi protein-ligan interaction fingerprint, PyMol 1.2r1 Lill dan Danielson, 2011 untuk menghasilkan gambar molekuler, serta R versi 3.0.2 R Development Core Team, 2013 untuk analisis statistik.

2. Alat atau Instrumen Penelitian

Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan nomor alamat IP 103.247.10.66 pharcomp.usd, laptop HP 430 dengan spesifikasi: prosesor Intel Core i3-2330 2,2 Ghz, RAM 2GB 1067 MHz DDR3, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.

E. Tata Cara Penelitian

1. Preparasi genistein

Struktur genistein dalam format .mol2 diunduh dari ZINC zinc.docking.org dengan kode ZINC188253300. Struktur .mol2 dipreparasi PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI

Dokumen yang terkait

Uji in silico senyawa primaquine sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa.

0 2 55

Uji in silico senyawa quinocide sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa.

0 2 43

Uji in silico senyawa 2,6-dihidroksiantraquinon sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa.

0 0 6

Uji In Silicobiochanin-a sebagai Ligan pada receptor Estrogen Alfa.

1 2 44

Uji in silico senyawa coumestrol sebagai ligan reseptor estrogen al.

0 2 6

Uji in silico senyawa emodin sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa.

1 4 8

Simulasi penambatan molekuler genistein pada reseptor estrogen alfa.

0 3 100

Uji in silico senyawa primaquine sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa

0 2 53

Uji in silico senyawa quinocide sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa

0 0 41

ANALISIS IN SILICO GENISTEIN DAN ANALOGNYA SEBAGAI INHIBITOR KANKER PAYUDARA RESEPTOR ESTROGEN ALFA POSITIF (ERα+)

0 0 11