D. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan yang digunakan dalam penelitian
a. Protokol penelitian.
b. Protokol post docking analysis.
c. Struktur tiga dimensi genistein didapat dari zinc.docking.org, kode:
ZINC188253300. d.
Perangkat lunak penambatan PLANTS1.2 Korb et al., 2006 untuk melakukan simulasi penambatan molekuler sehingga didapat skor
ChemPLP, SPORES Brink dan Exner, 2010 untuk memastikan format .mol2 dapat digunakan oleh perangkat lunak PLANTS1.2,
PyPLIF Radifar et al., 2013 untuk mengidentifikasi protein-ligan interaction fingerprint, PyMol 1.2r1 Lill dan Danielson, 2011 untuk
menghasilkan gambar molekuler, serta R versi 3.0.2 R Development Core Team, 2013 untuk analisis statistik.
2. Alat atau Instrumen Penelitian
Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan nomor alamat IP 103.247.10.66 pharcomp.usd, laptop HP 430 dengan spesifikasi: prosesor
Intel Core i3-2330 2,2 Ghz, RAM 2GB 1067 MHz DDR3, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.
E. Tata Cara Penelitian
1. Preparasi genistein
Struktur genistein
dalam format
.mol2 diunduh
dari ZINC
zinc.docking.org dengan kode ZINC188253300. Struktur .mol2 dipreparasi PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
menggunakan aplikasi SPORES agar dapat ditambatkan pada penambatan molekuler menggunakan PLANTS1.2.
2. Penambatan genistein
Luaran dari SPORES ditambatkan menggunakan PLANTS1.2 dengan konfigurasi mengacu pada Setiawati et al. 2014 dan dianalisis IFP menggunakan
PyPLIF. Setiap kali penambatan 1 run dilakukan tiga kali iterasi penambatan molekuler, masing-masing menghasilkan 50 pose. Diperoleh 3 x 50 pose lalu
diambil satu pose yang terbaik dengan ChemPLP. Dilakukan 1000 kali run hingga didapat 1000 pose terbaik beserta data PLIF bitstring.
F. Tata Cara Analisis Hasil
Analisis hasil dilakukan dengan menguji 1000 pose hasil penambatan menggunakan aplikasi statistik R versi 3.0.2 dengan protokol post docking
analysis yang dikembangkan Istyastono 2015. Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIF bitstring yang dimasukkan pada decision tree melalui metode
RPART dengan aplikasi statistik R versi 3.0.2 R Development Core Team, 2015. Data hasil analisis dari decision tree akan memperlihatkan senyawa genistein aktif
sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka 1 atau tidak aktif dalam ligan yang ditunjukkan dengan angka 0.
Pose dari senyawa genistein dilihat interaksinya dengan REα menggunakan PyMol. Visualisasi pose dengan PyMol1.2r1 dilakukan dengan
memilih pose dengan kriteria: PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
Kategori