14
interaksi elektrostatik protein bermuatan negatif. Menurut Radifat et al. 2013, dengan melakukan filtrasi pada pose yang berikatan hidrogen dengan Asp351,
kualitas protokol penapisan pada reseptor REα dapat ditingkatkan.
Bit arrays dari pose penambatan dibandingkan dengan standar dan
diperiksa kesamaannya menggunakan Tanimoto coefficient protein-ligand interaction fingerprinting
Tc-PLIF. Nilai Tc-PLIF berkisar antara 0,000 sampai 1,000, dengan nilai 0,000 menandakan bahwa tidak ada kemiripan, dan nilai 1,000
menandakan bahwa IFP pose penambatan antara ligan dengan standar identik. Nilai Tc-PLIF untuk ligan aktif lebih besar sama dengan 0,600 Marcou dan
Rognan, 2006.
G. Landasan Teori
Kanker payudara merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel abnormal yang membelah secara terus menerus. Umumnya
penyebab terjadinya kanker payudara adalah adanya overekspresi REα pada epitel
payudara. Salah satu senyawa alam yang telah terbukti baik secara in vitro maupun
in vivo dapat bersifat sebagai antikanker yaitu genistein yang termasuk dalam
golongan isoflavon. Genistein diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, seperti
REα. Dengan menggunakan perangkat lunak PyPLIF dan protokol yang telah divalidasi oleh Radifar et al. 2013 dilakukan
simulasi penambatan genistein pada REα dan mengidentifikasi pose ikatan antara
REα dengan genistein.
15
H. Hipotesis
1. Genistein merupakan ligan bagi REα secara in silico menurut protokol
penapisan yang dikembangkan Radifar et al. 2013. 2.
Pose genistein di dalam kantung ikatan REα dapat diidentifikasi.
16
BAB III METODE PENELITIAN
A. Jenis dan Rancangan Penelitian
Penelitian yang berjudul “Simulasi Penambatan Molekuler Genistein
pada Reseptor Estrogen Alf a” termasuk penelitian komputasi eksperimental yang
terdapat intervensi terhadap variabel yang dilakukan dengan bantuan komputer.
B. Variabel Penelitian
1. Variabel Penelitian
a. Variabel Utama
1 Variabel bebas
: Protokol penambatan. 2
Variabel tergantung : Nilai Tc-PLIF, ChemPLP dan pose genistein di dalam kantung ikatan
REα. b.
Variabel Pengacau 1
Variabel pengacau terkendali
a Spesifikasi perangkat keras komputasi dan versi perangkat lunak.
2
Variabel pengacau tak terkendali
a Sifat algoritma penambatan molekuler yang stokastik.
C. Definisi Operasional
1. Protokol penelitian: Algoritma yang digunakan oleh Anita et al. 2012 dan
telah direvalidasi oleh Radifar et al. 2013. 2.
Pose genistein : Pose genistein di dalam kantung ikatan
REα yang dipilih secara obyektif kuantitatif berdasarkan nilai Tc-PLIF
danatau ChemPLP.
17
3. Filter
: Penyaringan pose ligan yang mempunyai interaksi hidrogen dengan Asp351.
D. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan yang digunakan dalam penelitian
a. Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita et al. 2012 dan
divalidasi kembali oleh Radifar et al. 2013. b.
Struktur co-crystal dari REα didapatkan dari PDB code: 3ERT c.
Struktur tiga dimensi genistein didapatkan dari zinc.docking.org, dengan kode: ZINC188253300
d. Docking Software PLANTS 1.2 Korb et al., 2006 PyPLIF Radifar et
al ., 2013 untuk menilai kembali pose penambatan, Open Babel sebagai
pustaka fingerprinting open access, PyMOL1.2 Lill dan Danielson, 2011 untuk menampilkan data, dan R 3.0.1. R Development Core
Team, 2013 untuk analisa statistik. 2.
Alat atau Instrumen Penelitian Server Laboratorium Virtual Fakultas Farmasi Universitas Sanata
Dharma pharcomp.usd HP Proliant ML110-67 dengan spesifikasi: CPU intel Xeon
®
E31220 3.10 GHz, RAM 8GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic. Visualisasi mode ikatan dilakukan
pada komputer dengan spesifikasi: CPU intel i3-2120 3.30 GHz, RAM 4GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.
