19
Gambar 3. Protokol yang terpilih, kemudian digunakan untuk mendapatkan pose dengan nilai ChemPLP terbaik sebagai pembanding
untuk menghitung nilai RMSD dari setiap pose genistein dengan REα.
Nilai RMSD setiap pose, dikelompokkan dengan menggunakan metode k- means clustering
pada perangkat lunak R 3.0.1. Pose pada nilai RMSD median tiap kelompok dipilih sebagai pose representatif yang akan
divisualisasikan dengan perangkat lunak PyMOL1.2 untuk melihat mode ikatan genistein di dalam kantung ikatan
REα.
Gambar 3. Flowchart pengambilan keputusan penelitian
20
F. Tata Cara Analisis Hasil
Data Tc-PLIF dianalisis dengan perangkat lunak R 3.0.1 menggunakan uji Shapiro-wilk
untuk melihat distribusi data tiap kelompok. Jika didapatkan distribusi data yang tidak normal maka dilanjutkan dengan wilcoxon rank sum
test . Apabila didapatkan distribusi data yang normal maka dilakukan uji variansi
untuk mengetahui variansi antar kelompok dan dilanjutkan dengan uji T untuk mengetahui signifikansi antara data Tc-PLIF dengan nilai 0,600.
21
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Salah satu tujuan pengembangan metode in silico adalah sebagai pendekatan untuk menemukan obat baru, namun untuk melakukan pendekatan
secara in silico dibutuhkan protokol yang telah tervalidasi. Dengan tujuan untuk mengelusidasi pose ikatan genistein dengan
REα, penelitian ini menggunakan pendekatan kimia medisinal komputasi berupa penapisan virtual dengan protokol
penapisan virtual yang dikembangkan oleh Anita et al. 2012 dan divalidasi kembali oleh Radifar et al. 2013. Ligan yang akan ditambatkan pada
REα adalah genistein yang merupakan senyawa fitoestrogen yang telah diketahui aktif sebagai
antagonis REα secara in vitro maupun in vivo Gilani dan Anderson, 2002,
sehingga penelitian ini juga dapat digunakan sebagai validasi prospektif dari protokol penapisan virtual yang digunakan.
Senyawa genistein yang merupakan ligan pada penelitian ini ditambatkan pada
REα dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dengan luaran berupa pose ikatan antara genistein dengan
REα dan skor ChemPLP. Hasil penambatan molekul dilakukan identifikasi IFP dengan menggunakan perangkat
lunak PyPLIF serta dilakukan filtrasi pada pose ligan yang mempunyai ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar et al., 2013, sehingga hanya diterima pose
yang memiliki ikatan hidrogen dengan Asp351. Selanjutnya dipilih pose dengan nilai Tc-PLIF atau ChemPLP terbaik.
