Tata Cara Penelitian METODE PENELITIAN
23
Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein
Hal ini dapat disebabkan karena senyawa standar yang digunakan terlalu poten, sehingga senyawa alam seperti genistein, tidak dapat dikenali.
Genistein mempunyai afinitas 100 kali lebih lemah dari estradiol untuk berikatan dengan
REα Hopert, Beyer, Frank, Strunck, Wūnsche, dan Vollmer, 1998, sementara OHT memiliki afinitas yang 100 kali lebih besar
dari estradiol untuk berikatan dengan REα Berry, 2008, sehingga genistein
membutuhkan konsentrasi setidaknya 10.000 kali lebih besar untuk memberikan efek inhibisi yang sama dengan OHT terhadap
REα. Oleh karena itu, perlu dipertimbangkan untuk memilih senyawa standar baru yang
memiliki aktivitas dalam menghambat REα namun tidak bersifat terlalu poten,
sehingga senyawa alam yang terbukti aktif dapat dikenali oleh protokol.
24
B. Elusidasi pose ikatan
Sebelum senyawa genistein ditambatkan pada REα, dilakukan validasi
internal untuk mengetahui apakah protokol yang digunakan dapat menghasilkan kembali pose dari ligan co-crystal dengan parameter nilai
RMSD antara atom-atom besar pada pose penambatan dan pose struktur crystal
. Protokol akan diterima apabila nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å Anita et al., 2012. Protokol yang dapat menghasilkan kembali
pose dari ligan co-crystal 95 dari nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å akan digunakan untuk elusidasi pose ikatan genistein di dalam kantung
ikatan REα. Prosedur validasi internal dilakukan sesuai dengan flowchart
prosedur pengambilan keputusan penelitian Gambar 3. Berdasarkan Tabel I dan II diketahui bahwa protokol dengan parameter
Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose co-crystal, karena nilai RMSD yang lebih kecil dari 2,0 Å tidak mencapai 95. Dengan
menggunakan parameter ChemPLP, 100 nilai RMSD yang dihasilkan lebih kecil dari 2,0 Å untuk ketiga replikasi Tabel III dan IV. Oleh karena itu,
parameter ChemPLP filter digunakan untuk menentukan pose ikatan genistein pada
REα.
25
Tabel I. Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF filter
No Rep1 Rep2 Rep3
1 1,392 5,351
1,72 2
1,098 1,148 5,318 3
2,006 1,44
1,46 4
1,396 1,594 1,151 5
1,913 1,463 1,637 6
1,013 1,376 1,553 7
1,696 1,388 1,146 8
1,896 1,44
5,312 9
1,808 1,11
1,592 10
1,829 1,152 1,182 11
1,145 5,353 5,42
12 1,178 1,216 5,323
13 0,772 1,708 1,695
14 1,216 1,778 1,925
15 1,143 1,138 5,399
16 1,434 0,835 1,816
17 1,677 1,492 1,464
18 0,69
1,611 1,15
19 1,139 1,701 1,852
20 1,715 1,358 1,411
21 5,386 1,168 1,832
22 1,353 1,152 1,176
23 1,436
1,15 1,899
24 1,423 0,823 1,141
25 0,541 1,141 1,123
26 1,499 1,459 1,743
27 0,797
5,42 1,855
28 1,447 1,641 1,624
29 1,636 1,437 1,807
30 1,142 1,488 1,829
31 0,739 1,118 1,532
32 0,783 1,632 1,496
33 1,618 1,471 1,693
34 1,644 5,271 1,131
35 1,435
1,72 1,118
36 5,289
1,31 1,567
37 1,672 0,765 1,813
No Rep1 Rep2 Rep3
38 1,882 1,205 1,426
39 1,517 0,715 1,658
40 1,384 1,849 1,462
41 1,138 1,908 1,482
42 1,576 1,438 1,702
43 1,895 5,362 1,143
44 1,465 1,616 1,425
45 1,923 0,791 1,549
46 1,184 1,679 0,824
47 1,589 1,159 5,246
48 1,668 1,448 1,775
49 1,377
1,42 5,276
50 5,44
1,455 1,697 51
1,166 1,667 0,759 52
1,91 1,139 1,987
53 2,07
1,326 1,831 54
1,93 1,137 1,135
55 1,655 1,939 1,676
56 1,362 5,433 1,152
57 1,951 2,065
1,22 58
1,437 1,154 1,458 59
1,48 1,432
1,41 60
1,182 0,775 1,546 61
1,604 1,746 5,462 62
1,636 1,384 1,436 63
1,768 0,772 0,921 64
1,138 0,779 1,226 65
1,441 1,151 1,597 66
1,693 5,48
1,143 67
5,44 1,132
1,7 68
1,439 1,174 5,398 69
1,686 1,141 1,49
70 0,73
1,195 1,142 71
0,806 1,426 1,413 72
1,829 1,15
1,672 73
1,901 1,832 1,287 74
1,808 1,86
1,806
No Rep1 Rep2 Rep3
75 1,712 1,804 1,198
76 1,679 1,594 1,654
77 1,594 1,139 1,807
78 1,897 0,739 1,532
79 0,809 1,472 1,374
80 1,163 1,585 1,805
81 1,438 1,691 1,695
82 1,144 0,811 1,143
83 1,148 1,382 1,141
84 1,868 1,596 1,436
85 5,415 1,406 1,768
86 1,144
1,7 1,131
87 1,139 0,796 1,147
88 1,471 1,706 1,798
89 1,387 1,981 1,143
90 1,439 5,424 0,928
91 1,484 1,199 1,476
92 1,439 1,102
1,39 93
0,801 1,439 1,163 94
1,682 1,632 1,546 95
5,432 1,586 5,417 96
1,647 0,873 1,846 97
1,635 1,145 0,789 98
1,677 1,455 1,159 99
1,441 1,451 1,641 100
1,465 1,459 1,441 101
1,397 1,443 1,431 102
1,907 1,419 1,079 103
1,659 0,8
1,666 104
1,424 1,143 1,161 105
1,422 1,907 0,799 106
1,714 1,142 1,606 107
1,546 1,154 1,786 108
5,417 0,757 0,874 109
5,386 5,412 1,732 110
1,954 0,785 0,782 111
1,261 1,17
0,794