10
Efek protektif terhadap kanker dari senyawa isoflavonoid diperkirakan terjadi melalui beberapa mekanisme, yaitu penghancuran radikal bebas,
modifikasi enzim yang dapat mendetoksifikasi karsinogen, dan inhibisi terjadinya induksi transcription factor activator protein-1 AP-1 oleh tumor Shih,
Pickwell, dan Quattrochi, 2002. Menurut Pomfrey 2005, mekanisme antikarsinogenik genistein yang berhubungan dengan
REα antara lain: kompetisi dengan estrogen endogen karena ikatan antara genistein dengan
REα menghasilkan aktifitas estrogenik yang lemah 1.000-100.000 kali lebih lemah
dari 17β-estradiol, inhibisi fosforilasi protein tirosin kinase dari reseptor, dan
mengurangi regulasi ekspresi REα.
D. Penapisan Virtual
Penapisan Virtual Berbasis Struktur PVBS merupakan analog komputasi dari High Throughput Screening dan mengacu pada evaluasi sifat-sifat senyawa
secara in silico seperti aktivitas dari beberapa penyusun molekul yang berbeda Melagraki dan Afantitis, 2011. Penapisan virtual banyak digunakan sebagai
metode untuk penemuan obat baru dengan tujuan utama yaitu mengidentifikasi suatu senyawa kimia baru yang mempunyai probabilitas tinggi untuk berikatan
pada protein target dan menghasilkan respon biologis yang diinginkan Ghosh, Nie, An, dan Huang, 2006.
PVBS membutuhkan struktur dari molekul target dan referensi senyawa. Setiap senyawa referensi ditambatkan secara virtual pada molekul target melalui
suatu perangkat lunak penambatan yang memodelkan interaksi ligan dengan target secara komputasi untuk mendapatkan sifat fisika kimia yang optimal. Suatu
11
algoritma matematis yang disebut dengan scoring function kemudian digunakan untuk mengevaluasi kecocokan antara senyawa yang ditambatkan dan molekul
target. Scoring function merupakan pendekatan secara matematika yang digunakan untuk memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen pada proses
penambatan. Tahap selanjutnya adalah menyeleksi dan mengurutkan senyawa berdasarkan binding score danatau kriteria lainnya Cheng, Li, Zhou, Wang, dan
Bryant, 2012. ChemPLP merupakan scoring function yang menilai interaksi yang ada berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan
Korb, Stützle, dan Exner, 2006. Kelemahan dari scoring function konvensional termasuk ChemPLP adalah tidak mampu membedakan antara pose yang relevan
dengan pose yang tidak relevan, terutama untuk senyawa dengan berat molekul yang kecil seperti fragmen Marcou dan Rognan, 2006.
Validasi internal digunakan untuk memeriksa apakah simulasi penambatan yang digunakan protokol PVBS dapat menghasilkan ulang pose dari ligan co-
crystal dengan cara menambatkan kembali ligan pada molekul target berulang-
ulang. Parameter yang digunakan pada validasi internal adalah nilai RMSD Root Mean Square Distance
antara atom besar dari pose penambatan dan pose struktur kristal. Nilai RMSD yang dianggap acceptable adalah kurang dari 2,0 Å Marcou
dan Rognan, 2006. Validasi retrospektif bertujuan untuk mengetahui apakah protokol PVBS yang digunakan dapat membedakan antara ligan positif dengan
decoy . Parameter yang digunakan pada validasi retrospektif adalah Enrichment
Factor EF. Semakin besar nilai EF menunjukkan protokol PVBS yang
digunakan semakin baik Huang, Shoichet, dan Irwin, 2006.
