17
3. Filter
: Penyaringan pose ligan yang mempunyai interaksi hidrogen dengan Asp351.
D. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan yang digunakan dalam penelitian
a. Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita et al. 2012 dan
divalidasi kembali oleh Radifar et al. 2013. b.
Struktur co-crystal dari REα didapatkan dari PDB code: 3ERT c.
Struktur tiga dimensi genistein didapatkan dari zinc.docking.org, dengan kode: ZINC188253300
d. Docking Software PLANTS 1.2 Korb et al., 2006 PyPLIF Radifar et
al ., 2013 untuk menilai kembali pose penambatan, Open Babel sebagai
pustaka fingerprinting open access, PyMOL1.2 Lill dan Danielson, 2011 untuk menampilkan data, dan R 3.0.1. R Development Core
Team, 2013 untuk analisa statistik. 2.
Alat atau Instrumen Penelitian Server Laboratorium Virtual Fakultas Farmasi Universitas Sanata
Dharma pharcomp.usd HP Proliant ML110-67 dengan spesifikasi: CPU intel Xeon
®
E31220 3.10 GHz, RAM 8GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic. Visualisasi mode ikatan dilakukan
pada komputer dengan spesifikasi: CPU intel i3-2120 3.30 GHz, RAM 4GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.
18
E. Tata Cara Penelitian
1. Pengunduhan co-crystal REα
Pengunduhan dilakukan dari website PDB www.rcsb.org dengan PDB code: 3ERT.
2. Pengunduhan struktur genistein
Struktur genistein diunduh dari ZINC zinc.docking.org dengan kode: ZINC188253300
3. Simulasi penambatan
a. Uji efektivitas genistein
Uji efektivitas genistein dilakukan menggunakan protokol yang dikembangkan oleh Anita et al. 2012 dan validasi kembali oleh Radifar
et al. 2013 dengan 1.000 kali pengulangan. Protokol menggunakan
PLANTS1.2 sebagai perangkat lunak simulasi penambatan dan PyPLIF sebagai perangkat lunak IFP. Diambil nilai Tc-PLIF terbesar dari tiap
penambatan pada pose yang memiliki interaksi hidrogen dengan Asp351. Jika nilai Tc-PLIF terbesar muncul lebih dari satu, maka diambil pose
dengan nilai ChemPLP yang lebih baik. Seluruh nilai Tc-PLIF dihitung secara statistik dengan taraf kepercayaan 95 bahwa nilai Tc-PLIF tidak
kurang dari 0,600 dengan menggunakan perangkat lunak R 3.0.1. b.
Elusidasi pose ikatan Elusidasi pose ikatan genistein dengan
REα dilakukan dengan menggunakan protokol yang terpilih pada validasi internal. Validasi
internal dilakukan sesuai dengan prosedur pengambilan keputusan
19
Gambar 3. Protokol yang terpilih, kemudian digunakan untuk mendapatkan pose dengan nilai ChemPLP terbaik sebagai pembanding
untuk menghitung nilai RMSD dari setiap pose genistein dengan REα.
Nilai RMSD setiap pose, dikelompokkan dengan menggunakan metode k- means clustering
pada perangkat lunak R 3.0.1. Pose pada nilai RMSD median tiap kelompok dipilih sebagai pose representatif yang akan
divisualisasikan dengan perangkat lunak PyMOL1.2 untuk melihat mode ikatan genistein di dalam kantung ikatan
REα.
Gambar 3. Flowchart pengambilan keputusan penelitian
Kategori