Gambar 17.  Struktur organisasi Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Papua
Berdasarkan PERDA Provinsi Papua Nomor 2, tahun 2002, Dinas Perikanan dan Kelautan mempunyai tugas pokok dan fungsi sebagai berikut :
Tugas pokok:
1 Menyelenggarakan kewenangan desentralisasi di  bidang perikanan dan
kelautan 2
Tugas-tugas lainnya yang diberikan oleh Gubernur Provinsi Papua
Fungsi :
1 Merumuskan kebijakan teknis dibidang perikanan dan kelautan
2 Pemberian  izin  dan pelaksanaan pelayanan umum lintas kabupaten  atau
kota di bidang perikanan dan kelautan 3
Pengelolaan UPTD Unit Pengelola Teknis Daerah 4
Pelaksanaan urusan tata usaha daerah Kebijakan pembangunan perikanan dan kelautan Provinsi Papua diarahkan
untuk meningkatkan kemampuan masyarakat perikanan dan kelautan menuju masyarakat aquabisnis yang  mampu mengelola sumberdaya perikanan dan
kelautan secara bertanggung-jawab responsible fisheries dalam rangka meningkatkan pendapatan sekaligus kesejahteraan masyarakatnya.  Sebagai
penjabaran kebijakan tersebut maka ditetapkan visi Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Papua yaitu ”Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan
Kelautan secara Optimal dan  Berkelanjutan untuk Meningkatkan Kesejahteraan Masyarakat Papua”.   Dengan  kebijaksanaan  pembangunan  perikanan dan
kelautan, serta penjabaran operasionalnya dimaksudkan untuk mengarahkan seluruh dimensi pembangunan  perikanan dan kelautan di tingkat  provinsi,
kabupaten atau  kota, lintas sektor maupun lintas provinsi dalam
penyelenggaraan pemerintahan, pengelolaan sumberdaya dan pelaksanaan pelayanan kepada masyarakat pelaku perikanan.
4.7  Lembaga Pengawasan Perikanan
Melalui  Keputusan Presiden  Nomor 289M tahun 2000, pemerintah membentuk Departemen Kelautan dan Perikanan.  Salah satu tugas pokok dan
fungsinya adalah melaksanakan pengawasan terhadap pemanfaatan sumberdaya ikan.   Akan tetapi Departemen Kelautan dan Perikanan bukan satu-
satunya lembaga yang memiliki wewenang dalam pengelolaan sumberdaya kelautan dan perikanan.  Dalam Undang-undang Nomor 20 tahun 1982, tentang
pertahanan dan  keamanan  negara,  dijelaskan  bahwa TNI Angkatan Laut mempunyai tugas sebagai komponen utama kekuatan pertahanan di laut.  Dan
dalam Undang-undang Nomor 5 tahun 1983, tentang Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia tercantum bahwa aparatur penyidikan di Zona  Ekonomi  Eksklusif
Indonesia adalah perwira TNI Angkatan Laut yang ditunjuk  dan ditetapkan oleh Panglima TNI. Lebih ditegaskan lagi dalam pasal 31 ayat 1 Undang-undang
Nomor 5 tahun 1985,  tentang  perikanan bahwa penegakan keamanan di laut dilaksanakan oleh TNI Angkatan Laut.
Selain Departemen Kelautan dan Perikanan dan TNI Angkatan Laut masih ada beberapa instansi pemerintah yang memiliki wewenang pengawasan. Di
bawah ini adalah lembagainstansi  yang ada di  Provinsi Papua yang terkait dan mengklaim  memiliki wewenang  untuk  melakukan pengawasan dalam kegiatan
perikanan tangkap: 1
Dinas Perikanan dan Kelautan 2
Pelabuhan Perikanan 3
PPNS dan Pengawas Perikanan 4
TNI Angkatan Laut 5
Polisi Air dan Udara 6
Syahbandar, Departemen Perhubungan 7
Bea dan Cukai, Departemen Keuangan 8
Imigrasi, Departemen Hukum dan Hak Azasi Manusia Lembaga-lembaga yang terlibat dalam pengawasan pengelolaan
sumberdaya perikanan yang ada pada saat ini dinilai sangat beragam dan kompleks. Hal ini menyebabkan tersebarnya kewenangan  yang  kadang-kadang
berpeluang menimbulkan konflik, menghambat penegakan hukum, pada gilirannya menyulitkan kegiatan pengelolaan sumberdaya ikan itu sendiri.  Selain
lembaga-lembaga pemerintah tersebut masih ada  himpunan dan  asosiasi maupun  LSM yang juga mengklaim sebagai  stakeholder. Sampai  pada tahun
2004 telah terbentuk kelembagaan Siswasmas di 3 daerah  di Papua  yaitu  di Jayapura, Sorong dan Merauke
.
4.8  Asosiasi Penangkapan Udang