didegradasi oleh sedikit kelompok fungi perusak kayu atau bakteri, serta seringkali membutuhkan waktu lama Zabel dan Morrell 1992. Proses masuknya
mikrob ke dalam jaringan tanaman sedikitnya terjadi melalui tiga cara, yaitu mencerna dinding sel, masuk melalui bagian yang terluka dan menyerang melalui
bukaan alami seperti stomata. Pektin merupakan salah satu dari target pertama yang dicerna oleh serangan mikrob Ridley et al. 2001.
2.4. Bakteri dan Fungi Tanah
Populasi mikrob di alam tidak terpisah sendiri menurut jenisnya, tetapi terdiri dari campuran berbagai macam sel. Populasi mikrob di alam sekitar kita
sangat besar dan komplek. Beratus-ratus spesies berbagai mikrob biasanya menghuni bermacam-macam bagian tubuh kita, termasuk mulut, saluran
pencernaan, dan kulit Pelczar dan Chan 1986. Tanah merupakan salah satu habitat yang kompleks dan berubah secara
cepat di bumi. Pada 1941, Hans Jenny mengusulkan faktor-faktor pembentuk tanah yang masih digunakan hingga saat ini, antara lain: bahan induk, iklim,
topografi, organisme, dan waktu. Faktor-faktor tersebut menjelaskan campuran kompleks dari karakteristik yang membedakan jenis-jenis tanah. Variasi sifat fisik
dan kimia tanah berperan sangat penting dalam menentukan keberadaan dan ketahanan organisme tanah Thies dan Grossman 2006. Keragaman organisme
tanah meliputi mikrofauna, mesofauna, makrofauna dan mikroflora. Mikrofauna merupakan fauna tanah terkecil yang memiliki ukuran mikroskopik dengan
panjang 20-100 m, contohnya protozoa. Mesofauna merupakan fauna tanah yang memiliki ukuran 0,2-10 mm, contohnya collembola, tungau, nematoda dan
mikroarthropoda. Makrofauna merupakan fauna tanah yang memiliki ukuran lebar antara 2-20 mm dengan panjang 10 mm hingga lebih dari 80 mm, contohnya
cacing tanah, semut dan kumbang. Mikroflora merupakan organisme yang tidak nampak mata, namun berperan penting pada reaksi biokimia dan proses dalam
tanah. Populasi mikrob dalam tanah meliputi alga, bakteri, dan fungi. Selain itu di dalam tanah terdapat pula virus Coyne dan Thompson 2000.
Fungi merupakan mikrob non-fotosintetik yang tersebar luas dan memiliki peranan penting dalam lingkungan, terutama pada proses biodegradasi bahan
organik. Fungi tidak mempunyai klorofil dan bukan organisme yang dapat
melakukan fotosintesis, sehingga fungi memperoleh energi dan berbagai nutrisi dengan cara mendegradasi tanaman maupun bahan lainnya. Di alam, fungi tidak
tumbuh terpisah dengan organisme lainnya. Beberapa jenis fungi menyerang tanaman, serangga dan mamalia sebagai patogen, sedangkan yang lainnya
termasuk saprofit dan hidup pada bahan tanaman mati Hanson 2008. Bakteri merupakan organisme prokaryotik yang dapat hidup secara bebas,
bersimbiosis dengan organisme lebih tinggi, bahkan dapat ditemukan pada lingkungan yang tidak mendukung kehidupan bagi organisme lain. Sebagaian
besar bakteri heterotrof merupakan saprofit yang memperoleh nutrisi melalui bahan organik. Bakteri tanah bertanggungjawab dalam proses biodegradasi bahan
organik. Beberapa jenis bakteri bersifat patogen bagi tanaman maupun hewan Pelczar dan Chan 1986.
Komunitas dalam rhizosfer secara umum terdiri dari mikrob nonpatogen. Namun akibat kepadatan dan peningkatan interaksi mikrobial, baik yang
berbahaya maupun berguna, dapat menjadi penyebab timbulnya soilborne patogens. Kondisi pada rhizosfer tanaman melibatkan interaksi berbagai koloni
mikrob di dalam dan sekitar akar yang dapat mengakibatkan simbiosis relasi, asosiatif, naturalistik atau parasit dalam tanaman, tergantung pada jenis mikrob,
status hara tanah, tanaman sistem pertahanan dan lingkungan tanah Mishra et al. 2011.
Sumber inokula patogen dapat berasal dari tanah atau jaringan sakit yang terletak pada satu pohon maupun pohon tetangga, kemudian adanya spora yang
disebarkan oleh angin, air, atau serangga. Berbagai penelitian menyebutkan bahwa spesies fungi seperti Aspergillus spp., Botryodiplodia
spp. Lasiodiplodia spp., Diplodia spp., Fusarium bulbiferum, Fusarium laterium,
Fusarium oxysporum, Penicillium spp., Pythium spp. dan Trichoderma spp. adalah fungi umum yang dapat menginfeksi Aquilaria spp.
Wiriadinata 1995; Soehartono dan Mardiastuti 1997 dalam
Mohamed et al. 2010.
2.5. Kadar Hara Tanah dan Peranannya sebagai Nutrisi Mikrob
