Keragaman Plasma Nutfah Pegagan Centella asiatica L. Urban
Tabel 17 Primer, susunan basa, dan jumlah pita DNA hasil amplifikasi dari 17 aksesi pegagan
No. Jenis primer Susunan basa 5’ to 3’ Jumlah pita
Total Monomorfik
Polimorfik 1.
OPE-15 ACGCACAACC
6 6
2. OPE-19
ACGGCGTATG
9 9
3. OPE-20
AACGGTGACC
6 6
4. OPH-05
AGTCGTCCCC
3 3
5. OPH-19
GTGACCAGCC
4 4
6. OPM-12
GGGACGTTGG
3 3
7. OPM-24
GGCGGTTGTC
9 9
J u m l a h
40 40
Analisis Kemiripan
Analisis kemiripan terhadap 40 profil DNA menghasilkan koefisien kemiripan genetik KG berkisar antara 0.28-0.98 28-98 atau terdapat
keragaman genetik 2-72 Lampiran 7. Nilai KG tertinggi adalah antara Casi 011-Casi 009 0.98 dan nilai KG terendah adalah antara Casi 013-Casi 005
0.28. Beberapa aksesi juga menunjukkan nilai KG di atas 0.90, yaitu Casi 011-Casi 005 0.95, dan Casi 009-Casi 005 0.93, sedangkan aksesi lain
yang juga memiliki nilai KG kecil di bawah 0.35, yaitu antara Casi 005- Casi 002, Casi 015-Casi 009, dan Casi 019-Casi 015, masing-masing dengan
nilai KG = 0.33. Nilai koefisien kemiripan genetik yang rendah rata-rata 0.58 dalam semua perbandingan dengan aksesi-aksesi lainnya dan merupakan
aksesi yang paling berbeda adalah aksesi Casi 003 dan Casi 004.
Analisis Kluster
Berdasarkan analisis klustering
terhadap 40 pola pita
RAPD menghasilkan dendogram dengan koefisien kemiripan berkisar antara 0.48-
0.97 atau terdapat keragaman genetik 3-52. Pada koefisien kemiripan genetik 48 terbentuk dua kelompok besar. Kelompok pertama terdapat 11
aksesi, sedangkan kelompok kedua terdapat 6 aksesi Casi 002, Casi 006, Casi 013, Casi 015, Casi 008, dan Casi 007.
Pada tingkat kemiripan 0.73, kluster dapat dipisahkan menjadi 5 kelompok utama. Kelompok 1 terdiri dari 7 aksesi yang diuraikan menjadi 2
sub kelompok a dan b, kelompok 2 terdiri dari 1 aksesi, kelompok 3 terdiri dari 3 aksesi yang terdiri dari 2 sub kelompok d dan e, kelompok 4 terdiri
dari 5 aksesi yang diuraikan menjadi 2 sub kelompok f dan g, dan kelompok 5 terdiri dari 1 aksesi. Hasil pengelompokan menunjukkan bahwa pola
pengelompokan dari 9 aksesi yang berasal dari Jawa Barat sangat berbeda, diantaranya 4 aksesi Casi 012, Casi 005, Casi 009, dan Casi 011 terdapat
pada kelompok 1, 1 aksesi Casi 010 pada kelompok 3, 3 aksesi Casi 006, Casi 013, dan Casi 008 pada kelompok 4, dan 1 aksesi Casi 007 pada
kelompok 5 Gambar 10 dan Tabel 18.
Gambar 10 Dendogram 17 aksesi pegagan berdasarkan profil pola pita DNA dengan teknik RAPD
8 sub kelompok 5 kelompok utama
a
b c
d e
f 1
2 3
4
5
g h
Tabel 18 Kelompok aksesi yang terbentuk berdasarkan dendogram RAPD Kelompok
utama Sub
kelompok Aksesi
1 a
Casi 001, Casi 012, Casi 005, Casi 009, Casi 011, dan Casi 017
b Casi 019
2 c
Casi 003 3
d Casi 016
e Casi 010 dan Casi 018
4 f
Casi 002, Casi 006, Casi 013, dan Casi 015 g
Casi 008 5
h Casi 007
Analisis Komponen Utama
Hasil Analisis Komponen Utama AKU menunjukkan 56.20 dari total keragaman data dapat dijelaskan dengan menggunakan dua komponen utama
dan 64.80 dari total keragaman data dapat dijelaskan oleh tiga komponen utama. Nilai tersebut belum cukup mewakili dari nilai minimum akumulasi
keragaman yang diharapkan, yaitu sekitar 70 untuk tiga komponen utama. Hal ini disebabkan kecilnya proporsi keragaman pada masing-masing
komponen Tabel 19. Tabel 19 Nilai ciri 3 komponen utama pada penanda molekuler RAPD
Komponen Nilai ciri Persen keragaman Persen akumulasi keragaman utama
1 3.24
40.30 40.30
2 1.28
15.90 56.20
3 0.69
8.60 64.80
Korelasi antara Penanda Morfologi dan RAPD
Hasil analisis kluster antara penanda morfologi dan RAPD seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9 dan 10 menunjukkan bahwa terdapat perbedaan
pola pengelompokan aksesi antara kedua penanda tersebut. Hasil analisis keselarasan antara matriks koefisien kemiripan kedua penanda diperoleh nilai
korelasi r = -0.003 yang dikategorikan sebagai korelasi yang sangat tidak sesuai. Korelasi yang rendah ini menunjukkan bahwa pola keragaman yang
dihasilkan sangat sedikit yang selaras antara pengamatan fenotipik dan pola pita hasil amplifikasi dengan menggunakan 7 primer dalam analisis RAPD.
Ketidakselarasan tersebut kemungkinan disebabkan karena penanda morfologi atau karakter yang diamati dan profil DNA RAPD yang teramplifikasi bukan
merupakan satu bagian yang saling berhubungan atau hanya berhubungan sebagian, artinya penanda RAPD yang diperoleh belum tentu merupakan
DNA yang menyandi karakter morfologi yang diamati. Dengan demikian, pengelompokan secara genetik tersebut tentunya tidak dapat menjelaskan
perbedaan morfologi yang diamati. Hasil penelitian yang sama juga ditunjukkan pada tanaman pisang Crouch 2000; Robi’ah 2004, pepaya
Galingging 2005, dan Nenas Nasution 2008.