Kondisi Fisik SD Negeri Percobaan 3 Pakem
                                                                                2
terdapat  beberapa  ekstrakurikuler  berupa  kegiatan  pramuka,
drum  band
, karawitan,  futsal,  seni  tari,  seni  lukis,  PKS  Penegak  Kedisiplinan  Sekolah,
komputer, dan beberapa ekstrakurikuler lain.
Di  sebelah  selatan  kantor  TU  terdapat  ruang  kesenian  yang  kurang mendapat  perhatian dari  warga sekolah.  Alat-alat musik tidak tertata dengan
rapi.  Di  utara  ruang  kepala  sekolah  terdapat  aula  yang  tidak  terpakai  lalu dialih  fungsikan  menjadi  gudang.  Di  utara  ruang  kelas  dua  terdapat  lahan
kosong yang tidak tertata. Struktur tanah yang bercampur dengan sisa matrial menyulitkan dalam proses pengelolaan lahan.
Fasilitas media pembelajaran sudah lengkap untuk semua pelajaran, tetapi penggunaan  belum  dioptimalkan  oleh  guru.  Ruang  laboratorium  komputer
sudah ada ruangan tersendiri yang di dalamnya terdapat komputer berjumlah 25 unit. Akan tetapi, tidak semua komputer yang ada dapat digunakan karena
kondisinya sudah rusak. Untuk  fasilitas  KBM  alat-alat  peraga  dan  alat-alat  IPA,  tersimpan  di
laboratorium  IPA.  Ruangan  perpustakaan  sudah  tersendiri  terletak  di  utara lapangan  badminton.  Ruang  olahraga  terletak  di  sebelah  barat  ruang
laboratorium  IPA.  Penataan  alat  olahraga  kurang  teratur  dan  banyak  yang
tidak dimanfaatkan.
Kondisi ruang UKS saat observasi dilakukan kurang tertata, namun obat- obatan  dan  peralatannya  sudah  lengkap.  Terdapat  beberapa  kamar  mandi
yang  terletak  di  sebelah  utara  kelas  4  sebanyak  6  ruang,  di  sebelah  utara
perpustakaan 4 ruang, dan utara ruang gugus sebanyak 2 ruang.