36
Tabel 3 menunjukkan Marker yang digunakan sebagai standar protein terdiri atas protein-protein dengan berat molekul kecil Low Molecular Weight.
Marker Fermentas tersebut mengandung tujuh jenis protein standar yang sudah
diketahui berat molekulnya, yaitu β-galactosidase BM: 116 kDa, bovine serum
albumin BM: 66.2 kDa, ovalbumin BM: 45 kDa, lactate dehydrogenase BM: 35 kDa, REase BSP 981 BM: 25 kDa,
β-lactoglobulin BM: 18.4 kDa dan lysozime BM: 14.4 kDa.
Tabel 3. Nilai mobilitas relatif Rf, logaritma berat molekul Log BM dan berat molekul protein standar
Pita ke-
Jenis protein BM
kDa Log BM
Jarak pergerakan
cm Rf
1 β-galactosidase 116
2.0645 1.81
0.157 2 BSA
66.2 1.8209 3.4
0.296 3 Ovalbumin
45 1.6532 5.41
0.470 4 Lactate
dehydrogenase 35 1.5441 6.92
0.602 5 Rease
Bsp981 25 1.3979
8.86 0.770
6 β-lactoglobulin 18.4
1.2648 10.47
0.910 7 Lysozyme
14.4 1.1584 10.97 0.954
Analisis data protein standar dilakukan dengan regresi linier, dimana dari hubungan antara logaritma berat molekul sumbu Y dan mobilitas relatif sumbu
X diperoleh persamaan Y= 2.1739-1.0369X dengan R
2
= 0.9858. Persamaan regresi dari kurva linier standar tersebut digunakan untuk menghitung berat
molekul protein-protein yang berhasil dipisahkan dari ekstrak fraksi protein udang jerbung, ikan tongkol dan kerang hijau.
Hasil pemisahan protein sampel secara keseluruhan Gambar 5 menunjukkan bahwa pita protein yang muncul pada gel elektroforesis memiliki
jumlah dan ketebalan yang berbeda-beda. Pita protein yang muncul lebih banyak dan lebih tebal pada fraksi sarkoplasma dibandingkan dengan fraksi miofibril.
Terutama terlihat pada fraksi sarkoplasma udang jerbung dan ikan tongkol. Hal ini sesuai dengan uji kadar protein fraksi tersebut, yang menunjukkan bahwa kadar
protein fraksi sarkoplasma sampel lebih tinggi dibandingkan dengan kadar protein fraksi miofibril.
Pita-pita protein yang dihasilkan dari elektroforesis kemudian dianalisis densitasnya dengan menggunakan program Image J, sehingga menghasilkan
visualisasi seperti Gambar 6. Pengukuran densitas pita protein bertujuan untuk mengetahui persentase masing-masing pita tersebut. Hasil pembacaan densitas
pita marker standar dengan program Image J dapat dilihat pada Gambar 6.
Gambar 6. Hasil pembacaan densitas pita marker standar dengan program Image J Puncak kurva yang terlihat pada Gambar 6 menandakan subunit protein
dengan bobot molekul tertentu. Lebar kurva menandakan ketebalan pita yang tampak. Dan dengan garis dasar yang sama pada setiap kurva, luas area di bawah
kurva yang dibatasi oleh garis dasar dihitung sebagai konsentrasi subunit protein yang terlihat pada pita. Perhitungan konsentrasi subunit merupakan perbandingan
luas area masing-masing pita dibagi dengan luas area seluruh pita, sehingga jumlah total seluruh pita adalah 100. Dari pembacaan densitas pita marker
standar diatas, diketahui bahwa konsentrasi terbesar penyusunnya adalah jenis protein ovalbumin 20.36 dan
β-lactoglobulin 21.14. Data hasil analisis terperinci mengenai berat molekul dan konsentrasi masing-masing subunit dapat
dilihat pada Lampiran 8b – 8d. Penjelasan lebih rinci dari masing-masing sampel adalah sebagai berikut:
4.2.1. Ikan Tongkol
Hasil elektroforesis SDS PAGE dari protein ikan tongkol yang terlihat pada Gambar 5 menunjukkan bahwa fraksi sarkoplasma terdiri dari 13 subunit protein
penyusun, sedangkan fraksi miofibril terdiri dari 15 subunit protein penyusun. Kisaran berat molekul penyusun fraksi protein sarkoplasma mulai dari 14.65 kDa
- 117.06 kDa. Fraksi miofibril tersusun dari protein dengan berat molekul berkisar
38 b
a
dari 14.62 kDa - 107.28 kDa. Penelitian terhadap pola elektroforesis protein ikan sardine dan ikan mackerel Hashimoto et al. 1979 menunjukkan bahwa fraksi
miofibril terdiri dari beberapa pita protein yang sesuai dengan myosin heavy chain MHC, aktin, troponin dan tropomiosin. Fraksi sarkoplasma utamanya terdiri dari
mioglobin, albumin dan beberapa enzim yang terkait dengan metabolisme penghasil energi seperti kreatinin kinase, aldolase dan gliseraldehid-3-phospat
Ladrat et al. 2003. Gambar 7 memperlihatkan densitas pita-pita elektroforesis hasil pemisahan fraksi protein sarkoplasma dan miofibril ikan tongkol dengan
menggunakan program Image J, sedangkan perhitungan konsentrasi masing- masing subunit protein dapat dilihat pada Lampiran 8b.
.
Gambar 7. Hasil pembacaan densitas pita protein ikan tongkol dengan program Image J: a.fraksi sarkoplasma; b. fraksi miofibril.
Gambar 7a memperlihatkan pita protein yang dominan pada fraksi protein sarkoplasma adalah pita ke-4, 5, 7, 8, 9 dan ke 13 yang memiliki berat molekul
berturut-turut adalah 63.19 kDa, 54.41 kDa, 39.85 kDa, 36.6 kDa, 28.89 kDa dan 14.65 kDa. Sesuai dengan penelitian Ladrat et.al 2003, pita protein dengan berat
molekul 39.85 kDa dan 54.41 kDa diperkirakan sebagai kreatinin kinase dan aldolase, sedangkan komponen 36.6. kDa sebagai gliseraldehid-3-phospate
dehidrogenase. Protein dengan berat molekul sekitar 14 kDa diidentifikasi sebagai parvalbumin.
Gambar 7b menunjukkan fraksi protein miofibril ikan tongkol memiliki 4 pita protein yang dominan yaitu pita ke-5, 10, 11 dan ke-15 dengan berat molekul
69.95 kDa, 40.94 kDa, 38.63 kDa dan 14.62 kDa. Dengan membandingkan berat
a b
molekul, komposisi protein penyusun fraksi miofibril dapat diidentifikasi. Komponen myosin heavy chain MHC,
~200 kDa dalam elektroforesis fraksi miofibril ini tidak terdeteksi. Komponen dengan berat molekul 40.94 kDa
diidentifikasi sebagai aktin. Miosin dan aktin merupakan protein utama yang mendominasi fraksi miofibril Hashimoto et al. 1979. Pita protein dengan berat
molekul 14.62 kDa diidentifikasi sebagai myosin light chain, sedangkan pita dengan berat molekul 38.63 kDa diperkirakan sebagai tropomiosin Ladrat et al.
2003.
4.2.2. Kerang Hijau
Berdasarkan hasil pemisahan protein, diketahui bahwa fraksi sarkoplasma kerang hijau terdiri dari 11 komponen penyusun, yaitu dengan berat molekul
berkisar 14.5 kDa – 92.5 kDa. Fraksi protein miofibril terdiri dari 5 komponen yang memiliki berat molekul berkisar dari 15.18 kDa – 136.21 kDa. Gambar 9
memperlihatkan hasil pembacaan densitas pita protein kerang hijau dengan program Image J, sedangkan perhitungan konsentrasi masing-masing subunit
protein dapat dilihat pada Lampiran 8c.
Gambar 8. Hasil pembacaan densitas pita protein kerang hijau dengan program Image J: a.fraksi sarkoplasma; b. fraksi miofibril.
Dari Gambar 8 dapat dilihat bahwa terdapat empat subunit protein yang dominan penyusun fraksi sarkoplasma kerang hijau adalah protein dengan berat
molekul 33.85 kDa, 39.56 kDa, 50.87 kDa dan 59.45 kDa. Lima komponen penyusun fraksi miofibril terdapat 2 subunit protein yang dominan yaitu dengan
berat molekul 136.21 kDa dan 93.51 kDa yang diidentifikasi sebagai MHC dan
