deskriptor yang dipilih haruslah mempunyai hubungan yang erat terhadap aktivitas dari senyawa yang diteliti dan nilai parameter-parameter tersebut.
Julia 2008 telah melakukan penelitian aktivitas antioksidan senyawa flavonoid dengan menggunakan deskriptor molekuler seperti : E
t
, E
b
, E
e
, ∆Hf, µ,
E
HOMO
, E
LUMO
, log P, α, R, dan GLOB. Dalam menentukan aktivitas antioksidan
senyawa turunan flavon dan flavonol, Julia hanya menggunakan deskriptor E
t
, E
b
, E
e
, log P, α, dan GLOB dan menghasilkan persamaan HKSA dengan nilai R
2
sebesar 0,78. Azra 2008 telah menggunakan deskriptor muatan atom karbon posisi 1-16 untuk menentukan aktivitas antioksidan senyawa flavonoid.
Penggunaan qC
1
sampai qC
16
sebagai deskriptor molekuler menghasilkan persamaan HKSA dengan nilai R
2
sebesar 0,987. Srivastava dkk 2012 menggunakan deskriptor molekuler µ, MV, I
CED
, dan I
OED
untuk menentukan aktivitas antioksidan senyawa flavonoid. Penggunaan deskriptor melekuler tersebut menghasilkan persamaan HKSA dengan nilai R
2
sebesar 0,880. Srivastava juga menyatakan bahwa semakin kecil nilai momen dipol, semakin meningkat aktivitas antioksidan senyawa flavonoid. Deskriptor
dapat diperoleh dari hasil optimasi metode Recife Model 1 RM1 dan Ab Initio. Metode semiempirik RM1 dipilih karena memiliki parameter yang jauh lebih baik
dari metode semiempiris yang lain, sedangkan metode ab initio dipilih karena memiliki keakuratan tinggi.
2.9 Recife Model 1 RM1
Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu mekanika molekuler dan metode struktur elektronik yang terdiri dari ab initio dan
semiempiris. Metode mekanika molekuler memungkinkan pemodelan terhadap molekul yang besar tanpa kapasitas dari komputer yang besar dengan proses
perhitungan tidak terlalu lama, tetapi metode ini hanya mampu memvisualisasikan perhitungan jumlah energi dan sifat kimia banyak yang tidak didefinisikan.
Metode ab initio mampu menganalisis sifat senyawa seperti muatan atom neto, spektrum UV, NMR, dan IR, serta semua elektron diperhitungkan, tetapi
memerlukan waktu yang lama dalam perhitungan dan memori komputer yang besar. Metode semiempiris tidak hanya mampu memvisualisasikan perhitungan
energi, tetapi juga mampu memvisualisasikan jumlah perhitungan pembentukan panas, dan hanya memperhatikan elektron valensi, sehingga tidak memerlukan
waktu yang lama. Penelitian ini menggunakan metode sempiempirik Recife Model 1
RM1 karena : 1. Perhitungannya tidak memerlukan memori yang besar dan waktu yang lama.
2. Merupakan salah satu metode semiempiris yang merupakan perbaikan atas AM1 dan PM3.
3. Memiliki parameter yang jauh lebih baik. 4. Mampu memodelkan struktur dari sejumlah besar molekul organik, biokimia,
dan penelitian farmasi. Berbeda dengan AM1, dan mirip dengan PM3, semua parameter RM1
telah dioptimalkan.
2.10 Ab Initio
Perhitungan komputasi diamakan ab initio jika metode tersebut dibuat tanpa menggunakan data empiris, kecuali untuk tetapan dasar seperti massa
elektron dan tetapan Planck yang diperlukan untuk sampai prediksi numerik Indriadi, 2006. Metode ab initio memperhitungkan semua elektron yang
terdapat dalam sebuah molekul. Dalam penelitian ini menggunakan metode ab initio
dengan basis set 6-31G. Basis set 631-G merupakan basis set sedang dan merupakan basis set yang menggunakan orbital tipe Slater. Terdapat dua tipe
fungsi basis yang umum digunakan dalam perhitungan struktur elektronik yaitu: orbital tipe Slater STO dan orbital tipe Gaussian GTO. Keunggulan utama
fungsi basis set Slater adalah kemampuannya menerangkan sifat orbital pada jarak pendek dan panjang.
Pemilihan himpunan basis ini juga berdasarkan informasi yang didapat dari situs http:bse.pnl.govbseportal. Situs tersebut menyimpan berbagai
informasi mengenai hasil penelitian yang pernah dilakukan untuk tiap atom yang disajikan dalam bentuk tabel periodik, sehingga dapat dicocokan tiap atom yang
akan diteliti dengan himpunan basis yang pernah diteliti sebelumnya. Dari informasi yang didapat, diketahui bahwa atom karbon C, Oksigen O, Hidrogen
H cocok dengan hampir semua basis set, tapi agar tidak membutuhkan banyak memori maka dipilih basis set tipe sedang yaitu 631-G.
2.11 Pemodelan Molekul
