2.4 Bakteri Patogen
Bakteri  patogen  merupakan  bakteri  yang  menyebabkan  penyakit pada manusia, hewan, dan  juga pada  tanaman  Wassenaar  2009.
Beberapa  jenis bakteri patogen yang umum menjadi penyebab masalah kesehatan manusia, yaitu
B. subtilis yang  merupakan  bakteri  Gram-positif dan E. coli yang  merupakan bakteri Gram-negatif.
Bacillus subtilis
Bacillus  subtilis merupakan  bakteri  Gram-positif,  uniseluler  yang berbentuk batang dan hidup secara aerob. Bakteri ini membentuk tipe khusus saat
dorman  yang  disebut  endospora.  Endospora  terbentuk  dari  sel  vegetatif  sebagai respon terhadap lingkungan yang ekstrim. Bacillus subtilis tumbuh pada makanan
dengan  pH  lebih  dari  4  dengan  kondisi  aerob.  Hal  yang  sering  terjadi  yaitu terbentuknya  lendir  pada  makanan  Todar  2011. Bacillus  subtilis merupakan
salah satu spesies dari genus Bacillus yang biasanya menyebabkan penyakit akibat kontaminasi  pada  udara  dan  makanan.  Selain  itu  beberapa B.  subtilis dilaporkan
dapat menyebabkan infeksi pada mata dan meningitis Moffet 1980.
Gambar 7 Bacillus subtilis
Sumber :Todar 2011.
Escherichia coli
Escherichia coli termasuk ke dalam famili Enterobacteriaceae. Bakteri ini merupakan  bakteri  Gram-negatif,  motil,  tidak  berspora,  berbentuk  batang,  dan
anaerob fakultatif. E. coli tumbuh pada temperatur  30-42 °C dan dapat tumbuh pada temperatur antara 44 - 45 °C, namun tidak dapat tumbuh pada suhu dibawah
10 °C Ray dan Bhunia 2008.
Escherichia  coli merupakan  penghuni  normal  saluran  pencernaan coliform  fecal  manusia  dan  hewan,  maka  digunakan  secara  luas  sebagai
indikator  pencemaran.  Bakteri  ini  juga  mengakibatkan  banyak  infeksi  pada saluran  pencernaaan  enterik  manusia  dan  hewan Uyttendaele  dan  Debevere
2003. Bentuk sel bakteri E.coli dapat dilihat pada Gambar 8.
Gambar 8 Esherichia coli Sumber: Kunkel 2002.
2.5 Antibakteri
Senyawa  antimikroba  merupakan  senyawa  alami  maupun  kimia  sintetik yang  dapat  membunuh  atau  menghambat  pertumbuhan  mikroorganisme.
Antimikroba  dapat  diklasifikasikan  menjadi  bakteriostatik,  bakteriosidal,  dan bakteriolisis.    Bakteriostatik  dapat  digunakan  untuk  menghambat  protein  dan
berfungsi juga sebagai pengikat ribosom. Bakteriosidal  terikat pada sel target dan tidak  hilang  melalui  pengenceran  yang  tetap  akan  membunuh  sel. Beberapa
bakteriosidal  merupakan  bakteriolisis  yakni  membunuh  sel  dengan  terjadi  lisis pada  sel  dan  mengeluarkan  komponen  sitoplasmanya. Lisis  dapat  menurunkan
jumlah  sel  dan  juga  kepadatan  kultur.    Senyawa  bakteriolitik  termasuk  dalam senyawa antibiotik yang menghambat sintesis dinding sel misalnya penicillin, dan
senyawa kimia seperti detergen  yang dapat menghancurkan membran sitoplasma Respon  tiap  mikroorganisme  terhadap  antimikroba  berbeda-beda.  Bakteri
memiliki  tingkat  sensitivitas  yang  berbeda, umumnya  bakteri  Gram-positif  lebih rentan  dibandingkan  dengan  bakteri  Gram-negatif  yang  secara  alami  lebih
resisten.    Target  penting  antibiotik terhadap  bakteri  yaitu  ribosom,  dinding  sel, membran  sitoplasma,  enzim  biosintesis  lemak,  serta  replikasi,  dan  transkripsi
DNA Madigan et al. 2009.
Suatu  zat  aktif  digolongkan  memiliki  potensi  yang  tinggi  sebagai antibakteri  jika  pada  konsentrasi  rendah  mempunyai  daya  hambat  yang  besar.
Kriteria kekuatan  antibakteri menurut Nazri et al. 2011 adalah sebagai  berikut, untuk diameter zona hambat 15-20 mm memiliki daya hambat kuat, diameter zona
hambat  10-14  mm    memiliki  daya  hambat  sedang,  dan  untuk  diameter  zona hambat 0-9 mm memiliki daya hambat lemah.
Cara kerja zat antimikroba secara umum yaitu Pelczar dan Chan 2008: 1 Kerusakan dinding sel
Struktur  di  dinding  sel  dapat  rusak  dengan  cara  menghambat pembentukannya atau mengubahnya setelah selesai terbentuk.
2 Perubahan permeabilitas sel Membran  sitoplasma  mempertahankan  bahan-bahan  tertentu  di  dalam  sel
serta  mengatur  aliran  keluar  masuknya  bahan-bahan  lain.  Membran  memelihara integritas  komponen  komponen  selular.  Kerusakan  pada  membran  ini  akan
mengakibatkan terhambatnya pertumbuhan sel atau matinya sel. 3 Perubahan molekul protein dan asam nukleat
Kelangsungan  hidup  suatu  sel  tergantung  pada  terpeliharanya  molekul- molekul protein dan asam nukleat dalam keadaan alamiahnya. Suatu kondisi atau
substansi  yang mengubah keadaan ini, yaitu mendenaturasikan protein dan asam- asam nukleat dapat merusak  sel tanpa dapat diperbaiki kembali. Suhu tinggi dan
konsentrasi  pekat    beberapa  zat  kimia  mengakibatkan  kaogulasi  denaturasi ireversibel tidak dapat balik komponen-komponen selular yang vital ini.
4 Penghambatan kerja enzim Setiap  enzim  dari  beratus-ratus  enzim  berbeda-beda  yang  ada  di  dalam  sel
merupakan  sasaran  potensial  bagi  bekerjanya  suatu  penghambat.  Banyak  zat kimia  telah  diketahui  dapat  mengganggu  reaksi biokimiawi.  Penghambatan  ini
dapat mengakibatkan terganggunya metabolisme atau matinya sel. 5 Penghambatan sintesis asam nukleat protein
DNA,  RNA  dan  protein  memegang  peranan  amat  penting  di  dalam  proses kehidupan  normal  sel.  Hal  itu  berarti  bahwa  gangguan  apapun  yang  terjadi  pada
pembentukan  atau  pada  fungsi  zat-zat  tersebut  dapat  mengakibatkan  kerusakan total pada sel.
3  METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat
Penelitian  ini  dilaksanakan  pada  bulan  Januari 2012 hingga Juli  2012. Penelitian ini diawali dengan pengambilan sampel yang dilakukan di persawahan
daerah Cilegon, Banten. Tahap berikutnya yaitu preparasi sampel yang dilakukan di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku Hasil Perairan, Departemen Teknologi
Hasil  Perairan  IPB. Analisis sampel  yang  meliputi  berbagai  uji  dilakukan  di Laboratorium Biokimia Hasil Perairan dan Mikrobiologi Hasil Perairan Teknologi
Hasil Perairan Institut Pertanian Bogor.
3.2 Alat dan Bahan