4.3 Analisis DNA Berdasarkan Penanda ISSR
Analisis DNA pada penelitian ini menggunakan 41 sampel daun manggis berasal dari pohon induk dan progeninya Tabel 3. DNA progeni seedling
jumlahnya tidak sebanyak DNA pohon induk. Hal ini disebabkan tidak semua sektor dari tanaman manggis yang diamati tersebut berbuah sehingga tidak bisa
dikecambahkan. Tabel 3 Sampel DNA yang digunakan untuk analisis ISSR
Tanaman manggis Pengambilan sampel
Jumlah P1
P1U1 P1T1
P1S1 P1B1
P1U2 P1T2
P1S2 P1B2
8 P2
P2U1 P2T1
P2S1 P2B1
P2U2 P2T2
P2S2 P2B2
8 P2
P2U2 P2T2
P2S2 -
3 P3
P3U1 P3T1
P3S1 P3B1
P3U2 P3T2
P3S2 P3B2
8 P3
P3U1 P3T1
- P3B1
P3U2 -
P3S2 P3B2
6 P4
P4U1 P4T1
P4S1 P4B1
P4U2 P4T2
P4S2 P4B2
8 Total
41 Keterangan : U, T, S, B secara berturut-turut adalah sektor arah mata angin utara,
timur, selatan, barat. Angka dibelakangnya 1=bawah, 2=atas. [-] artinya tidak ada data.
Amplifikasi DNA manggis Wanayasa dengan menggunakan 10 primer hasil seleksi Tabel 4, menghasilkan jumlah pitasampelprimer bervariasi antara
2-7 pita. Jumlah pita secara keseluruhan berjumlah 47 pita dengan ukuran fragmen DNA yang teramplifikasi berkisar 250 - 1500 bp. Jumlah pita yang
dihasilkan oleh tiap primer tergantung pada sebaran situs yang homolog dengan sekuen primer dari DNA cetakan yang terjadi secara berulang. Setiap primer
biasanya dapat menempel secara serentak pada beberapa situs homolog yang tersebar di dalam DNA cetakan, dan hasil pemanjangan primer tersebut ukurannya
bervariasi. Oleh karena itu hasil elektroforesis yang teramati dalam agarose memperlihatkan beberapa pita dengan ukuran berbeda. Jumlah pita DNA yang
terdeteksi dalam setiap primer tergantung pada urutan basa dari primer dan ada
tidaknya variasi dalam genotip tertentu. Perbedaan jumlah dan ukuran pita menentukan tingkat keragaman genetik manggis Wanayasa.
Tabel 4 Data primer dan jumlah pita hasil amplifikasi dengan teknik ISSR
Primer Ukuran pita
bp Jumlah pita
Jumlah pita DNA Monomorfik
Polimorfik PKBT 2
250-1000 3
3 PKBT 3
500-1500 7
7 PKBT 4
250-1000 7
7 PKBT 5
500-1500 6
6 PKBT 6
500-1000 4
4 PKBT 7
250-1500 6
4 2
PKBT 9 250-1000
6 1
5 PKBT 11
500-1500 4
4 ISSRED 14
500-750 2
2 ISSRED 18
500-750 3
3 47100
1429.79 3370.21
Berdasarkan hasil yang diperoleh pita DNA terbagi dalam dua kelompok, yaitu pita yang menununjukkan polimorfik dan pita monomorfik. Tabel 4
memperlihatkan bahwa dari 47 pita yang dihasilkan oleh 10 primer dengan menggunakan penanda ISSR diperoleh 33 70.21 pola pita polimorfik dan 14
29.79 pola pita monomorfik. Tingkat polimorfisme manggis dengan penanda ISSR lebih rendah jika dibandingkan dengan menggunakan penanda lain seperti
RAPD dan AFLP yang telah dilakukan oleh Sinaga 2008 menunjukkan dengan penanda RAPD dan AFLP adalah 100, Mansyah 2002 dengan RAPD sebesar
82.35. Hal ini disebabkan oleh jenis primer dan penggunaan jumlah primer yang lebih sedikit pada analisis dengan teknik RAPD dan AFLP.
Lima primer dari sepuluh primer yang digunakan menunjukkan tingkat polimorfisme yang tinggi sebesar 100 yaitu primer PKBT 3, PKBT 4, PKBT 5,
PKBT 6, dan ISSRED 18. Kelima primer tersusun atas ulangan sekuen adenin dan
guanin. Adenin dan guanin penyusun dari basa purin. Hal ini menegaskan bahwa secara alami DNA manggis kebanyakan tersusun dari basa purin. Empat dari
kelima primer menunjukkan tipe ISSR primer anchored dengan adenin atau timin pada ujung 3’. Kedua basa tersebut cenderung memiliki ikatan kurang stabil
karena terdiri dari dua ikatan hidrogen, jika dibandingkan guanin dengan citosin yang memiliki tiga ikatan hidrogen.
4.4 Analisis Konsistensi dan Keragaman Genetik Antar Generasi
Kategori