3.5 Nilai Harapan
Nilai Penduga terhadap adalah
| ∑
| ∑
∑ ,
| ∑
∑ |
| ∑
∑ |
∑ ∑
.
3.5 Algoritme Pendugaan Parameter
Diketahui parameter model berbentuk , 1
, ,
, 1 , 1
.
Akan ditentukan parameter baru , 1
, , ̂
, 1 , 1
, yang memaksimumkan pseudo-loglikelihood bersyaratnya. Algoritme untuk
menduga parameter tersebut diperoleh dari Setiawaty dan Kristina 2005 dengan beberapa penambahan langkah sebagai berikut:.
Langkah 1:
Tetapkan N banyaknya state penyebab kejadian, T banyaknya data dan input data
.
Langkah 2:
Untuk N = 1 sampai dengan kriteria terpenuhi, maka tentukan nilai awal untuk:
dengan dan memenuhi
dan ∑
1.
Langkah 3:
Lakukan untuk 1 sampai dengan .
1 Tetapkan nilai awal untuk proses pendugaan : vektor unit di
. 2
Lakukan untuk sampai dengan
1 a. Hitung penduga rekursif smoother
,
∑
,
, .
,
∑
,
, .
,
∑
,
, .
,
∑
,
, . di mana
∏
,
, 1 dengan 1 1,1, … ,1
. b. Hitung penduga parameter
1 ̂
1 .
c. Tuliskan 1 .
d. Tentukan 1 dari
1 1
1 . e. Ulangi a sampai dengan d untuk k berikut.
3. Berikan nilai 1
1 1
. 4. Ulangi 1 sampai 3 untuk l berikutnya.
Langkah 4
Hitung nilai ∑
∑ .
Langkah 5
Hitung nilai
1
∑ ∑
.
Langkah 6
Untuk 1 sampai dengan T cetak .
BAB IV APLIKASI MODEL
HIDDEN MARKOV DISKRET PADA DNA
Pada Bab ini dijelaskan mengenai DNA cendawan pada spesies Aspergillus niger
[
http:www.ncbi.nlm.gov 06052009] sebagai data input yang digunakan
sebagai data pengamatan dan akan dibahas aplikasi model Hidden Markov diskretnya. Untuk memudahkan perhitungan dan analisis data, dibuat program
komputasi berbasis pemprograman fungsional menggunakan Mathematica 7.0.
4.1 DNA Sebagai Materi Genetik DNA
Asam deoksiribonukleat , lebih dikenal dengan DNA deoxyribonucleic acid,
adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum
bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus dan virus tidak termasuk organisme seperti HIV Human
Immunodeficiency Virus. DNA merupakan molekul paling terkenal saat ini, sebab molekul ini merupakan substansi penurunan sifat. Faktor-faktor turunan
Mendel dan gen-gen Morgan mengenai kromosom sesungguhnya tersusun dari
DNA dan dapat disimpulkan bahwa DNA merupakan bahan dasar penyusun gen.
Struktur DNA
Serangkaian studi genetik yang dikombinasikan dengan studi kimia, telah membawa kepada kesimpulan bahwa material genetik disusun oleh asam nukleat,
yaitu Asam deoksiribonukleat DNA atau Asam Ribonukleat RNA. Asam Deoksiribonukleat merupakan molekul kompleks yang dibentuk oleh 3 macam
Kategori