UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
sedangkan pada suhu diatasnya menunjukkan pita-pita yang semakin samar yang disebabkan oleh semakin sedikitnya jumlah DNA yang teramplifikasi. Suhu
annealing primer babi yang kemudian digunakan untuk proses PCR selanjutnya adalah 51
o
C.
Gambar 6. Elektroforesis produk PCR konvensional hasil optimasi suhu annealing primer sapi pada untai DNA daging sapi dengan
menggunakan metode gradien PCR.
Gambar 6 menunjukkan pita juga yang hampir sama tebal pada rentang suhu 50-58
o
C, dimana pada lajur 4 dengan suhu 56
o
C, pita terlihat sedikit lebih tebal dibandingkan dengan yang lainnya, sehingga suhu yang digunakan sebagai suhu
annealing primer sapi untuk pengujian selanjutnya.
4.2.2. Uji Spesifitas Primer Babi dengan DNA Daging Babi dan DNA Daging Sapi
Setelah penentuan suhu annealing primer sapi dan babi, kedua primer ini diuji spesifitasnya. Primer sapi dapat dikatakan primer spesifik jika hanya dapat
mengamplifikasikan DNA daging sapi saja, begitu juga dengan primer babi.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada gambar 7a. dapat terlihat adanya pita DNA daging sapi pada lajur dua. Hal ini menunjukkan bahwa pada suhu annealing 51
o
C, primer babi dapat mengamplifikasi DNA daging sapi. Banyaknya siklus dapat menyebabkan
amplifikasi nonspefisik Bio-Rad, 2006. Sehingga, dilakukan pengujian spesifitas ulang dengan menaikkan suhu annealing dan mengurangi jumlah siklus PCR yang
digunakan menjadi 25. Gambar 7a. Elektroforesis uji spesifitas primer babi
dengan DNA daging babi dan DNA daging sapi pada suhu annealing 51
o
C.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Gambar 7b. Elektroforesis uji spesifitas primer babi dengan DNA daging babi dan DNA daging sapi pada suhu annealing 53
o
C.
Gambar 7b. menunjukkan bahwa DNA daging sapi tidak lagi teramplifikasi dengan primer babi, sehingga dapat dikatakan primer babi spesifik
mengamplifikasi DNA daging babi pada suhu annealing 53
o
C dan jumlah siklus 25.
4.2.3. Uji Spesifitas Primer Sapi dengan DNA Daging Sapi dan DNA Daging Babi
8a. 8b.
Gambar 8a. dan 8b. Elektroforesis uji spesifitas primer sapi dengan DNA daging sapi dan DNA daging babi pada suhu annealing 56
o
C dan 62
o
C.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada gambar 8a. dan 8 b. terdapat pita yang menunjukkan bahwa DNA daging babi dapat teramplifikasi hingga suhu annealing 62
o
C oleh primer sapi.
Gambar 8c. Elektroforesis uji spesifitas primer sapi dengan DNA daging sapi dan DNA daging babi pada suhu annealing
63
o
C.
Gambar 8c. menunjukkan bahwa DNA daging babi tidak lagi teramplifikasi dengan primer sapi, sehingga dapat dikatakan primer sapi spesifik
mengamplifikasi DNA daging sapi pada suhu annealing 63
o
C dan jumlah siklus 25 Lampiran 3.
4.2.4. Uji Sensitivitas Primer Sapi dan Primer Babi.
