UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
primer sapi pada daging sapi menghasilkan panjang produk 128 pasang basa. Waktu reaksi PCR berjalan selama 100 menit dan jumlah siklus yang digunakan
yaitu 35.
4.2.1. Optimasi Suhu Annealing Primer Babi dan Primer Sapi dengan PCR
Konvensional
Optimasi suhu annealing merupakan salah satu kriteria parameter yang penting untuk keberhasilan PCR. Optimasi suhu annealing bertujuan untuk
menghindari mispriming yang terjadi bila suhu annealing terlalu rendah, tidak teramplifikasinya DNA bila suhu annealing terlalu tinggi, dan meningkatkan
spesifitas produk PCR Dale Malcom, 2002; Prezioso Jahns, 2013. Suhu annealing dapat ditentukan dengan menghitung Tm dimana biasanya suhu
annealing 5
o
C di bawah Tm primer yang sebenarnya. Namun, dalam pelaksanaan amplifikasi DNA pada PCR, terkadang suhu annealing yang digunakan
berdasarkan perhitungan tidak menunjukkan hasil yang optimal. Sehingga, dilakukan metode gradien PCR, suatu metode yang memungkinkan untuk
melakukan PCR sampai dengan dua belas suhu denaturasi, annealing, dan elongasi yang berbeda dalam satu kali run PCR Prezioso Jahns, 2013.
Gradien suhu annealing dan siklus PCR yang digunakan adalah 50-65
o
C dan 35 siklus.
Gambar 5. Elektroforesis produk PCR konvensional hasil optimasi suhu annealing primer babi pada untai DNA daging babi dengan
menggunakan metode gradien PCR Pada gambar 5, hasil elektroforesis PCR untuk optimasi suhu annealing
primer babi menunjukkan pita yang sama tebal pada rentang suhu 50-58
o
C,
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
sedangkan pada suhu diatasnya menunjukkan pita-pita yang semakin samar yang disebabkan oleh semakin sedikitnya jumlah DNA yang teramplifikasi. Suhu
annealing primer babi yang kemudian digunakan untuk proses PCR selanjutnya adalah 51
o
C.
Gambar 6. Elektroforesis produk PCR konvensional hasil optimasi suhu annealing primer sapi pada untai DNA daging sapi dengan
menggunakan metode gradien PCR.
Gambar 6 menunjukkan pita juga yang hampir sama tebal pada rentang suhu 50-58
o
C, dimana pada lajur 4 dengan suhu 56
o
C, pita terlihat sedikit lebih tebal dibandingkan dengan yang lainnya, sehingga suhu yang digunakan sebagai suhu
annealing primer sapi untuk pengujian selanjutnya.
4.2.2. Uji Spesifitas Primer Babi dengan DNA Daging Babi dan DNA Daging Sapi
