Amplification Jalur Utama
3.3.1. Amplification Jalur Utama
Untuk Parameter W, maka d = 5 dan panjang lintasannya dapat dicari dengan O_S_W 5, artinya setengah kode DNA
Jalur Alternatif
sebelah kanan dari parameter W(TT) + semua kode DNA yang
W-X-Y-Z
panjang rusuknya 5 (CTGACTGACTGACTG) + setengah kode TTTCTTCGTCGTAGGTCTTCGTCGGCCGACGACGTTAATTGTAGAAATT
AG
sebelah kiri dari simpul W(TA) sehingga parameter tersebut
W-3-X-3-Y-4-Z-1
memiliki panjang untaian (TTCTGACTGACTGACTG TA).
ATAAAGAAGCAGCCGCCAGAAGCAGCTGCTGCAATTAACAGCTCTTTT
Untuk Parameter X, maka d = 2 dan panjang lintasannya dapat
dicari dengan O_S_X 2, artinya setengah kode DNA sebelah kanan dari parameter X(GG) + semua kode DNA yang
3.5. Operasi Melting
panjang rusuknya 2(TCGATT) + setengah kode sebelah kiri dari Berikutnya pada tahap keempat, setelah proses amplification simpul X(GC) sehingga parameter tersebut memiliki panjang
selesai pada tabung reaksi. Untaian tersebut kemudian di untaian (GGTCGATTGC).
melting yaitu memisahkan untaian ganda menjadi untaian Untuk Parameter Y, maka d = 1 dan panjang lintasannya dapat
tunggal.
dicari dengan O_S_Y 1, artinya semua kode DNA parameter Y(GTCG) + semua kode DNA yang panjang
ATAAGACTGACTGACTGACCGCCAGCTAACAGCTTATCTTAGAAGCAG
rusuknya 1(ATT) + setengah kode sebelah kiri dari simpul
Y(GT) sehingga parameter tersebut memiliki panjang untaian ATAAAGAAGCAGCCGCCAGAAGCAGCTGCTGCAATTAACAGCTCTTTT
(GTCGATTGT). Untuk Parameter Z, maka d = 3 dan panjang lintasannya dapat
3.6. Operasi Detection
dicari dengan O_S_Z 3, artinya setengah kode DNA Tahap terakhir, semua untaian pada tahap sebelumnya sebelah kanan dari parameter Z(AA) + semua kode DNA yang
panjang rusuknya 3(TCTTCGTCG) + setengah kode sebelah dipisahkan menurut panjangnya melalui gel electrophoresis. Disini juga terjadi proses detection untuk memeriksa untaian
kiri dari simpul Z(AG) sehingga parameter tersebut memiliki yang terpendek, maka didapatkan untaian atau jalur optimal panjang untaian (AA TCTTCGTCGAG).
tersebut adalah,
Parameter Alias Bob ot
Untaian
Populasi
Untaian Jalur Utama
Penumpang W
ATAAGACTGACTGACTGACCGCCAGCTAACAGCTTATCTTAGAAGCAG Waktu Tempuh
5 TTCTGACTGACTGACTGTA
Ke titik B
X 2 GCTCGATTGG
Untaian Jalur Alternatif
Tumpukan Angkutan
1 GTCGATTGT
ATAAAGAAGCAGCCGCCAGAAGCAGCTGCTGCAATTAACAGCTCTTTT A
Jumlah Penumpang
3 AATCTTCGTCGAG
Tabel 3. Untaian Untuk Jalur Utama
Dari kedua untaian tersebut dapat diketahui Kedua jalur baik jalur alternatif maupun jalur utama untuk contoh kasus di atas memiliki peluang dan potensiyang sama guna mendapatkan
solusi optimal/penumpang optimal. Untuk Parameter W, maka d = 3 dan panjang lintasannya dapat
3.3.2 Amplification Jalur Alternatif
dicari dengan O_S_W 3, artinya setengah kode DNA sebelah kanan dari parameter W(TT) + semua kode DNA yang
3.7 Pseudocode Algoritma DNA
panjang rusuknya 3(TCTTCGTCG) + setengah kode sebelah
a) Pseudocode Amplification
kiri dari simpul W(TA) sehingga parameter tersebut memiliki
Procedure amplificatioan( no , kodeDNAP , bobot ,
panjang untaian (TT TCTTCGTCG TA).
kodeDNAB )
Untuk Parameter X, maka d = 3 dan panjang lintasannya dapat
If bobot = 1 Then
untaian(no) = kodeDNApara) & kodeDNAB &
dicari dengan O_S_X 3, artinya setengah kode DNA
Left(kodeDNAP, 2)
sebelah kanan dari parameter X(GG) + semua kode DNA yang
Else
panjang rusuknya 3(TCTTCGTCG) + setengah kode sebelah
untaian(no) = Mid(kodeDNApara, 3,
kiri dari simpul X(GC) sehingga parameter tersebut memiliki &kodeDNAbobot&left(kodeDNApara, 2)
End If
panjang untaian (GGTCTTCGTCGGC).
2. Pemilihan jalur optimal apakah jalur utama maupun jalur
b) Pseudocode ligation
alternatif sangat dipengaruhi oleh tiap-tiap bobot parameter
ligation(lokasiUtama)
3. Pemilihan
proses-proses
Algortima DNA sangat
i=1 While I < Jumlahparameter
mempengaruhi tingkat ketepatan dari kasus yang diteliti.
DnaLigationUtama = DnaLigationUtama) & untaian(i) KompLigationUtama = KompLigationUtama) &
5 PUSTAKA
Kompparameter(i) & bobot
i=i+1
[1] Hadijah. 2010. Penggunaan algoritma dna untuk
Wend
menyelesaian masalah lintasan hamilton. universitas