3 Ekstension Ekstension merupakan tahap polimerisasi nukleotida oleh enzim Taq ADN
polimerase. Reaksi polimerisasi nukleotida dimulai dari ujung 5’ – fosfat dan
berakhir pada ujung 3’ gugus hidroksil OH. Suhu yang digunakan pada tahap ini berkisar antara 70 – 74
o
C karena pada selang suhu tersebut enzim Taq ADN polimerase bekerja optimum. Lamanya tahap ekstention berkisar dari 1 – 2 menit.
Jika waktu pada tahap ini terlalu lama akan menghasilkan produk amplifikasi yang tidak spesifik Saiki et al. dalam Yonatan,1998. Pembagian tahapan dan
ilustrasi proses disajikan dalam Gambar 1.
Gambar 1
Prinsip Kerja PCR Sumber: Rimbawanto 1999
2.7. Random Amplified Polymorphic DNA RAPD
RAPD adalah metode untuk mendeteksi dengan cepat genomic polymorphisms
. Teknik ini menggunakan oligonucleotida - primer tunggal dan pendek yang akan menempel secara acak - random dalam proses PCR low
stringency , menghasilkan serangkaian produk untuk dianalisis dengan gel
elektroforesis. RAPD digunakan untuk berbagai bidang antara lain : 1Analisis
keanekaragaman, 2 Hubungan antar filogenetik, 3 Identifikasi dan verifikasi galur, 3 Kesehatan dan Epidemiologi, 4 Teknologi Pangan dan 5 Ekologi
Molekuler. Metode RAPD juga dapat diterapkan dalam penelitian pada bakteri, jamur, serangga, tanaman, alga, dan manusia.
Dengan menggunakan RAPD dapat dibuktikan bahwa hasil yang didapat dapat diandalkan, canggih, dan sangat cepat. Adapun fitur utama RAPD adalah:
1 Digunakan secara umum sehingga ADN apa saja dapat dikelompokkan tanpa perlu mengetahui urutan basa. 2 Sederhana karena tidak memerlukan ADN
dalam jumlah besar dan lebih menghemat tenaga. 3 Kecepatan, untuk dapat mengetahui hasil amplifikasi hanya 6-8 jam. 4 Keterulangan yang tinggi, yang
tergantung pada komposisi buffer, konsentrasi Mg
++
, pilihan enzim ADN Polymerase, kualitas Nukleotida ADN. 5 Resolusi Tinggi, Pemisahan
potongan ADN pada gel agarose yang sangat tipis memungkinkan tercapainya resolusi tertinggi dalam elektroforesis manual. Jika deteksi menggunakan
pewarna perak – silver, setiap potongan ADN dengan kisaran 50-200 basa, akan tampak dengan jelas. Para peneliti ilmu biologi telah membuat kemudahan
dengan menyediakan gel siap pakai, bahan kimia elektroforesis yang dapat diandalkan dan sistem pewarnaan perak otomatis.
Metode RAPD pernah digunakan untuk membedakan secara genetik 15 jenis Mulbery genus Morus yang berasal dari beberapa daerah antara lain Asia, Eropa,
Amerika Utara, Amerika Selatan dan Afrika pada tahun 2001. Mulbery merupakan jenis yang daerah sebaran alaminya luas dan memiliki jumlah spesies
bahkan varietas yang banyak, sehingga banyak terjadi kesamaan fenotip. Dari hasil penelitian tersebut disimpulkan bahwa metode RAPD dapat digunakan untuk
pengklarifikasian diagnosis jenis berdasarkan fenotipe.
III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian
