Laut Banda didorong ke arah Laut Flores, kemudian ke Laut Jawa dan Selat Makassar didorong oleh angin yang datang dari barat menyebrangi Laut Flores
menuju Laut Banda. Adanya variabilitas ARLINDO terhadap ruang dan waktu, sangat
berpengaruh terhadap estimasi transport, fluks bahang, dan air tawar dai ARLINDO. Waktu terjadinya puncak transpor maksimum ARLINDO pada pintu
masuk dan pintu keluar, diperkirakan terjadi pada waktu yang berbeda, sehingga diduga terjadi penyimpanan massa air di perairan Indonesia Ffield dan Gordon,
1992. Akibat dinamika regional di Samudera Pasifik, Samudera Hindia, dan
perairan Indonesia, maka aliran ARLINDO mengalami variasi dari skala waktu dalam semusim 30-60 hari, antar musiman sampai antar tahuan. Bagian barat
daerah tropis Samudera Pasifik sangat dipengaruhi fenomena iklim El Nino Southern Oscillation
ENSO, sementara Samudera Hindia berasosiasi dengan sistem Muson dan fenomena dipole mode Saji et al., 1999.
2.2. Fitoplankton dan Klorofil-a
Fitoplankton sebagai tumbuhan yang mengandung pigmen klorofil mampu melaksanakan reaksi fotosintesis di mana air dan karbon dioksidasi dengan
bantuan sinar surya dan unsur hara dapat menghasilkan senyawa organik seperti karbohidrat. Dengan kemampuan membentuk zat organik dari zat anorganik,
fitoplankton disebut sebagai produsen primer. Fitoplankton yang subur umumnya terdapat di perairan sekitar muara sungai, perairan pesisir atau diperairan lepas
pantai di mana terjadi proses naiknya massa air dalam upwelling. Pada daerah upwelling
, zat hara yang kaya terangkat dari lapisan dalam ke arah permukaan
Nontji, 2005. Tingginya kandungan klorofil-a pada lapisan permukaan diduga disebabkan adanya pengaruh dari faktor cahaya dibanding lapisan bawahnya,
sehingga pada lapisan permukaan, laju fotosintesis dapat berlangsung lebih cepat Afdal dan Riyono, 2004
Klorofil-a merupakan katalisator yang esensial dalam proses berlangsungnya fotosintesis. Laju fotosintesis yang terjadi di dalam laut yang
mendapat penyinaran dengan intensitas cahaya tertentu adalah merupakan fungsi dari klorofil-a diperairan tersebut, apabila faktor-faktor lain tidak merupakan
faktor pembatas limiting factor. Selain sebagai katalisator klorofil-a juga berfungsi menyerap energi cahaya kinetic energy yang dapat digunakan dalam
proses fotosintesi yakni cahaya dengan luas spektrum yang hampir sama dengan cahaya tampak visible light dengan panjang gelombang 390-760 nm Riyono,
2006. Menurut Basmi 1995 klorofil-a merupakan jenis pigmen terbesar yang
terkandung dalam fitoplankton. Selain itu fitoplankton juga dilengkapi pigmen- pigmen pelengkap sebagai alat tambahan bagi klorofil-a dalam mengabsorpsi
sinar. Menurut Sunarto 2008 produktivitas primer perairan pada dasarnya
bergantung kepada aktivitas fotosintesis dari organisme autotrop yang mampu mentransformasi CO2 menjadi bahan organik dengan bantuan sinar matahari.
Fotosintesis adalah proses fisiologis dasar yang penting bagi nutrisi tanaman. Persamaan umum proses fotosintesis yang terjadi pada tumbuhan hijau
fitoplankton adalah sebagai berikut: 6CO
2
+ 6H
2
O
↔
C
6
H
12
O
6
+ 6O
2
........................................................................1
Selain faktor utama klorofil-a, faktor yang lainya mempengaruhi proses fotosintesis dan tentu saja produktivitas primernya adalah keberadaan cahaya dan
nutrien. Kedua faktor ini menentukan distribusi spasial maupun temporal fitoplankton. Faktor-faktor ini harus berada pada tempat dan yang waktu secara
bersamaan. Nutrien yang tinggi yang menempati lapisan dimana cahaya tidak dapat menembus zona afotik lagi, tidak bermanfaat bagi proses fotosintesis.
Sebaliknya pada lapisan permukaan dimana intensitas cahaya berlimpah, fotosintesis tidak dapat berjalan sempurna tanpa adanya nutrien. Oleh karena itu
mekanisme alami telah mempertemukan kedua faktor itu antara lain melalui proses upwelling Sunarto, 2008.
2.3. Suhu Permukaan Laut SPL
