52
HASIL DAN PEMBAHASAN
1 Hasil penelitian karakterisasi gen HD-Zip 1.1 Penapisan gen HD-Zip tanaman padi yang merespon cekaman
Penapisan gen HD-Zip tanaman padi terhadap sejumlah cekaman abiotik dilakukan untuk mengidentifikasi gen HD-Zip yang responsif terhadap cekaman
abiotik tertentu. Sebanyak 26 gen HD-Zip padi Oryza O.
sativa homeobox
Oshox telah berhasil diidentifikasi melalui eksplorasi genom padi. Tujuh gen Oshox
lainnya yaitu Oshox1 sampai Oshox-
7 telah diidentifikasi oleh Meijer et al. 1997. Gen HD-Zip baik yang berasal dari eksplorasi pada database di
Gene Bank
Gen maupun yang berasal dari Meijer et al. 1997 total 33 gen
digolongkan ke dalam famili I, II, dan III. Ke-33 gen HD-Zip tersebut secara rinci
disajikan pada Tabel 6. Sedangkan gG en HD-Zip diklasifikasikan menjadi empat
famili I-IV berdasarkan pola urutan DNA khusus yang diikatnya Tabel 1. Diskripsi ke33 gen HD-Zip tersebut secara rinci disajikan pada Tabel 6.
Tabel 6 menunjukkan bahwa gen Oshox
1 sampai -
33 yang berhasil diekplorasi tersebar hampir pada semua kromosom padi padi memiliki 12
kromosom, yaitu kromosom 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, dan 12 dengan pola
penyebaran yang tidak merata . Pada kromosom yang sama bisa ditemukan gen
Oshox lebih dari satu famili, misalnya pada kromosom 10 ditemukan gen Oshox1
dari Famili II, gen Oshox8 dari Famili I, dan Oshox9 dari Famili III. Tidak ada satupun dari gen Oshox yang telah dieksplorasi berasal dari Famili IV.
Sejumlah gen Oshox yang d i
eksplorasi dapat diakses pada nomor aksesi tertentu sementara sebagian yang lain
nya masih merupakan data in silico. Kultivar
yang dipakai sebagai sumber DNA gen Oshox pada Gene
Bank Gen
adalah Pokali, Nipponbare, dan kultivar Indica
.
1.2 Respon gen HD-Zip padi terhadap cekaman abiotik
Respon beberapa gen HD-Zip pada berbagai kultivar padi dianalisis pada sejumlah cekaman abiotik pada tingkat transkripsi menggunakan analisis
Northern. Cekaman abiotik yang diberikan adalah kekeringan, salinitas, kejut- panas, dan pemberian hormon tanaman asam absisat. Beberapa gen seperti salT
dan Oshsp16.9 dipakai sebagai kontrol kondisi cekaman yang diberikan.
Formatted: Font: I talic
Formatted: Portuguese Brazil
53
Tabel 6 Distribusi gen-gen HD-Zip famili I, II, dan III
pada kromosom padi
Oryza O.
sativa
No. Gen
Famili Kr omosomms
Aksesi Sumber
Klon
1 Oshox 1
II2 10
X96681X9668_1 Indica
IR58 2
Oshox 2 II2
6 AF145726AF14572_6
Indica IR58
3 Oshox 3
II2 1
AF145727AF14572_7 Indica
IR58 4
Oshox 4 1I
9 AF145728AF14572_8
Indica IR58
5 Oshox 5
I1 8
AF145729AF14572_9 Indica
IR58 6
Oshox 6 I1
9 AF145730AF14573_0
Indica IR58
7 Oshox 7
II2 2
AF145731AF14573_1 Indica
IR58 8
Oshox 8 I1
10 AY554036AY554036_
Japonica Nipponbare
S1802S1802_ 9
Oshox 9 3III
10 AY554037AY554037_
Japonica Nipponbare
S10307S10307_ 10
Oshox 10 III3
3 AY554035AY554035_
Indica Pokali
OC03C08OC03C08_ 11
Oshox 11 II2
9 AY554038AY554038_
Japonica Nipponbare
12 Oshox 12
I1 3
AY554034AY554034_ Indica
Pokali OG05G01OG05G01_
13 Oshox 13
I1 3
AY554032AY554032_ Japonica
Nipponbare R10191R10191_
14 Oshox 14
I1 7
AY559047AY559047_ Japonica
Nipponbare C51865C51865_
15 Oshox 15
II2 10
16 Oshox 16
I1 2
AY554029AY55402_9 Japonica
Nipponbare R4057R4057_
17 Oshox 17
II2 4
18 Oshox 18
II2 6
19 Oshox 19
II2 3
AY554031AY55403_1 Japonica
Nipponbare S6489S648_9
20 Oshox 20
I1 8
21 Oshox 21
I1 3
22 Oshox 22
I1 4
AY554030AY55403_0 Japonica
Nipponbare S21914S2191_4
23 Oshox 23
I1 10
24 Oshox 24
I1 2
25 Oshox 25
I1 9
26 Oshox 26
II2 2
Formatted Table
... [ 2]
Formatted
... [ 3]
Formatted
... [ 4]
Formatted
... [ 5]
Formatted
... [ 6]
Formatted
... [ 7]
Formatted
... [ 8]
Formatted
... [ 9]
Formatted
... [ 10]
Formatted
... [ 11]
Formatted
... [ 12]
Formatted
... [ 13]
Formatted
... [ 14]
Formatted
... [ 15]
Formatted
... [ 16]
Formatted
... [ 17]
Formatted
... [ 18]
Formatted
... [ 19]
Formatted
... [ 20]
Formatted
... [ 21]
Formatted
... [ 22]
Formatted
... [ 23]
Formatted
... [ 24]
Formatted
... [ 25]
Formatted
... [ 26]
Formatted
... [ 27]
Formatted
... [ 28]
Formatted
... [ 29]
Formatted
... [ 30]
Formatted
... [ 31]
Formatted
... [ 32]
Formatted
... [ 33]
Formatted
... [ 34]
Formatted
... [ 35]
Formatted
... [ 36]
Formatted
... [ 37]
Formatted
... [ 38]
Formatted
... [ 39]
Formatted
... [ 40]
Formatted
... [ 41]
Formatted
... [ 42]
Formatted
... [ 43]
Formatted
... [ 44]
Formatted
... [ 45]
Formatted
... [ 46]
Formatted
... [ 47]
Formatted
... [ 48]
Formatted
... [ 49]
Formatted
... [ 50]
Formatted
... [ 51]
Formatted
... [ 52]
Formatted
... [ 53]
Formatted
... [ 54]
54
27 Oshox 27
I1 8
AY559049AY55904_9 Japonica
Nipponbare 28
Oshox 28 II2
6 AY554033AY554033_
Japonica Nipponbare
S6329S6329_ 29
Oshox 29 III3
1 AY559050AY55905_0
Japonica Nipponbare
30 Oshox 30
II2 10
AY559048AY55904_8 Japonica
Nipponbare 31
Oshox 31 II2
10 32
Oshox 32 III3
3 AY559044AY55904_4
Japonica Nipponbare
33 Oshox 33
III3 12
1.2 Respon gen HD-Zip padi terhadap cekaman abiotik
