37
agarose dan 10 10x MOPS Memelink et al. 1994. RNA diisolasi berdasarkan Chomczynski dan Sacchi 1987 menggunakan bufer ekstraksi yang terdiri dari 4
M guanidium thiosianat, 20 mM sodium sitrat, 0.5 sarkosyl, 0.1 M β-
mercaptoethanol. Total RNA sebanyak 10
μg dari bibit padi berdaun empat dipakai untuk tiap sumur. Hibridisasi untuk Northern blot dilakukan berdasarkan
Memelink et al. 1994. Berdasarkan analisis Northern dipilih salah satu gen HD- Zip padi yang memperlihatkan respon terhadap cekaman kekeringan untuk tujuan
karakterisasi. Beberapa gen seperti salT dan Oshsp16.9 dipakai
untuk mengontrol kondisisebagai kontrol
cekaman yang diberikan. Gen salT terekspresi kuat pada saat cekaman osmosis seperti kekeringan, salinitas, dan ABA Claes et al. 1990.
Gen salT merupakan gen ideal yang dapat dipakai sebagai kontrol untuk
mengontrol pemberian kekeringan pada tanaman padi. Gen Oshsp16.9 terinduksi
kuat pada saat cekaman kejut-panas . selanjutnya dipilih untuk mengontrol proses
cekaman kejut-panas yang diberikan.
3.1.2 Karakterisasi gen HD-Zip yang responsif kekeringan
Berdasarkan penapisan gen-gen HD-Zip tanaman padi, dipilih satu gen HD- Zip yang memperlihatkan respons terhadap kekeringan yaitu gen Oshox4 sebagai
gen yang akan dikarakterisasi. Urutan asam amino protein Oshox4 disejajarkan dengan protein Antp dan bZip untuk mendapatkan gambaran kesamaan urutan
nukleotida dengan protein homeobox dan daerah motif leusin zipper. Selanjutnya karakterisasi gen dilakukan dengan membuat padi transgenik dari padi kultivar
Nipponbare dan ArabidopsisA. thaliana
melalui tiga buah pendekatan yaitu analisis peningkatan, penurunan, dan pola ekspresi gen Oshox4.
A Meningkatkan ekspresi gen Oshox4 di bawah kendali promoter konstitutif
dari 35S CaMV A.1 Konstruksi gen 35S-
Oshox4
Untuk meningkatkan ekspresi gen Oshox4 maka promoter dari gen Oshox4 disubstitusi dengan promoter dari 35S-CaMV Gambar 11 sesuai dengan
prosedur yang didiskripsikan oleh Sambrook dan Russel 2001 , yang
selanjutnya
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
38
disebut 35S-Oshox4. Promoter 35S dari CaMV difusikan dengan cDNA dari gen yang dianalisis Oshox4. Poly-A dari 35S digunakan sebagai terminator.
Fragmen cDNA Oshox4 dari pSKBlueScript disisipkan pada sisi KpnIEcoRI vektor pRT104 yang mengandung promoter 35S ganda dan polyA dari 35S
sebagai terminator. Cassette lengkap 35S ganda-Oshox4-polyA 35S disisipkan pada vektor biner pC1300 pada sisi HindIII.
Manipulasi atau penggandaan plasmid biner pC1300 dilakukan dengan memasukkan plasmid ke dalam bakteri E.coli strain DH5
α. Plasmid diintroduksi pada E. coli yang kompeten dengan menggunakan cara kejut panas seperti
dijelaskan dalam Sambrook dan Russel 2001. Bakteri E.coli dikulturkan sampai mencapai OD
600
= 0.3-0.4 pada media LB cair. Suspensi bakteri diendapkan dengan sentrifugasi dan diresuspensi pada 50 mM CaCl
2
seperdelapan volume awal. Suspensi bakteri pada 50mM CaCl
2
disentrifugasi dan endapan sel bakteri diresuspensi pada 50mM CaCl
2
mengandung 15 gliserol seperduapuluh-lima volume awal. Sebanyak 200
μl sel suspensi bakteri dipakai untuk proses transformasi plasmid ke dalam bakteri
AgrobacteriumA. tumefaciens .
Plasmid dimasukkan ke dalam AgrobacteriumA. tumefaciens
strain LBA4404 untuk transformasi tanaman padi dan LBA1115 untuk transformasi
tanaman ArabidopsisA. thaliana
dengan menggunakan metode tri-parental mating
. E. coli strain pRK2013 digunakan sebagai helper untuk memindahkan vektor biner dari E. coli DH5
α ke
Agrobacterium A. tumefaciens
LBA4404 dan LBA1115. Tiga kultur bakteri yang terdiri dari E.coli dengan plasmid biner,
bakteri helper, dan Agrobacterium A. tumefaciens
yang akan menjadi inang dicampurkan selama 16 jam pada suhu ruang. Campuran bakteri dikulturkan pada
medium agar LB dengan antibiotik yang sesuai untuk plasmid rekombinan untuk mendapat koloni tunggal. Kultur bakteri diinkubasi pada suhu 28
o
C selama tiga hari. Koloni tunggal mengandung plasmid rekombinan diverifikasi dengan
menggunakan gel agarose elektroforesis.
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
39
Gambar 11 Peta restriksi dari konstruksi untuk meningkatkan ekspresi gen
Oshox 4, 35S-Oshox4. Oshox4: cDNA koordinat 1-1197, 35S
terminator: polyA dari 35S. 2 x 35S promoter: promoter ganda yang terdiri dari dua buah promoter 35S.
A.2 Transformasi 35S- Oshox4 ke tanaman padi dan
ArabidopsisA. thaliana A.2.1 Transformasi 35S-
Oshox4 ke tanaman padi
Kultur Agrobacterium A.
tumefaciens strain LBA4404 yang
mengandung konstruksi gen 35S-Oshox4 ditumbuhkan pada medium ko-kultivasi mengandung asetosiringon 100 mM sampai OD = 1. Populasi bakteri ini
selanjutnya dipakai untuk proses transformasi. Transformasi T-DNA
AgrobacteriumA. tumefaciens ke tanaman padi dilakukan melalui kalus
embriogenik. Kalus embriogenik yang berasal dari skutelum diinduksi dengan memakai 2,4-D untuk merangsang pembentukan kalus direndam pada kultur
bakteri AgrobacteriumA. tumefaciens
selama 15 menit pada suhu ruang. Kalus ditransfer ke medium padat dan diinkubasi selama 72 jam pada ruang gelap suhu
25
o
C. Seleksi antibiotik dilakukan untuk membedakan antara tanaman transgenik dan non-transgenik dengan menggunakan antibiotik higromisin 50 mgl. Setelah
dilakukan seleksi selama 2-3 minggu, tunas dan akar diinduksi dengan menempatkan kalus pada kondisi terang 12 jam dan gelap 12 jam pada
medium regenerasi yang mengandung IAA indole acetic acid 0.5 mgL dan BAP 6-benzilaminopurin 3 mgL. Sebagai kontrol untuk melihat pengaruh
insersi T-DNA pada tanaman padi dilakukan transformasi dengan konstruksi cassette
DR5-GUS. Tanaman transgenik padi hasil transformasi yang mengandung ekspresi
Oshox 4 yang berlebih dipakai untuk melihat pengaruh gen tersebut pada fenotipe
padi. Padi transgenik ditumbuhkan dengan metode hidroponik menggunakan
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
40
media hidroponik produk dari Luasa. Pengamatan dilakukan secara berkala berdasarkan periode perkembangan padi kontrol padi transgenik dengan plasmid
kosong atau tanpa mengandung gen Oshox4. Benih tanaman padi transgenik T ditanam dan diamati kemampuan berkecambahnya
generasi T
1
. Ekspresi gen
Oshox 4 pada kedua tanaman padi transgenik perlakuan dan kontrol diverifikasi
menggunakan analisis Northern yang dilakukan seperti pada prosedur sebelumnya
hal 33 .
Fenotipe padi transgenik overekspresi Oshox4 diamati dengan melihat pertumbuhan vegetatif dan generatif padi. Selanjutnya tanaman padi yang
menunjukkan fenotipe overekspresi Oshox4 diisolasi jaringannya untuk analisis histologi lebih lanjut. Ukuran sel diukur menggunakan program ImageJ. Preparat
disiapkan dengan mengawetkan jaringan pada plastik Histo-Technik Technovit 7100. Jaringan difiksasi pada 0.1 M bufer fosfat mengandung 2 gluteraldehida
selama satu jam. Dehidrasi berturut-turut dilakukan menggunakan 70, 80, 90, 96, dan 10
alkohol selama satu jam pada suhu ruang. Imbibisi Technovit dilakukan dalam dua tahap dimulai dengan Technovit:alkohol = 1:1
dan dilanjutkan Technovit 100 selama masing-masing satu malam. Pemotongan dilakukan dengan pisau gelas sudut 45
o
menggunakan mikrotom dari Leica. Pewarnaan kontras dilakukan dengan menggunakan 0.5 safranin.
A.2.2 Transformasi 35S- Oshox4 ke
ArabidopsisA. thaliana
Tanaman transgenik ArabidopsisA. thaliana
yang mengandung35S-Oshox4. dibuat untuk menguji potensi aplikasi Oshox4 dalam meningkatkan ketahanan
saat cekaman kekeringan. Transformasi 35S-Oshox4 ke dalam tanaman Arabidopsis
A. thaliana
dilakukan seperti dijelaskan oleh Clough dan Bent 1998 yang telah dimodifikasi. Tanaman
Arabidopsis A. thaliana
ditumbuhkan pada kondisi 25
o
C. Suspensi 5 ml bakteri AgrobacteriumA. tumefaciens
mengandung plasmid rekombinan hasil kultur selama tiga hari pada 28
o
C disentrifugasi. Pelet hasil sentrifugasi dilarutkan dalam 1 ml LB Sambrook
Russel 2001 cair mengandung asetosiringon. Suspensi bakteri dioleskan pada bunga
ArabidopsisA. thaliana yang belum mekar. Benih
ArabidopsisA. thaliana diseleksi pada media MS Sambrook Russel 2001 setengah konsentrasi tanpa
Formatted: Subscript
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
41
sukrosa dan mengandung antibiotik higromisin 25 mgl. Untuk kontrol pengaruh insersi T-DNA pada
Arabidopsis A. thaliana dilakukan transformasi konstruksi
pC1300 yang akan menyisipkan T-DNA mengandung 35S-hph. .
Tanaman transgenik selanjutnya dipindahkan ke rumah kaca dengan media tanam yang
terdiri dari campuran tanah, kompos, dan pasir dengan komposisi 1:1:1 untuk menghasilkan benih.
A.3. Uji kekeringan tanaman transgenik ArabidopsisA. thalaina
35S- Oshox4
Benih dari 10 tanaman transgenik independen
ArabidopsisA. thaliana 35S-
Oshox 4 dan 5 tanaman transgenik
independen ArabidopsisA. thaliana
35S-hph kontrol diseleksi pada media MS setengah konsentrasi tanpa sukrosa
mengandung antibiotik higromisin 25 mgl. Tanaman transgenik Arabidopsis A.
thaliana dipindahkan dari medium agar MS ke medium tanah dengan kompisisi
kompos:pasir = 1:1. Tanaman transgenik ditanam berdampingan dengan dua kali
ulangan masing-masing ulangan terdiri dari 20 individu tanaman. Tanaman
diaklimatisasi pada kondisi rumah kaca selama satu minggu. Perlakuan cekaman kekeringan diaplikasikan setelah pertumbuhan tanaman
Arabidopsis A. thaliana cukup kuat untuk kondisi di lapang rumah kaca. Kelompok tanaman kontrol
disiram air setiap hari. Sedangkan pada kelompok tanaman perlakuan, pemberian air dihentikan untuk memberikan pengaruh cekaman selama periode kekeringan
21 dan 30 hari Gambar 12. Pemberian air kembali dilakukan setelah tanaman mengalami kondisi kekeringan selama 21 hari dan 30 hari,
ketikadimana tanaman
sudah mulai menampakkan gejala layu permanen. Pengamatan dilakukan setiap hari untuk memantau kondisi tanaman
Arabidopsis A. thaliana yang mengalami kekeringan. Setelah periode 21 dan 30
hari kekeringan pengamatan dilakukan terhadap tingkat survival tanaman yaitu tanaman yang berhasil melewati periode kritis kondisi kekeringan dan
menampakkan gejala pertumbuhan kembali.
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
42
Gambar 12 Denah perlakuan cekaman kekeringan pada tanaman transgenik
ArabidopsisA. thaliana 35S-Oshox4. X: tanaman transgenik.
20 Dua puluh
tanaman transgenik ArabidopsisA. thaliana
35S-Oshox4 ditanam dalam satu buah pot. Dua buah kelompok tanaman dipakai
dalam percobaan ini untuk tiap-tiap galur yang dipakai.
B Menurunkan ekspresi gen Oshox4 menggunakan RNAi
RNA interference
B.1 Konstruksi vektor
Pasangan basa sepanjang kira-kira 430 bp dari daerah pengkode ujung C protein HD-Zip Oshox4 diisolasi dengan menggunakan PCR polymerase chain
reaction selanjutnya disebutSELANJUTNYA DISEBUT
RNAi-Oshox4. PCR dilakukan dengan memakai cDNA Oshox4 dari pBlueScript sebagai cetakan
template. Primer yang digunakan adalah primer forward dengan urutan basa CGCTCGAGGGATCCGGCGGCGGCGAGCTTCACGTCGGTG dan primer
Formatted Table Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic
43
reverse GGGGAATTCAAGCTTTAGTGTTTTCCAACTCTCTCTCTCG.
Kondisi PCR meliputi denaturasi awal 95
o
C selama 2 menit yang dilakukan sebanyak satu kali. Kondisi 95
o
C ini masih dipertahankan selama 0.
30 detikmenit
untuk proses denaturasi secara sempurna. Penempelan primer pada cetakan dilakukan pada kondisi suhu 55
o
C selama 0.
45 detikmenit,
dan perpanjangan nukleotida dilakukan pada suhu 72
o
C selama 1 menit60 detik
. Proses PCR yang meliputi denaturasi, penempelan dan perpanjangan nukleotida dilakukan sebanyak
40 siklus. Perpanjangan akhir dilakukan pada suhu 72
o
C selama 420 detik7
menit. Produk PCR ini selanjutnya dibuat sebagai sense dan anti-sense pada vektor
Hannibal. Konstruksi sense-intron-antisense dari vektor Hannibal Wesley et al. 2001 disisipkan pada vektor biner pC1300 Gambar 13 sesuai dengan Sambrook
dan Russel 2001 untuk membuat RNAi-Oshox4. .
Gambar 13 Konstruksi vektor untuk menurunkan ekspresi Oshox4. Produk
PCR sebesar 400 bp disisipkan sebagai sense pada sisi XhoIEcoRI dan anti-sense pada sisi HindIIIBamHI pada vektor pHannibal.
Cassette pHannibal SacIPstI selanjutnya disisipkan pada vektor
biner pC1300 menjadi RNAi-Oshox4. OCS: oktopin sintase.
B.2 Transformasi pC1300 yang mengandung sense-anti-sense ke tanaman padi
Konstruksi vektor dalam plasmid biner digandakan dengan cara dimasukkan ke dalam E.coli strain DH5
α. Insersi plasmid, yang masih berada di dalam E. coli,
Formatted: Portuguese Brazil
Formatted: Portuguese Brazil Formatted: Portuguese Brazil
44
ke dalam AgrobacteriumA. tumefaciens
strain LBA4404 dan LBA1115 dilakukan dengan metode tri-parental mating. Setelah itu
AgrobacteriumA. tumefaciens strain LBA4404 yang
mengandung cC
assette pHannibal SacIPstI ditransformasi
ke dalam genom padi. Prosedur transformasi plasmid ke dalam AgrobacteriumA.
tumefaciens dan transformasi
AgrobacteriumA. tumefaciens ke tanaman padi
sesuai dengan prosedur sebelumnya
pada uji over ekspresi .
B.3 Analisis penurunan ekspresi Oshox4
Verifikasi penurunan ekspresi gen Oshox4 dilakukan dengan analisis Northern
seperti prosedur yang telah dijelaskan sebelumnya hal 33 .
Pengamatan fenotipe padi transgenik yang mengandung kontruksi sense-intron-antisense
dilakukan pada tahap pertumbuhan vegetatif dan generatif.
C Melihat pola ekspresi gen Oshox4
C.1 Konstruksi vektor pC1391Z mengandung fusi promoter Oshox4 dengan
gen GUS
Promoter Oshox4 diklon dengan ukuran kira-kira 2.5 kb ke arah hulu dari kodon awal termasuk ujung 5 yang tidak ditranslasikan menurut Sambrook dan
Russel 2001 menggunakan PCR. Primer yang dipakai adalah primer forward GGTCTGTTTGGCAAAGCTTCAGTTC dan primer reverse
GGCCATGGCGAGTTCTAGTAAAATTCAGT. DNA genomik padi kultivar Nipponbare dipakai sebagai cetakan. Kondisi PCR untuk proses denaturasi awal
dibuat pada suhu 95
o
C selama 5 300 detikmenit
. Kondisi ini masih dipertahankan selama
0. 30
detik menit untuk denaturasi lebih lanjut. Penempelan primer pada
cetakan dibuat pada suhu 55
o
C selama 0.
45 detikmenit
. Untuk perpanjangan nukleotida dilakukan pada suhu 72
o
C selama 180 detik3 menit
. Siklus PCR yang meliputi proses denaturasi, penempelan primer dan perpanjangan nukleotida
diulang sebanyak 40 kali. Perpanjangan akhir dilakukan pada suhu 72
o
C selama 420 detik7 menit
. Produk PCR sebesar 2.5 kb diklon pada vektor TOPO Invitrogen. Sisipan
produk PCR pada vektor TOPO dirunutkan di-sequencing memakai primer M13
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Font: I talic Formatted: Font: I talic
Formatted: Swedish Sweden Formatted: Font: Not I talic, Swedish
Sweden
Formatted: Swedish Sweden
Formatted: Swedish Sweden Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Spanish Mexico
45
forward dan M13 reverse. Produk PCR 2.5 kb selanjutnya disisipkan pada vektor
biner pC1391Z yang mengandung gen GUS pada situs HindIII dan NcoI Gambar 14 untuk selanjutnya disebut sebagai PO4. Insersi promoter dilakukan pada sisi
Hind IIINcoI sesuai dengan Sambrook dan Russel 2001. Selanjutnya plasmid
biner diperbanyak dengan memasukkan plasmid ke dalam bakteri E.coli strain DH5
α.
Gambar 14 Konstruksi T-DNA pda vektor pC1391Z mengandung promoter
Oshox 4, PO4. Promoter Oshox4 disisipkan pada sisi HindIIINcoI.
mcs: multiple cloning site, hph: hygromisin fosfotransferase, nos ter: terminator dari nofalin sintase, GUS: gen glukuronidase, RB:
batas kanan, LB: batas kiri.
Produk PCR sebesar 2.5 kb diklon pada vektor TOPO Invitrogen. Sisipan produk PCR pada vektor TOPO dirunutkan di-sequencing memakai primer M13
forward dan M13 reverse. Produk PCR 2.5 kb selanjutnya disisipkan pada vektor
biner pC1391Z yang mengandung gen GUS pada situs HindIII dan NcoI Gambar 14 untuk selanjutnya disebut sebagai PO4. Insersi promoter dilakukan pada sisi
Hind IIINcoI sesuai dengan Sambrook dan Russel 2001. Selanjutnya plasmid
biner diperbanyak dengan memasukkan plasmid ke dalam bakteri E.coli strain DH5
α.
C.2 Penggandaan plasmid dan transformasi AgrobacteriumA. tumefaciens
ke tanaman padi dan
ArabidopsisA. thaliana
Insersi plasmid setelah diperbanyak dalam bakteri E. coli ke dalam AgrobacteriumA. tumefaciens
strain LBA4404 dan LBA1115 dilakukan dengan
Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic, Spanish Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico
46
metode tri-parental mating , sesuai dengan prosedur yang telah dijelaskan
sebelumnya .
Strain AgrobacteriumA. tumefaciens
LBA4404 dipakai untuk menginsersi T-DNA ke dalam genom padi sedangkan untuk transformasi pada
Arabidopsis A. thaliana menggunakan strain LBA1115. Transformasi
Agrobacterium A. tumefaciens ke genom padi dan
Arabidopsis A. thaliana dilakukan seperti pada transformasi
Agrobacterium A. tumefaciens pada uji over
ekspresi hal 34
.
C.3 Analisis ekspresi gen GUS
Uji ekspresi gen GUS beta-D-glukuronidase dilakukan sesuai Jefferson 198
97 . Larutan bufer X-gluc diinfiltrasikan pada jaringan tanaman transgenik
dengan vakum selama 5 menit dilanjutkan dengan inkubasi 37
o
C. Reaksi dihentikan menggunakan asam asetat glasial dan etanol 70. Komposisi bufer X-
gluc terdiri dari: 2 mM X-gluc, 0.5 mM potasium ferisianida, 10 mM NaEDTA,
0.1 Triton X-100, dan 0.1 mM sodium fosfat pH 7.7. Protein GUS akan bereaksi dengan substrat X-gluc membentuk warna biru.
Pengamatan ekspresi gen GUS lebih lanjut dilakukan pada tingkat sel dengan cara membuat preparat. Preparat disiapkan dengan mengawetkan jaringan
tanaman transgenik yang telah diberi substrat X-gluc pada plastik Histo-Technik Technovit 7100. Jaringan difiksasi pada 0.1 M bufer fosfat mengandung 2
gluteraldehida selama 1 jam. Dehidrasi berturut-turut dilakukan menggunakan 70, 80, 90, 96, dan 10
alkohol selama 1 jam pada suhu ruang. Imbibisi Technovit dilakukan dalam dua tahap dimulai dengan technovit:alkohol = 1:1 dan
dilanjutkan Technovit 100 selama masing-masing satu malam. Pemotongan dilakukan dengan pisau gelas sudut 45
o
menggunakan mikrotom dari Leica. Pewarnaan kontras dilakukan dengan menggunakan 0.5 safranin.
C.4 Analisis ekspresi gen Oshox4 in silico
Formatted: Font: I talic, Spanish Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Font: I talic, Spanish
Mexico
Formatted: Font: I talic Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic, Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic, Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic, Spanish Mexico
Formatted: Font: I talic Formatted: Spanish Mexico
Formatted: Spanish Mexico Formatted: Dutch Netherlands
Formatted: Spanish Mexico
47
Untuk melihat ekspresi gen Oshox4 in silico dilakukan melalui program BLAST untuk EST expressed sequence tag berdasarkan tingkat homologi
kesamaan nukleotida yang tinggi dengan Oshox4. Program BLAST dijalankan pada website NCBI dengan alamat situs:http:www.ncbi.nlm.nih.gov. Hasil
pencarian dengan program BLAST selanjutnya dipakai untuk identifikasi kondisi ekspresi gen Oshox4 misalnya pada saat cekaman penyakit blas atau pada saat
fase pertumbuhan tertentu dari padi.
48
3.2 Introduksi gen entC dan pmsB ke dalam tanaman padi