berperan dalam menghancurkan limbah organik, re-cycling hara tanaman, fiksasi biologis nitrogen, pelarutan fosfat, merangsang pertumbuhan, biokontrol patogen
dan membantu penyerapan unsur hara. Bioteknologi berbasis mikroba dikembangkan dengan memanfaatkan peran-peran penting mikroba tersebut
Isroi, 2005. Secara umum, budidaya S.R.I. nyata meningkatkan populasi total mikroba,
Azotobacter , Azospirillum dan mikroba pelarut fosfat dibanding budidaya
konvensional. Budidaya S.R.I. dengan menggunakan pupuk anorganik, maupun
pupuk organik, dengan atau tanpa penambahan bio-organic fertilizer meningkatkan populasi total mikroba, Azotobacter dan mikroba pelarut fosfat
dibanding budidaya konvensional Nareswari, 2008.
2.2.1. Bakteri dan Fungi
Kesuburan tanah tidak hanya bergantung pada komposisi kimiawinya melainkan juga pada ciri alami mikroba yang menghuninya. Mikroba yang
menghuni tanah dapat dikelompokkan menjadi bakteri, aktinomycetes, jamur, alga dan protozoa Subba Rao, 1994.
Bakteri merupakan mikroba kelompok prokaryotik yang paling banyak terdapat di dalam tanah. Bakteri berperan dalam konversi energi dari bahan
organik tanah menjadi energi yang dapat digunakan oleh organisme lain, berperan penting dalam dekomposisi bahan organik, siklus hara, imobilisasi hara dan
berasosiasi dengan perakaran tanaman Simarmata, 2005. Bakteri merupakan kelompok mikroba dalam tanah yang paling dominan
dan mungkin meliputi separuh dari biomassa mikroba dalam tanah. Bakteri terdapat dalam segala macam tipe tanah, tetapi populasinya menurun dengan
bertambahnya kedalaman tanah Subba Rao, 1994 Bakteri sangat beragam dalam ukuran, bentuk, keperluan oksigen aerob
dan anaerob, penggunaan energi autotrof dan heterotrof dan hubungan pada tanaman dan binatang saprofit dan parasit Sutedjo et al., 1991.
Fungi ditemukan di dalam tanah. Mereka aktif pada tahap pertama proses dekomposisi bahan organik, berperan penting dalam agregasi tanah, sejumlah
fungi juga dapat menyebabkan penyakit patogen Anas, 1989.
Fungi merupakan mikrobia eukariotik; morfologinya berbentuk benang hifa kumpulan hifanya disebut miselium; termasuk mikroba aerobik dan
tergolong heterotrof. Fungi terdapat pada semua jenis tanah yang bereaksi masam. Fungi memperbanyak diri dengan cara aseksual dan seksual. Fungi kebanyakan
terdapat pada tanah bereaksi masam. Meski demikian, ada juga fungi yang terdapat pada tanah netral atau tanah alkalis. Pemberian pupuk anorganik dapat
merubah populasi fungi di dalam tanah. Penambahan bahan organik ke dalam tanah berpengaruh pula terhadap jumlah populasi fungi, karena fungi bersifat
heterotrof Ma’shum et al., 2003. Di dalam tanah, jumlah bakteri jauh lebih banyak dari fungi. Oleh karena
itu, sangat penting menggunakan medium yang secara aktif menyokong pertumbuhan fungi dan sekaligus menekan pertumbuhan bakteri. Senyawa yang
biasanya digunakan untuk menghambat pertumbuhan bakteri adalah antibiotik tertentu seperti oxgall, Na-propinat, Bengal Rose, atau pengasaman media yang
mencapai pH 4.5 Anas, 1989.
2.2.2. Mikroba Tanah Fungsional
