Fungi merupakan mikrobia eukariotik; morfologinya berbentuk benang hifa kumpulan hifanya disebut miselium; termasuk mikroba aerobik dan
tergolong heterotrof. Fungi terdapat pada semua jenis tanah yang bereaksi masam. Fungi memperbanyak diri dengan cara aseksual dan seksual. Fungi kebanyakan
terdapat pada tanah bereaksi masam. Meski demikian, ada juga fungi yang terdapat pada tanah netral atau tanah alkalis. Pemberian pupuk anorganik dapat
merubah populasi fungi di dalam tanah. Penambahan bahan organik ke dalam tanah berpengaruh pula terhadap jumlah populasi fungi, karena fungi bersifat
heterotrof Ma’shum et al., 2003. Di dalam tanah, jumlah bakteri jauh lebih banyak dari fungi. Oleh karena
itu, sangat penting menggunakan medium yang secara aktif menyokong pertumbuhan fungi dan sekaligus menekan pertumbuhan bakteri. Senyawa yang
biasanya digunakan untuk menghambat pertumbuhan bakteri adalah antibiotik tertentu seperti oxgall, Na-propinat, Bengal Rose, atau pengasaman media yang
mencapai pH 4.5 Anas, 1989.
2.2.2. Mikroba Tanah Fungsional
Peranan mikroba dalam kesuburan tanah ditunjukkan dengan aktivitasnya dalam memperbaiki struktur tanah dan ketersediaan hara bagi tanaman. Berkaitan
dengan pembentukan struktur remah, mikroba berperan sebagai pembangun agregat tanah yang mantap. Dalam kaitannya dengan peningkatan ketersediaan
hara, mikroba berfungsi untuk mempercepat dekomposisi bahan organik dan sebagai pemacu tingkat kelarutan senyawa anorganik yang tidak tersedia menjadi
bentuk tersedia Ma’shum et al., 2003. Salah satu kelompok organisme yang penting dalam ekosistem tanah dan
berperan sebagai agen peningkat pertumbuhan tanaman adalah rhizobacteri, yaitu bakteri yang hidup di rhizosfer dan mengalami interaksi yang intensif dengan
akar tanaman maupun tanah. Unsur hara yang membatasi produktivitas tanaman adalah nitrogen sehingga pupuk nitrogen selalu ditambahkan sebagai input dalam
produksi tanaman. Untuk menghindari penurunan kesehatan tanaman akibat penambahan input bahan kimia diperlukan input biologis berupa rhizobakteria
Hindersah dan Simarmata, 2004.
Mikroorganisme yang berfungsi sebagai penyedia unsur hara di dalam tanah diantaranya adalah kelompok penyedia unsur N dan pelarut P Phosphate
Solubilizing Microbes . Kelompok penyedia unsur N meliputi : Azotobacter
chrooccum, Azomonas argilis, Azotobacter beijerinckii, Azospirillum lipoperum, Azospirillum brasilense, Blue Green Algae, Rhizobium japonicum, Rhizobium
lupine, Rhizobium leguminosarum. Sedangkan kelompok pelarut P diantaranya :
Aspergillus niger, Bacillus megatenum, Lolium multiflorum, Bacillus cereus, Pseudomonas duminuta dan Penicillium sp.
Sutedjo et al., 1990 Menurut Berkelaar 2008, bakteri di dalam dan sekitar akar padi yang
memiliki kemampuan menyediakan nitrogen tidak akan menambat nitrogen dengan optimal bila penggunaan pupuk nitrogen kimia diteruskan atau kondisi
tanah tergenang.
Azotobacter
Azotobacter adalah spesies rhizobakteri yang telah dikenal sebagai agen
biologis pemfiksasi dinitrogen, diazotrof yang mengkonversi dinitrogen ke amonium melalui reduksi elektron dan protonisasi gas dinitrogen. Secara umum,
fiksasi nitrogen biologis sebagai bagian dari input nitrogen untuk mendukung pertumbuhan tanaman telah menurun akibat intensifikasi pemupukan anorganik.
Salah satu bakteri yang penting untuk meningkatkan ketersediaan nitrogen dalam tanah dan meningkatkan hasil adalah Azotobacter. Kemampuan Azotobacter
dalam memfiksasi N
2
pertama kali diketahui oleh Beijerinck pada tahun 1901 Hindersah dan Simarmata, 2004.
Azotobacter merupakan bakteri penambat-N yang hidup bebas. Sel
Azotobacter bervariasi dalam bentuk batang, polimorfik. Azotobacter bersifat
gram negatif dan berflagela yang tersusun secara peritrikus. Azotobacter bersifat heterotrofik, hidup tidak saja di daerah rizosfer tanaman tetapi juga di dalam tanah
yang bebas dari pengaruh akar tanaman. Azotobacter sangat sensitif terhadap pH rendah. Oleh karena itu pada tanah yang masam pH 6.0 Azotobacter jarang
dijumpai Subba Rao, 1982.
Azotobacter selain memiliki kemampuan menambat N yang tinggi juga
dapat meningkatkan panjang akar tanaman padi, menambah berat basah akar dan meningkatkan pertumbuhan tinggi tanaman padi Razie, 2003.
Mikroba Pelarut Fosfat
Mikroba pelarut fosfat merupakan mikroba tanah yang mempunyai kemampuan melarutkan P tidak tersedia menjadi tersedia. Mikroba Pelarut Fosfat
MPF terdiri dari golongan bakteri Pseudomonas, Bacillus, Escherichia, Brevibacterium dan Serratia
dan dari golongan fungi Aspergillus, Penicillium, Culvularia, Humicola dan Phoma
. Populasi mikroba tersebut dalam tanah berkisar dari ratusan sampai puluhan ribu sel per gram tanah Subba Rao, 1982
Tanah pertanian kita umumnya memiliki kandungan P cukup tinggi jenuh. Namun, hara P ini sedikittidak tersedia bagi tanaman, karena terikat pada
mineral liat tanah. Di sinilah peranan mikroba pelarut P. Mikroba ini akan melepaskan ikatan P dari mineral liat dan menyediakannya bagi tanaman.
Mikroba yang berkemampuan tinggi melarutkan P, umumnya juga berkemampuan tinggi dalam melarutkan K. Mikroba pelarut Fosfat merupakan mikroba yang
hidup di daerah rhizosphere yang mampu meningkatkan ketersediaan P dalam tanah dengan mengeluarkan asam-asam organik yang mampu melarutkan P yang
tidak tersedia menjadi tersedia Isroi, 2005. Jenis asam organik yang dihasilkan oleh mikroba pelarut fosfat adalah
asam sitrat, glutamat, suksinat, laktat, fumarat, asam formiat, asetat, glikoat, oksalat, propionat, malat, tartat dan
α-ketobutirat yang mampu mengkhelat kation logam Al
3+
, Fe
3+
, Ca
2+
, dan Mg
2+
, sehingga dapat membebaskan P sukar larut menjadi tersedia bagi tanaman Subba Rao, 1982.
Kelompok mikroba lain yang juga berperan dalam penyerapan unsur P adalah Mikoriza yang bersimbiosis pada akar tanaman. Setidaknya ada dua jenis
mikoriza yang sering dipakai untuk biofertilizer, yaitu: ektomikoriza dan endomikoriza. Mikoriza berperan dalam melarutkan P dan membantu penyerapan
hara P oleh tanaman. Selain itu tanaman yang bermikoriza umumnya juga lebih tahan terhadap kekeringan. Contoh mikoriza yang sering dimanfaatkan adalah
Glomus sp dan Gigaspora sp Isroi, 2005.
Potensi Fungi Mikoriza Arbuskular FMA sebagai inokulan indigenous cukup baik jika tanah sawah tidak tergenang atau tidak ditanami padi sawah
secara terus-menerus. Pada kondisi tanpa pemupukan P, Fungi Mikoriza Arbuskular FMA mampu menginfeksi dan bersporulasi pada akar tanaman serta
meningkatkan ketersediaan dan serapan P, serapan N, pertumbuhan dan produksi padi sawah tadah hujan Hanafiah, 2001.
2.3. Biofertilizer
