UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Catatan: Untuk mempermudah input data, nama senyawa selanjutnya akan digantikan oleh kode senyawa
4.2. Pemilihan Deskriptor
Penelitian ini menggunakan tiga buah deskriptor yang terdiri dari deskriptor hidrofobik, sterik, dan elektronik. Deskriptor hidrofobik berupa
log P, dan log D, deskriptor sterik terdiri dari indeks Harary, indeks Randic, dan Indeks Wiener, serta deskriptor elektronik yaitu PPSA1 dan
PNSA1 sehingga total deskriptor yang digunakan adalah 8 buah. 4.2.1. Deskriptor Hidrofobik
1. Log P Tabel 4.2 Data aktivitas, log p dan log D dari 23 senyawa turunan asam
sinamat
Kode Log 1IC 50
Log D Log P
S1 1.636
2.32 -0.4698
S2 1.364
0.7 0.3395
S4 0.5834
2.12 0.1459
S5 0.0634
3.75 1.7694
S7 -0.3962
4.34 2.8523
S8 -0.4502
4.07 2.3185
4 ‐[2E‐3‐phenylprop‐2‐enoyl]phenyl
2E ‐3‐ phenylprop‐2‐enoate
S34 4.624
-0.6649 Dimmo
ck, dkk 1998
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
S9 -0.4923
3.46 1.9498
S10 -0.5010
4.67 2.6872
S13 -0.8357
4.07 2.3185
S14 -0.8970
4.67 2.6872
S15 -0.9309
4.79 2.6872
S17 -0.9395
3.3 1.4512
S18 -0.9459
3.99 2.4176
S19 -0.9836
3.89 2.5129
S20 -1.0681
4.67 2.6872
S22 -1.1185
3.4 2.1631
S23 -1.1553
3.58 1.9498
S24 -1.2214
4.23 2.4025
S25 -1.5856
2.46 1.7934
S27 -1.8633
3.76 2.0623
S28 -1.9845
3.84 0.9647
S29 -2.0985
2.52 1.5801
S31 -2.5181
-0.67 1.3291
Nilai log P dari 23 senyawa turunan asam sinamat berkisar antara - 0,469 sampai dengan 2,825. Nilai log P berkaitan dengan distribusi obat
dalam tubuh. Semakin positif nilai log P senyawa akan cenderung berada pada fase non polar daripada fase polar, sedangkan semakin negatif nilai
log P senyawa akan cenderung berada pada fase polar daripada fase non polar, yang berarti senyawa tersebut hanya larut dalam cairan tubuh saja
dan sulit untuk menembus membran biologis sehingga tidak dapat berikatan dengan reseptor.
Senyawa dengan nilai log P paling besar adalah senyawa dengan kode S7 2,825, hal ini terjadi karena pada senyawa ini terdapat 3 buah
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
halogen yaitu fluor F yang bersifat nonpolar, selain itu pada senyawa ini terdapat gugus benzene yang juga bersifat nonpolar sehingga nilai dari log
P senyawa ini lebih tinggi dibandingkan dengan senyawa lainnya. Senyawa dengan nilai log P paling kecil adalah senyawa dengan kode S1
-0,469 kemungkinan hal ini terjadi karena adanya gugus amida. Dari nilai ini dapat dilihat bahwa senyawa dengan kode S7 merupakan senyawa
yang lebih cenderung berada pada fase nonpolar sedangkan senyawa dengan kode S1 memiliki kecenderungan untuk berada pada fase polar.
Gambar 4.2 senyawa dengan kode S1 dan S7 2. Log D
Deskriptor hidrofobik yang digunakan dalam penelitian ini adalah log D koefisien distribusi hal ini dilakukan karena pada data set terdapat
senyawa- senyawa yang bersifat terion. Pada dasarnya perhitungan koefisien partisi dibagi menjadi beberapa cara diantaranya adalah:
1. Berdasarkan atomik Perhitungan berdasarkan atomic cukup baik dan banyak digunakan
karena perhitungannya didasarkan pada elemen-elemen umum yang digunakan dalam pembuatan obat oksigen, nitrogen,
hydrogen, carbon, sulfur, dan halogen Cheng dkk. 2007 2. Berdasarkan fragmen
Perhitungan berdasarkan fragmen mampu memberikan hasil prediksi yang lebih baik dibandingkan dengan berdasarkan atomic
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
akan tetapi tidak dapat digunakan untuk molekul dengan gugus fungsi yang tidak umum Leo, 1995
Dalam HKSA log P mampu memberikan hasil prediksi yang baik tetapi pada lingkungan yang terion dan senyawa-senyawa yang terion
penggunaan logD koefisien distribusi akan lebih akurat. 4.2.2. Deskriptor Elektronik
Dalam penelitian ini deskriptor yang digunakan pada parameter elektronik adalah CPSA Charge Partial Surface Area dari 29 deskriptor
CPSA yang mampu dihitung menggunakan CDK deskriptor kalkulator hanya PPSA1 dan PNSA1 saja yang digunakan dalam penelitian ini.
Pemilihan deskriptor ini dilakukan karena kedua deskriptor tersebut telah terbukti memiliki korelasi yang baik berdasarkan penelitian yang telah
dilakukan oleh Staton, dkk. 2002. CPSA juga mampu membedakan antara agonis dan antagonis pada senyawa yang berikatan dengan reseptor
estrogen. Dalam hal interaksi nonkovalen CPSA juga mampu untuk menggantikan energy LUMO Lowest Occupied Molecular Orbitals
untuk menggambarkan sifat elektrofilitas local dan global suatu senyawa. Staton dkk. 2002
Secara statistik PPSA1 dan PNSA1 memiliki korelasi yang kurang baik terhadap aktivitas antikanker sehingga, akan tetapi deskriptor ini
memiliki kepekaan yang lebih baik dibandingkan dengan deskriptor indeks topologi hal ini terlihat pada senyawa dengan kode S20 dan S14 dengan
struktur yang tersusun oleh atom-atom yang sama PPSA1 dan PNSA1 mampu memberikan hasil yang berbeda tidak seperti hasil yang didapat
pada indeks topologi khususnya indeks Randic.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Gambar 4.3 Struktur senyawa dengan kode S14 dan S20
4.2.3. Deskriptor Sterik Deskriptor dari parameter sterik yang digunakan adalah indeks
topologi indeks Wiener, indeks Harary, dan indeks Randic. Pemelihan indeks Harary dan indeks Wiener adalah karena kesederhanaan dalam
perhitungannya sehingga lebih dapat diterima selain itu ketiga deskriptor ini telah banyak digunakan dalam penelitian HKSA.
Tabel 4.3 data deskriptor sterik
Kode Indeks Harary
Indeks Radix
WPATH WPOL S1
49.24 15.07
594 21
S2 51.93
14.76 709
22 S4
39.15 13.36
446 16
S5 58.74
13.38 784
26 S7
67.25 14.59
1092 29
S8 53.76
13.38 691
23 S9
49.28 13.38
592 21
S10 59.09
13.38 772
27 S13
54.06 13.38
680 24
S14 58.58
13.38 794
26 S15
58.34 13.38
802 26
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
S17 57.62
15.06 830
25 S18
56.34 15.2
874 23
S19 45.05
12.84 496
19 S20
58.37 13.38
804 26
S22 62.18
14.29 960
27 S23
49.24 13.38
594 21
S24 53.55
13.38 702
23 S25
40 10.79
428 18
S27 39.04
13.63 446
15 S28
38.57 13.63
458 15
S29 28.46
9.88 226
12 S31
25.1 8.73
174 10
Dari tabel 4.2 dapat terlihat bahwa senyawa yang memiliki struktur yang besar akan memberikan nilai indeks Harary, indeks Randic dan
indeks Wiener yang besar pula hal ini terjadi karena molekul dengan keruahan yang besar akan memberikan nilai indeks topologi yang juga
besar, selain itu perhitungan indeks topologi didasarkan pada perhitungan bahwa atom dipandang sebagai puncak atom dan sebagai tepian ikatan.
Berdasarkan hal tersebut maka dapat diasumsikan bahwa semakin banyak atom penyusun dari suatu molekul maka nilai dari indeks topologi molekul
tersebut akan semakin besar juga. Terdapat beberapa senyawa yang memiliki nilai indeks topologi
yang sama, hal ini menunjukan bahwa deskriptor indeks topologi kurang peka terhadap adanya perubahan posisi ikatan dari suatu atom. Semakin
banyak yang sama nilai dari deskriptor tersebut menunjukan bahwa deskriptor tersebut semakin kurang peka. Dilihat dari banyaknya
kesamaan nilai deskriptor yang dihasilkan maka indeks randiks merupakan
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
indeks yang paling kurang peka dibandingkan dengan indeks topologi yang lain.
Tabel 4.4 korelasi setiap deskriptor terhadap aktivitas
Secara statistik indeks topologi memiliki korelasi yang baik terhadap aktivitas antikanker terhadap sel p388. Korelasi antara aktivitas
antikanker dengan indeks Harary 0,417, Randic 0,604 dan Wiener WPATH 0,370, dan WPOL 0,405. Dari gambar 4.3 terlihat bahwa
semakin besar nilai deskriptor sterik akan meningkatkan aktivitas turunan asam sinamat
Gambar 4.4 kurva hubungan indeks Harary terhadap kenaikan aktivitas turunan asam sinamat
Aktivitas log1IC50 Indeks
Harary
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
4.3. Penghilangan Outlier
